Tinker, поиск конформаций, неправильная структура

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
dmitriys
Сообщения: 36
Зарегистрирован: Пт июл 09, 2021 3:16 pm

Tinker, поиск конформаций, неправильная структура

Сообщение dmitriys » Вт авг 31, 2021 7:45 am

Здравствуйте!
У меня есть некоторая белковая молекула.
Необходимо определить все конформации.
Я делаю расчет в TINKER 7.
Проблема в том, что структура получается несколько "свернутой", чего быть не должно по идее.
Я присылаю основные файлы для tinker, и основную конформацию с наименьшей энергией.
Расчет ведется в диэлектрической среде.
Я пробовал брать заряды из точного DFT расчета и из силового поля.
Все равно получается одинаково.
Буду рад любому совету.
С Уважением.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Tinker, поиск конформаций, неправильная структура

Сообщение amge » Вт авг 31, 2021 1:59 pm

Мне кажется, дело в DIELECTRIC 10.0. Этим параметром вы ослабляете на порядок ВСЕ электростатические взаимодействия. Не только между, например, ионами, разделенными диэлектрической средой (что было бы логично, если ионы далеко друг от друга), но и внутримолекулярные (что представляется неправильным). Как результат - полное отсутствие водородных связей.

В мануале тинкера при обсуждении сольватации этот параметр не упоминается. Может, не нужно его менять? Оставить умолчаемым (равным 1).

samosvat@yandex.ru
Сообщения: 3
Зарегистрирован: Вс дек 02, 2018 11:15 am

Re: Tinker, поиск конформаций, неправильная структура

Сообщение samosvat@yandex.ru » Вт авг 31, 2021 7:46 pm

Здравствуйте!
Очень интересно.
А как там учесть раствор с диэлектрической проницаемостью, если не этим?
У меня растворители с 10 и с 80 (вода).

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Tinker, поиск конформаций, неправильная структура

Сообщение amge » Чт сен 02, 2021 8:27 am

samosvat@yandex.ru писал(а):
Вт авг 31, 2021 7:46 pm
А как там учесть раствор с диэлектрической проницаемостью, если не этим?
А фиг его знает. Я никогда не пользовался.

Вообще, результаты тинкера с сольватацией настораживают. Например, даже с DIELECTRIC 1.0 в наиболее стабильных конформерах (картинка слева) на удивление мало водородных связей. Кроме того, карбоксильная группа в них в транс-конфигурации, чего, на мой взгляд, не должно быть, если карбоксильный протон ее не завязан в другие, более сильные водородные связи. Для сравнения - наиболее стабильный конформер от crest в его силовом моле и в воде (картинка справа) - как-то правдоподобнее выглядит.
tinker_vs_crest.png
PS По моему, для такой молекулы надо пускать МД в ящике растворителя.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

dmitriys
Сообщения: 36
Зарегистрирован: Пт июл 09, 2021 3:16 pm

Re: Tinker, поиск конформаций, неправильная структура

Сообщение dmitriys » Пт сен 03, 2021 9:00 am

Спасибо.
А где скачать crest?
Она бесплатная?

dmitriys
Сообщения: 36
Зарегистрирован: Пт июл 09, 2021 3:16 pm

Re: Tinker, поиск конформаций, неправильная структура

Сообщение dmitriys » Пт сен 03, 2021 9:03 am

Я кстати нашел где задается диэлектрическая проницаемость.
Ключ APBS-SDIE, посмотрел по инструкции и по коду.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Tinker, поиск конформаций, неправильная структура

Сообщение amge » Пт сен 03, 2021 11:39 am

dmitriys писал(а):
Пт сен 03, 2021 9:00 am
А где скачать crest?
Она бесплатная?
Здесь ссылка на гитхаб. К нему xtb нужен (там же).
Бесплатная.
Я запускал так: crest structure_base.xyz -gfnff -alpb h2o
dmitriys писал(а):
Пт сен 03, 2021 9:00 am
Я кстати нашел где задается диэлектрическая проницаемость.
Ключ APBS-SDIE, посмотрел по инструкции и по коду.
Как интересно! И какая она по дефолту?

dmitriys
Сообщения: 36
Зарегистрирован: Пт июл 09, 2021 3:16 pm

Re: Tinker, поиск конформаций, неправильная структура

Сообщение dmitriys » Пт сен 03, 2021 1:45 pm

Что-то 78.5 похоже.
Это если используется сольватация.
Там в коде встречается (1-1/eps).

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 14 гостей