Проблема с расчетом энергии

[OrganikNV]

Добрый день! Рассчитываю энергию некоторых соединений (иминов), точнее основных и переходных состояний инверсии атома азота. В простом базисе 6-31G энергия в Хартри для основного и переходного до запятой равна одному числу 1509,... В случае расчета в базисе 6-31+G(d,p) энергия основного равна 1509,..., а переходного 1506,... Также вид молекулы в программе Сhemcraft меняется, атомы остаются на месте, но программа рисует непонятные связи. Почему так происходит? Возможно необходимо вводить еще какие-то параметры. Я брала стандартный файл из примеров для программы Firefly. Подскажите, пожалуйста, что можно с этим сделать? Инпуты и ауты сбрасываю.

[Гесс]

Инпуты и ауты сбрасываю.

У меня умопомрачительно долго распаковывается, возможно это проблема ноута, поэтому аутпуты посмотреть не удалось.
Указывайте пожалуйста в описании что это B3LYP, ну и то что оно в Файерфлае вы указали почти случайно

энергия в Хартри для основного и переходного до запятой равна одному числу 1509,...

Кхе-кхе-кхе. Абсолютная энергия - это абсолютно ни о чем. Вас интересует относительная энергия. Одной струкутры относительно другой. При том что 1 Хартри - больше 600 ккал - было бы очень странно чтоб два изомера различались(ок в вашем случае:) барьер был бы высотой хотябы в полхартри.

[Гесс]

Дораспокавывалось.
Или я туплю или это вообще не оптимизации, а синглпоинты.
Если эти геометрии ничем предварительно не оптимизировались то разброс цифр в синглпоинтах может быть любым.
Мой кемкрафт прорисовывает нормальные связи, но для старых версий автор рекомендовал использовать Edit/Rebond и Tools/Chemcraft incorrectly identifies...

[amge]

В случае расчета в базисе 6-31+G(d,p) энергия основного равна 1509,..., а переходного 1506,...

Для переходного состояния энергия на 30-й итерации -1509.869232120 (1506,... было на 1-й итерации), но SCF не сошелся. Кажется, просто не хватило итераций. И обратите внимание на предупреждения из аутпута (под катом).[cut]* * * WARNING * * *
------------------------------------------------------------------------------
THE OVERLAP MATRIX HAS 12 EIGENVALUES BELOW 1.0E-05.
THE SMALLEST OF THESE IS 2.42017E-07.
THIS INDICATES A PARTIAL LINEAR DEPENDENCE IN YOUR ATOMIC BASIS.

TO OBTAIN SCF CONVERGENCE MAY REQUIRE
MORE ACCURATE INTEGRAL EVALUATION (INTTYP=HONDO, ICUT=11, ITOL=30 IN $CONTRL),
MORE ACCURATE DIRECT SCF FOCK MATRIX FORMATION (FDIFF=.FALSE. IN $SCF), OR
CHANGING CONVERGERS (DIIS=.T. SOSCF=.F. IN $SCF).

EIGENVALUES BELOW 1.0D-07 PROBABLY WON'T CONVERGE.
EIGENVALUES BETWEEN 1.0D-07 AND 1.0D-06 MAY REQUIRE
LOOSENING OF -NCONV- DENSITY CONVERGENCE IN $SCF.[/cut]Возможно, SCF не сошелся из-за этого.