Поиск конформаций в GROMACS
Поиск конформаций в GROMACS
Доброго времени суток!
Прошу совета как вы делаете расчет конформаций в GROMACS?
Есть PDB файл, начальная конфигурация.
Предполагается расчет в силовом поле AMBER.
Я не очень пока понимаю технологию.
Мануал пока читаю.
Буду благодарен за ответ.
Прошу совета как вы делаете расчет конформаций в GROMACS?
Есть PDB файл, начальная конфигурация.
Предполагается расчет в силовом поле AMBER.
Я не очень пока понимаю технологию.
Мануал пока читаю.
Буду благодарен за ответ.
Re: Поиск конформаций в GROMACS
https://computational-chemistry.com/en/ ... h-gromacs/
впрочем поиск конформеров через МД может быть не особо эффективным. Первым ограничением которое приходит в голову является неспособность выбраться из определенного региона. С этим можно бороться симуляцией отжига (simulated annealing) или метадинамикой, но в общем случае я бы смотрел сначала на программы поиска конформеров.
http://limor1.nioch.nsc.ru/quant/conformers/
https://www.chemport.ru/forum/viewtopic.php?t=50468
впрочем поиск конформеров через МД может быть не особо эффективным. Первым ограничением которое приходит в голову является неспособность выбраться из определенного региона. С этим можно бороться симуляцией отжига (simulated annealing) или метадинамикой, но в общем случае я бы смотрел сначала на программы поиска конформеров.
http://limor1.nioch.nsc.ru/quant/conformers/
https://www.chemport.ru/forum/viewtopic.php?t=50468
Re: Поиск конформаций в GROMACS
Спасибо. Я в принципе так изначально и хотел. Только генератор конформаций через openbabel и оптимизация через DFT в MRCC. Но там медленно считает. Поэтому мне сейчас нужен софт для DFT расчета быстрый и с учётом растворителя в PCM. Подскажете?
Re: Поиск конформаций в GROMACS
По быстрому дфт ответил в той теме.
Mrcc каллая?
Как то мне становится страшно. Система которая требует и влезет в мультирефкаплдкластер 1) очень маленькая и вряд ли там то изобилие конформеров которые надо искать молдинамикой. 2) это вряд ли чистая органика, скорее какой то элементорганический ужастик даже если его геометрия нормально описывается дфт (что бабушка надвое сказала, в хрустальном шаре невидно), вряд ли нормально описывается силовыми полями. Позже разовью мысль
Mrcc каллая?
Как то мне становится страшно. Система которая требует и влезет в мультирефкаплдкластер 1) очень маленькая и вряд ли там то изобилие конформеров которые надо искать молдинамикой. 2) это вряд ли чистая органика, скорее какой то элементорганический ужастик даже если его геометрия нормально описывается дфт (что бабушка надвое сказала, в хрустальном шаре невидно), вряд ли нормально описывается силовыми полями. Позже разовью мысль
Re: Поиск конформаций в GROMACS
Конформации (хотя это правильнее называть изомерами) малых систем в которых возможна какая то неожиданная координация (неописываемая силовыми полями) можно попробовать с помощью coalescense kick, но тут сразу предоптимизации делать как минимум на дфт (или пробовать мультирефполуэмпирику но это экзотика).
Дальше - как то очень неожиданно прыжок с "быстрого дфт" на убердорогой мультирефкаплдкластер. Если вы хотите мультиреф то стоит начать с CASSCF с перспективами перехода на CASPT2/NEVPT2. Это Firefly или Orca.
Если каплдкластер - то я бы начал с DLPNO-CCSD с перспективами развития DLPNO-CCSD(T), DLPNO-CCSD(T1) (орка), параллельно смотреть T2 диагностику (максимальные амплитуды) на предмет необходимости мультирефа. Если канонический CCSD то быстрее всего из бесплатного это специализированный под это CFOUR, опять же природа, опять орка и прародитель cfour - aces-II и aces-III.
Ну и наконец если мультиреференсный каплдкластер это действительно неизбежность то да, или MRCC каллая или опять же орка, там есть даже dlpno-mr-ccsd разработки джири питнера, но это настолько дорогое удовольствие что... мне сложно представить подходящую задачу накрывающую весь диапазон.
Дальше - как то очень неожиданно прыжок с "быстрого дфт" на убердорогой мультирефкаплдкластер. Если вы хотите мультиреф то стоит начать с CASSCF с перспективами перехода на CASPT2/NEVPT2. Это Firefly или Orca.
Если каплдкластер - то я бы начал с DLPNO-CCSD с перспективами развития DLPNO-CCSD(T), DLPNO-CCSD(T1) (орка), параллельно смотреть T2 диагностику (максимальные амплитуды) на предмет необходимости мультирефа. Если канонический CCSD то быстрее всего из бесплатного это специализированный под это CFOUR, опять же природа, опять орка и прародитель cfour - aces-II и aces-III.
Ну и наконец если мультиреференсный каплдкластер это действительно неизбежность то да, или MRCC каллая или опять же орка, там есть даже dlpno-mr-ccsd разработки джири питнера, но это настолько дорогое удовольствие что... мне сложно представить подходящую задачу накрывающую весь диапазон.
Re: Поиск конформаций в GROMACS
а можно сильный офф, а может вместо бабеля нашу базу конформеров попользуете, вдруг у нас среди 1.7 миллиарда конформеров найдется и то, что Вам надо? У нас они правда пока только мол-мехом проверены, и я сам еще знаю некоторое количество несуразностей, но эти несуразности быстро устраняются и уже редко встречаются.
База лежит по адресу https://www.elegant-nmr.com/mdb.html?m или идентичная русская версия по адресу https://www.elegant-nmr.com/rmdb.html?rm Результат поиска и выбора конформера можно в мол файл сохранять.
Re: Поиск конформаций в GROMACS
Не рекомендую. Масса недостатков. Не делает полной оптимизации, не ищет конформации в циклах и по Х-Н (последнее весьма существенно для систем с водородными связями).
Мне лично нравится scan из Tinker'а, но там замаешься, пока подходящий инпут сделаешь.
Еще понравился crest от Grimme (это молдинамика). У него большое преимущество - в качестве инпута достаточно тривиального xyz.
-
- Сообщения: 3
- Зарегистрирован: Вс дек 02, 2018 11:15 am
Re: Поиск конформаций в GROMACS
Спасибо большое.
А Tinker умеет делать растворитель?
Среду с диэлектрической проницаемостью?
Посмотрел мельком -- вроде можно.
Кто так делал?
А Tinker умеет делать растворитель?
Среду с диэлектрической проницаемостью?
Посмотрел мельком -- вроде можно.
Кто так делал?
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 26 гостей