Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3765
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Ahha » Сб мар 13, 2021 9:38 pm

У меня опыта расчетов на видеокартах нет. Я слышал, что гауссиан умеет использовать какие-то видеокарты от NVidia. Но о конкретных возможностях, ограничениях и прочих тонкостях - не в курсе. Вам надо либо копаться в описаниях, на форумах, либо ждать пока здесь вам ответит кто-то более знающий.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

ximi
Сообщения: 4392
Зарегистрирован: Вс янв 29, 2012 7:50 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение ximi » Вс мар 14, 2021 3:46 am

где стоит уже 64 ядра и 128 потоков, есть проблемы с распараллеливанием работы такого массива процессоров в Windows 10 или Linux? Где то читал, что винда не видит 128 потоков, видит только 64 и все.
Если вы про технические ограничения то Винда 10 может до 2000 потоков обработать.

Но есть лицензионные ограничения.
Там меньше и значительно. И ограничения по памяти ..ядрам и сокетам.
Для обхода нужно ставить Windows Server 2016 (Datacenter)

Metalian
Сообщения: 110
Зарегистрирован: Чт июл 05, 2007 4:39 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Metalian » Вс мар 14, 2021 3:21 pm

На счёт CUDA, насколько я понимаю, расчётная программа должна поддерживать возможность работы с CUDA, а не все программы это поддерживают.

Rupreht
Сообщения: 368
Зарегистрирован: Пт сен 12, 2008 9:34 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Rupreht » Пн мар 15, 2021 8:41 am

Нашел на сайте Nvidia файл со списком поддерживающих CUDA программ, среди них есть и Gaussian. Надо будет попробовать.

Пришел ответ от тех поддержки: Our current release, Gaussian 16 rev. C.01 for Linux x86_64 (AVX or AVX2 enabled systems) can make use of NVIDIA Tesla cards K40, K80, P100, and V100 cards.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение amge » Чт мар 18, 2021 6:57 am

Мы GAMESS-US пробовали. На видеокарте работает не быстрее, а то и медленнее, чем без неё. Т.е. поддержка GPU там - как проверка концепции, и только. И есть подозрение, что с остальными программами ситуация аналогичная - что-то не слышно восторженных отзывов о существенном ускорении квантовой химии на видеокартах хоть в какой-нибудь программе.

ЗЫ. но тем не менее наши расчетчики последние лет 10 уже при комплектации очередного расчетного компа на всякий случай заказывают мощную видеокарту - вдруг ситуация резко изменится :)

darkchemist
Сообщения: 25
Зарегистрирован: Ср ноя 19, 2014 12:40 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение darkchemist » Пн апр 12, 2021 6:40 pm

Кто-нибудь пробовал в работе китайские платы типа Huananzhi, Machinist под 2011-3 сокет?

Аватара пользователя
Konstantinrs
Сообщения: 407
Зарегистрирован: Ср июн 24, 2009 2:35 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Konstantinrs » Чт авг 19, 2021 3:58 pm

А можно я тут присоседюсь))) Новую тему открывать смысла не вижу, чтобы эфир не забивать ерундой. Посоветуйте комп для расчетов. Какие-то свои идеи есть, но хочется услышать мнение профи (или не профи), т.к. я не расчетчик от слова совсем) Поэтому от меня еще будет пара чайниковских вопросов. Бюджет 120 тыр. Считаться что-то будет редко, то есть далеко не в каждой статье будут какие-то расчеты. Расчеты простые, типа переходных состояний, интермедиатов, путей реакции, стабильности. Это один маленький абзац в синтетических работах, который как бы не то чтобы нужен, но на какие-то вопросы дает ответ. Бюджет на системник 120 тыр.
- проц, мать, оперативка, видеокарта (и нужна ли)?
- а где считать? Есть гауссиан лицензия у организации, но столько помоев вылито на эту программу, что смотрю в сторону орки
- винда или линукс и насколько это принципиально? Да, считают под линуксом (а можно кратко: почему?)
Алгоритм такой: поставил считаться, ушел в лабу, через неделю приходишь - а, уже посчиталось, ладно хорошо. В целом, торопиться с расчетами смысла нет, то есть, скорее, даже обычная система будет опережать нас по скорости, так что без энтузиазма, пожалуйста))
Спасибо, друзья!
-А х...ральный как пишется: хИральный или хЕральный?
-Нуэ...это смотря какой...

Аватара пользователя
bigM
Сообщения: 4949
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2017 2:05 am

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение bigM » Чт авг 19, 2021 5:43 pm

я бы исходил из этого процессора https://www.kns.ru/product/processor-amd-epyc-7282-oem/
Пс или взял предыдущего поколения и это https://market.yandex.ru/product--modul ... &nid=54536
Не красота спасёт мир, а транквилизаторы.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Shorku » Пт авг 20, 2021 10:07 am

bigM писал(а):
Чт авг 19, 2021 5:43 pm
я бы исходил из этого процессора https://www.kns.ru/product/processor-amd-epyc-7282-oem/
Пс или взял предыдущего поколения и это https://market.yandex.ru/product--modul ... &nid=54536
Я, честно говоря, не уверен, что в общем случае для органика при заданном бюджете это оптимум.
Во-первых, с процессором за 60-70к можно не уложиться в бюджет, особенно если все остальное железо серверное
Во-вторых, если речь заходит про еще более пожилые серверные камни, то начинается геморой с поиском и подбором всего остального железа (и скорее всего не по магазинам, а по авитам этим вашим) - это надо неплохо разбираться в железе. И чем старше камушек, тем тяжелее найти к нему материнскую плату, например, - умрели-с уже все.
В-третьих, я в принципе не уверен, что для коротких DFT-шных задач очень-очень нужно много ядер, много RAM и чтобы ECC, и чтобы memory bandwidth пошире.
Технически, потребительское железо в рассчете выхлоп/деньги мб и получше будет. К тому же, можно брать новое в магазине с гарантией (а не из духовки) и без беготни по объявлениям.

P.S. Для обычной квантовой химии видеокарта не нужна, можно обойтись интегрированным видео, или, если оного не будет, любой самой простой карточкой, чтобы только монитор можно было подключить. Что-то навjроченное нужно, ну, под молдинамику или глубокое обучение, например, но сейчас вообще не самый удачный момент, чтобы покупать видеокарту помощнее про запас =)
P.P.S. если есть лицензия, то чего бы и гауссианом не пользоваться, в идеале можно попробовать и орку, и пользоваться тем, что понравилось больше/заработало быстрее.
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
Konstantinrs
Сообщения: 407
Зарегистрирован: Ср июн 24, 2009 2:35 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Konstantinrs » Пт авг 20, 2021 11:35 am

Ни по каким авито я конечно не побегу.
bigM, в бюджет не уложиться. И к АМД душа не лежит)) Есть что-то от интел подходящее?
А СЖО плохо себя ведет при недельных расчетах?
-А х...ральный как пишется: хИральный или хЕральный?
-Нуэ...это смотря какой...

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Shorku » Пт авг 20, 2021 4:05 pm

Konstantinrs писал(а):
Пт авг 20, 2021 11:35 am
Ни по каким авито я конечно не побегу.
bigM, в бюджет не уложиться. И к АМД душа не лежит)) Есть что-то от интел подходящее?
А СЖО плохо себя ведет при недельных расчетах?
Стоит, наверное, почитать обзоры. Я давно уже не смотрел бенчмарки, но, когда года полтора назад собирал себе числодробилку под всяко разно, АМД были самым очевидным выбором, а Интел - медленно и оверпрайс (купил, правда интел, но один очень конкретный i9 под конкретный бюджет и требования, а так скорее был бы Райзен).
За СЖО ничего не могу сказать, со стоковым разгоном обычно и воздушка нормально справляется, да и в целом сильно зависит от конкретной конфигурации.

В целом, этот форум, вероятно, не самое удачное место спрашивать такие советы, большинство тут либо сидит на суперкомпьютерах, либо без денег (кто-то совмещает) - ни те, ни другие не отслеживают тенденции на рынке компьютерного железа =)
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
bigM
Сообщения: 4949
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2017 2:05 am

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение bigM » Пт авг 20, 2021 7:41 pm

лично я б ИМЕННО этот серверный процессор взял от АМД Эпик (он новый на райзен 3 и потребляет 120вт), если эта навороченная память в бюджет не лезет - не надо. серверная плата 20кРуб+ корпус с блоком питания 10 кРуб+ кулер 2 кР. остальное - память и М2 SSD на 240Гб. видеокарту любую (на сколько я понял гауссиан с бытовыми картами не дружит, а на специальную, даже MI50 с 16 гб, денег не хватит)
Не красота спасёт мир, а транквилизаторы.

endlesslake
Сообщения: 191
Зарегистрирован: Чт авг 09, 2012 9:13 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение endlesslake » Пт авг 20, 2021 7:45 pm

в 5 орке, на первый взгляд, неумеренное использование псп памяти победили (для DFT), так что десктопные многоядерники кажутся неплохим выбором для такого бюджета.
интел сейчас, кажется, имеет адекватную цену на десктопные процессоры, но они не поддерживают ECC. АМД неофициально поддерживает, но надо выбирать материнскую плату + версию биоса, про которые кто то отчитался, что работает.

без тестирования в конкретном софте на конкретных типичных задачах, оптимальные выбор всё равно не определить, можно пользоваться принципом "душа лежит"

всё имхо

endlesslake
Сообщения: 191
Зарегистрирован: Чт авг 09, 2012 9:13 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение endlesslake » Пт авг 20, 2021 7:50 pm

to bigM,

а эта "навороченная память" кем то проверялась в расчётном софте? Просто если посмотреть на ту же орку, она и теперь ходит по грани уперется в псп памяти, и если ей покажется что это обычная оперативка - будет грустно. В общем, хотелось бы подробностей.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Shorku » Пт авг 20, 2021 8:49 pm

bigM писал(а):
Пт авг 20, 2021 7:41 pm
лично я б ИМЕННО этот серверный процессор взял от АМД Эпик (он новый на райзен 3 и потребляет 120вт), если эта навороченная память в бюджет не лезет - не надо. серверная плата 20кРуб+ корпус с блоком питания 10 кРуб+ кулер 2 кР. остальное - память и М2 SSD на 240Гб. видеокарту любую (на сколько я понял гауссиан с бытовыми картами не дружит, а на специальную, даже MI50 с 16 гб, денег не хватит)
А где можно мать под SP3 за 20к взять? Мне для друга :shuffle:

P.S. и TDP поправьте все же на 300, за 120 он будет помещение украшать :D
endlesslake писал(а):
Пт авг 20, 2021 7:45 pm
интел сейчас, кажется, имеет адекватную цену на десктопные процессоры, но они не поддерживают ECC. АМД неофициально поддерживает, но надо выбирать материнскую плату + версию биоса, про которые кто то отчитался, что работает.
имхо "иллюстративное" DFT можно и без ECC гонять, реально что-то падает раз в столетие
Последний раз редактировалось Shorku Пт авг 20, 2021 8:57 pm, всего редактировалось 1 раз.
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
bigM
Сообщения: 4949
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2017 2:05 am

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение bigM » Пт авг 20, 2021 8:54 pm

endlesslake писал(а):
Пт авг 20, 2021 7:50 pm
to bigM,

а эта "навороченная память" кем то проверялась в расчётном софте? Просто если посмотреть на ту же орку, она и теперь ходит по грани уперется в псп памяти, и если ей покажется что это обычная оперативка - будет грустно. В общем, хотелось бы подробностей.
это SSD на шине памяти... надо узнавать работает ли она на АМД.
Не красота спасёт мир, а транквилизаторы.

Аватара пользователя
bigM
Сообщения: 4949
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2017 2:05 am

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение bigM » Пт авг 20, 2021 8:59 pm

Shorku писал(а):
Пт авг 20, 2021 8:49 pm
bigM писал(а):
Пт авг 20, 2021 7:41 pm
лично я б ИМЕННО этот серверный процессор взял от АМД Эпик (он новый на райзен 3 и потребляет 120вт), если эта навороченная память в бюджет не лезет - не надо. серверная плата 20кРуб+ корпус с блоком питания 10 кРуб+ кулер 2 кР. остальное - память и М2 SSD на 240Гб. видеокарту любую (на сколько я понял гауссиан с бытовыми картами не дружит, а на специальную, даже MI50 с 16 гб, денег не хватит)
А где можно мать под SP3 за 20к взять? Мне для друга :shuffle:

P.S. и TDP поправьте все же на 300, за 120 он будет помещение украшать :D
https://www.oldi.ru/catalog/element/019 ... gle.com%2F
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Не красота спасёт мир, а транквилизаторы.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Shorku » Пт авг 20, 2021 9:00 pm

Это тепловыделение в режиме Idle, под 100% нагрузкой (что нас обычно и интересует) цифры обычно немного другие =)
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
bigM
Сообщения: 4949
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2017 2:05 am

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение bigM » Пт авг 20, 2021 9:12 pm

ну, вам, очевидно, виднее.
Не красота спасёт мир, а транквилизаторы.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Какой выбрать CPU для GAUSSIAN09

Сообщение Shorku » Пт авг 20, 2021 9:17 pm

пассивная агрессия детектед
Make quantum chemistry, not war

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 9 гостей