Error termination in NtrErr (in MP2)

вопросы строения молекул и квантовой химии
Aqurr
Сообщения: 25
Зарегистрирован: Пн янв 06, 2020 11:54 am

Error termination in NtrErr (in MP2)

Сообщение Aqurr » Вт май 19, 2020 11:51 pm

Доброй ночи дорогие форумчане. Подскажите, пожалуйста, по какой причине может выходить эта ошибка "Error termination in NtrErr"? Еще выскакивает сообщение "... ошибка 2070". Система: нитрат анион в окружении 2-х молекул MSM. Симметрия системы - C2v.
Вот некоторые данные о проведении расчета.
%nprocshared=8
%mem=1GB
# opt freq mp2/6-311g(d,p) scf=qc geom=connectivity

Symbolic Z-matrix:
Charge = -1 Multiplicity = 1
H -1.88302 -0.72175 -1.49422
O -5.12059 0.2871 -0.01998
O -3.89798 -2.13235 0.01588
S -3.76898 -0.54873 -0.00085
C -2.69698 -0.00551 1.42973
C -2.69878 -0.0041 -1.42911
H -2.87664 1.06124 1.55218
H -1.66049 -0.16787 1.12572
H -3.01173 -0.59243 2.29182
H -3.33417 0.00422 -2.31369
H -2.29316 0.97055 -1.15449
O 0.00162 0.15307 0.02106
O -1.11272 2.19197 -0.02419
O 1.19046 2.14635 0.02921
N 0.02967 1.51794 0.00805
H 3.10326 -0.49887 2.31651
O 5.1702 0.1296 -0.01439
O 3.7089 -2.15423 -0.01597
S 3.74169 -0.56556 -0.00631
C 2.7209 0.06729 -1.43533
C 2.74369 0.04998 1.44669
H 3.07921 -0.45564 -2.32144
H 2.87834 1.1418 -1.4812
H 1.67932 -0.1406 -1.1862
H 2.91924 1.12051 1.51549
H 1.69667 -0.13602 1.20287

Выходной файл (формата out) заканчивается следующей информацией.

dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles = 1 SizExt = 524288 WInBlk = 512
defal = T LstWrd = 67072 FType=2 FMxFil=10000

Number 0
Base 20480
End 67072
End1 67072
Wr Pntr 20480
Rd Pntr 20480
Length 46592
Error termination in NtrErr:
NtrErr called from FIOCnC.

Auld-Bore
Сообщения: 17
Зарегистрирован: Пт апр 29, 2011 5:38 pm

Re: Error termination in NtrErr (in MP2)

Сообщение Auld-Bore » Чт май 21, 2020 6:07 am

А информация о связях для geom=connectivity во входном файле присутствует?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11972
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Error termination in NtrErr (in MP2)

Сообщение Гесс » Пт май 22, 2020 3:22 pm

Лучше прилагать и инпут и аутпут. Пока информации мало а воспроизвести мне сейчас негде.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1807
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Error termination in NtrErr (in MP2)

Сообщение amge » Пт май 22, 2020 3:48 pm

Приложенные координаты - не C2v, а C1. Для C2v метил С-20 нужно довернуть.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11972
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Error termination in NtrErr (in MP2)

Сообщение Гесс » Пт май 22, 2020 4:25 pm

Только метил С-6 и немного С-5
И непонятно при чем там Z-matrix.
Но собственно симметрия в инпуте не анонсирована, так что причиной ошибки это не должно быть.
И зачем там qc?

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1807
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Error termination in NtrErr (in MP2)

Сообщение amge » Пт май 22, 2020 7:56 pm

Да, С-6, конечно (и куда я смотрел?)

Aqurr
Сообщения: 25
Зарегистрирован: Пн янв 06, 2020 11:54 am

Re: Error termination in NtrErr (in MP2)

Сообщение Aqurr » Ср май 27, 2020 6:20 pm

Добрый вечер! Не ожидал, что Вы так быстро откликнитесь.

Aqurr
Сообщения: 25
Зарегистрирован: Пн янв 06, 2020 11:54 am

Re: Error termination in NtrErr (in MP2)

Сообщение Aqurr » Ср май 27, 2020 6:26 pm

Auld-Bore писал(а):
Чт май 21, 2020 6:07 am
А информация о связях для geom=connectivity во входном файле присутствует?
Вложил входной файл в формате .txt
Если не сложно посмотрите, пожалуйста.
NO3_2MSM_2.txt
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Aqurr
Сообщения: 25
Зарегистрирован: Пн янв 06, 2020 11:54 am

Re: Error termination in NtrErr (in MP2)

Сообщение Aqurr » Ср май 27, 2020 6:29 pm

Гесс писал(а):
Пт май 22, 2020 3:22 pm
Лучше прилагать и инпут и аутпут. Пока информации мало а воспроизвести мне сейчас негде.
Вот эти файлы в формате txt.
NO3_2MSM_2_out.txt
NO3_2MSM_2.txt
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Aqurr
Сообщения: 25
Зарегистрирован: Пн янв 06, 2020 11:54 am

Re: Error termination in NtrErr (in MP2)

Сообщение Aqurr » Ср май 27, 2020 6:36 pm

amge писал(а):
Пт май 22, 2020 3:48 pm
Приложенные координаты - не C2v, а C1. Для C2v метил С-20 нужно довернуть.
Да, верно. А разве gaussian, в процессе оптимизации с учетом симметрии, не приводит структуру к ближайшей симметрии?

Aqurr
Сообщения: 25
Зарегистрирован: Пн янв 06, 2020 11:54 am

Re: Error termination in NtrErr (in MP2)

Сообщение Aqurr » Ср май 27, 2020 6:43 pm

Гесс писал(а):
Пт май 22, 2020 4:25 pm
Только метил С-6 и немного С-5
И непонятно при чем там Z-matrix.
Но собственно симметрия в инпуте не анонсирована, так что причиной ошибки это не должно быть.
И зачем там qc?
Z-matrix :dontknow:
Использовал опцию qc (scf=qc) т.к. без нее в предыдущих расчетах выходила аналогичная ошибка.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11972
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Error termination in NtrErr (in MP2)

Сообщение Гесс » Ср май 27, 2020 9:39 pm

Aqurr писал(а):
Ср май 27, 2020 6:36 pm
amge писал(а):
Пт май 22, 2020 3:48 pm
Приложенные координаты - не C2v, а C1. Для C2v метил С-20 нужно довернуть.
Да, верно. А разве gaussian, в процессе оптимизации с учетом симметрии, не приводит структуру к ближайшей симметрии?
Нет. Он пытается (иногда не сильно и пытается) удержать текущую группу симметрии, но гарантированно ее не повышает.

Тут он по всему аутпуту пишет:
Framework group C1[X(C4H12NO7S2)]
Deg. of freedom 72
Full point group C1 NOp 1
Largest Abelian subgroup C1 NOp 1
Largest concise Abelian subgroup C1 NOp 1

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11972
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Error termination in NtrErr (in MP2)

Сообщение Гесс » Ср май 27, 2020 9:55 pm

А, дык все относительно просто:
Ошибка там "Internal consistency error detected in FileIO for unit"...
Что согласно гуглу означает "Gaussian is limited to 16 GB of scratch space on the 32-bit nodes."
Я не уверен что это можно обойти на 32-битной системе.
Кстати расчет то почти завершился, осталось буквально чуть-чуть.
Ну как минимум есть оптимизированная геометрия, с которой осталось вымучать частоты. Возможно отказ от расчета рамана (Freq=NoRaman) сократит потребности расчета достаточным образом. Плюс сокращение от симметрии. Я бы начал именно с этого.
H 1.888473214 -1.346792988 -0.537342218
O 5.047650831 0.000000000 0.215120919
O 3.882109749 0.000000000 -2.010651714
S 3.810885174 0.000000000 -0.555392212
C 2.846051995 1.398610147 -0.051258130
C 2.846051995 -1.398610147 -0.051258130
H 2.709757031 1.354677722 1.014278105
H 1.888473214 1.346792988 -0.537342218
H 3.408288680 2.272417096 -0.354969205
H 3.408288680 -2.272417096 -0.354969205
H 2.709757031 -1.354677722 1.014278105
O 0.000000000 0.000000000 0.266356066
O 1.087648503 0.000000000 2.161345052
O -1.087648503 0.000000000 2.161345052
N 0.000000000 0.000000000 1.536813697
H -3.408288680 2.272417096 -0.354969205
O -5.047650831 0.000000000 0.215120919
O -3.882109749 0.000000000 -2.010651714
S -3.810885174 0.000000000 -0.555392212
C -2.846051995 -1.398610147 -0.051258130
C -2.846051995 1.398610147 -0.051258130
H -3.408288680 -2.272417096 -0.354969205
H -2.709757031 -1.354677722 1.014278105
H -1.888473214 -1.346792988 -0.537342218
H -2.709757031 1.354677722 1.014278105
H -1.888473214 1.346792988 -0.537342218
Вот вам симметризованная геометрия, гауссиан должен ее опознать как C2v, и если повезет остаться в ней до конца оптимизации.
В списко ключей надо
вместо Freq вписать Freq=Noraman,
вместо # - #P - будет более подробный аутпут. Очень помогает понять что происходит когда результат не соответствует ожиданиям.
вместо qc - xqc - я не вижу причин зачем тут Ньютон-Рафсон, но даже если да - то надо дать шанс нормальному алгоритму. Это будет быстрее.
опция geom=connectivity и список связей в конце инпута бесполезен, используемый метод (MP2) не оперирует понятием связи.

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 664
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: Error termination in NtrErr (in MP2)

Сообщение Yurii » Пт май 29, 2020 11:42 am

При нехватке памяти советую оптимизацию и частоты считать поэтапно.
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11972
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Error termination in NtrErr (in MP2)

Сообщение Гесс » Пт май 29, 2020 1:08 pm

Возможно я чего то не понимаю, но "не поэтапно" это как? Сначала заканчивается оптимизация и очень хочется верить что все ее модули полностью выгружаются из памяти, после чего стартуют частоты. Я чего-то не учитываю?

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 664
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: Error termination in NtrErr (in MP2)

Сообщение Yurii » Сб май 30, 2020 7:02 pm

--Link1--
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

Aqurr
Сообщения: 25
Зарегистрирован: Пн янв 06, 2020 11:54 am

Re: Error termination in NtrErr (in MP2)

Сообщение Aqurr » Чт июн 18, 2020 12:44 pm

Добрый день!

Aqurr
Сообщения: 25
Зарегистрирован: Пн янв 06, 2020 11:54 am

Re: Error termination in NtrErr (in MP2)

Сообщение Aqurr » Чт июн 18, 2020 12:50 pm

Гесс писал(а):
Ср май 27, 2020 9:55 pm
А, дык все относительно просто:
Ошибка там "Internal consistency error detected in FileIO for unit"...
Что согласно гуглу означает "Gaussian is limited to 16 GB of scratch space on the 32-bit nodes."
Я не уверен что это можно обойти на 32-битной системе.
Кстати расчет то почти завершился, осталось буквально чуть-чуть.
Ну как минимум есть оптимизированная геометрия, с которой осталось вымучать частоты. Возможно отказ от расчета рамана (Freq=NoRaman) сократит потребности расчета достаточным образом. Плюс сокращение от симметрии. Я бы начал именно с этого.
H 1.888473214 -1.346792988 -0.537342218
O 5.047650831 0.000000000 0.215120919
O 3.882109749 0.000000000 -2.010651714
S 3.810885174 0.000000000 -0.555392212
C 2.846051995 1.398610147 -0.051258130
C 2.846051995 -1.398610147 -0.051258130
H 2.709757031 1.354677722 1.014278105
H 1.888473214 1.346792988 -0.537342218
H 3.408288680 2.272417096 -0.354969205
H 3.408288680 -2.272417096 -0.354969205
H 2.709757031 -1.354677722 1.014278105
O 0.000000000 0.000000000 0.266356066
O 1.087648503 0.000000000 2.161345052
O -1.087648503 0.000000000 2.161345052
N 0.000000000 0.000000000 1.536813697
H -3.408288680 2.272417096 -0.354969205
O -5.047650831 0.000000000 0.215120919
O -3.882109749 0.000000000 -2.010651714
S -3.810885174 0.000000000 -0.555392212
C -2.846051995 -1.398610147 -0.051258130
C -2.846051995 1.398610147 -0.051258130
H -3.408288680 -2.272417096 -0.354969205
H -2.709757031 -1.354677722 1.014278105
H -1.888473214 -1.346792988 -0.537342218
H -2.709757031 1.354677722 1.014278105
H -1.888473214 1.346792988 -0.537342218
Вот вам симметризованная геометрия, гауссиан должен ее опознать как C2v, и если повезет остаться в ней до конца оптимизации.
В списко ключей надо
вместо Freq вписать Freq=Noraman,
вместо # - #P - будет более подробный аутпут. Очень помогает понять что происходит когда результат не соответствует ожиданиям.
вместо qc - xqc - я не вижу причин зачем тут Ньютон-Рафсон, но даже если да - то надо дать шанс нормальному алгоритму. Это будет быстрее.
опция geom=connectivity и список связей в конце инпута бесполезен, используемый метод (MP2) не оперирует понятием связи.
Вроде все сделал по вашим рекомендациям, но ошибка все же выходит. Если не затруднит, может быть еще раз загляните в приложенные файлы.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11972
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Error termination in NtrErr (in MP2)

Сообщение Гесс » Чт июн 18, 2020 11:41 pm

Ну ошибка та же что и была. Я по прежнему считаю что это проблема 32битной системы. Использованные ухищрения не уменьшили задачу настолько чтоб она влезла в позволенную память.

Aqurr
Сообщения: 25
Зарегистрирован: Пн янв 06, 2020 11:54 am

Re: Error termination in NtrErr (in MP2)

Сообщение Aqurr » Пт июн 19, 2020 11:14 am

Гесс писал(а):
Чт июн 18, 2020 11:41 pm
Ну ошибка та же что и была. Я по прежнему считаю что это проблема 32битной системы. Использованные ухищрения не уменьшили задачу настолько чтоб она влезла в позволенную память.
Указал 16GB (%mem=16GB), неужели это мало?
Так у меня 64битная ОС. Изображение
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя