Amber, parameters, gaff

[Гесс]

Я в МД ни бум-бум, а в амберовском тем паче, поэтому ногами пожалуйста не бейте.

Есть малая органическая молекула, содержащая кремний.
Для нее есть гауссиановый расчет с волшебными

Код: Выделить всё

HF/6-31G* SCF=tight Pop=MK iop(6/33=2) iop(6/42=6) 

После процедуры

Код: Выделить всё

$AMBERHOME/bin/antechamber -i Имя.out -fi gout -o Имя.mol2 -fo mol2 -c resp

я получаю ничем не примечательный mol2
а вот после

Код: Выделить всё

parmchk -i Имя.mol2 -f mol2 -o Имя.frcmod

я гляжу в frcmod файл и вижу что

MASS
Si 0.000 0.000 ATTN, need revision

BOND
c3-Si 0.00 0.000 ATTN, need revision
Si-c1 0.00 0.000 ATTN, need revision

И далее по списку.
Ну допустим часть параметров я могу умыкнуть откуда то отсюда http://structbio.vanderbilt.edu/archive ... 8/0610.php Но мне этого недостаточно. И есть у меня подозрение что нехватающие параметры я могу то ли выковырнуть из гауссиановкого аутпута либо сгенерировать каким то иным образом.

Было у меня еще подозрение что надо по образу и подобию http://www.teokem.lu.se/~ulf/Methods/resp.html использовать fixatomin но в текущем Амбере такого ваще нет. Равно как и changepot.

Вообщем признателен за любую помощь.

[Гесс]

http://archive.ambermd.org/200808/0117.html намекает что параметры можно вытащить из MP2 расчтета. Мне не проблема сделать MP2, но вытягивать то как?

[uchebnik fiziki]

Вообще гафф тем и хорош, ччто там можно многие параметры заполнять по аналогии. Впрочем, по второй ссылке указано, что длина связи / угол берётся оптимизированный, а силовая константа -- из программы parmcal.

Возможно, в статьях о самом гаффе написано полезное на эту тему.

[Гесс]

По аналогии... Я правильно понимаю что по первой ссылке связь Si-C(aromat) подменяется параметрами связи c3-c(aromat)
Это ваще законно? В моем представлении эти связи отличаются по длине где то на 0.4 и соответственно все силовые прараметры должны плыть.
К тому же я бы хотел сделать какую то работу в которой смог бы сослаться не на странную страницу с инета а на какую то внятную параметризацию. Статейную или свою.
parmcal счас почитаю. Если у кого то есть какая то информация по практичекому вычислению параметров для того чего нет в гаффе (мне инетерсен общий подход) - я буду крайне благодарен. Я нарыл http://www.ub.edu/cbdd/?q=content/small ... etrization но как то блин офигительно работы для получения одного диэдральника, я предполагал существование более изящного решения. Возможно это parmcal

[uchebnik fiziki]

Я не помню полный формат гаффовских строк, но для первого запуска подобная ситуация вполне приемлема: проверку работоспособности можно проводить с любыми разумно выглядящими параметрами. Можно подкрутить длины связей и углы, не меняя силовые константы.

Ссылаться на ответы в мейл-листе, пусть и официальном, семилетней давности и не надо, есть же нормальные статьи
http://ambermd.org/antechamber/gaff.html
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1 ... 5/abstract
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp4111234
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jpcb.5b00689
http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleL ... ivAbstract
Чем они не устраивают?

[Гесс]

Я погонял parmcal, он насчитывает константы чисто из длин и углов, не вникая даже в тип атома. Это несколько странновато для меня но я готов это принять.
Констатнта несколько плавает зависимо от даваемых значений длин и углов, так как задача создания универсальных параметров у меня не стоит то скорее всего буду брать параметры из конкретной функциональной группы (и скорее всего с MP2 расчета раз его создатели GAFFа использовали для себя).
До диэдральных параметров пока не добрался там может стать веселее.

Из приведенных вами ссылок я за день гуглежа выловил только первую. Большое спасибо, не все сразу но почитаю.

А как делается проверка работоспособности парарметров?

[uchebnik fiziki]

Из приведенных вами ссылок я за день гуглежа выловил только первую.

Это первая страница гугла по полному названию силового поля.

А как делается проверка работоспособности парарметров?

Я имел в виду не работоспособность параметров, а работоспособность стратегии и процедуры в целом.

Для параметров ситуация зависит от того, что вы хотите получить: если вам нужны количественные данные, то надо подходить к вопросу серьёзно и придётся много считать ради одного параметра. Если нужны качественные данные, то можно не углубляться.

[Гесс]

Из приведенных вами ссылок я за день гуглежа выловил только первую.

Это первая страница гугла по полному названию силового поля.

У меня были запросы направленные на "как вручную сделать параметры".

А как делается проверка работоспособности парарметров?

Я имел в виду не работоспособность параметров, а работоспособность стратегии и процедуры в целом.

Для параметров ситуация зависит от того, что вы хотите получить: если вам нужны количественные данные, то надо подходить к вопросу серьёзно и придётся много считать ради одного параметра. Если нужны качественные данные, то можно не углубляться.

Скорее всего качественная картина меня устроит. Точнее я расчитываю что алкилсилильная группа на конце молекулы не будет оказывать существенного влияния на происходящее в центре (что является предметом интереса), то есть чисто как расталкивающая соседей bulky-болванка (надеюсь).
То есть я могу расчитывать что если углы и длины связей в моей функциональной группе по ходу МД-расчета не принимают бессмысленных значений - все хорошо?

[Гесс]

И еще вопрос. Среди gaff-параметров для каждого элемента идет кроме массы - "polarizability". Скажем

Код: Выделить всё

c3 12.010        0.878

С другой стороны если верить http://archive.ambermd.org/201012/0493.html то эта величина вообще ненужна. Я могу ее оставлять нулевой и не думать о ней?

[uchebnik fiziki]

Скорее всего качественная картина меня устроит. Точнее я расчитываю что алкилсилильная группа на конце молекулы не будет оказывать существенного влияния на происходящее в центре (что является предметом интереса), то есть чисто как расталкивающая соседей bulky-болванка (надеюсь).

Вам в таком случае даже респовские заряды не нужны (впрочем, смотря что у вас в центре).

То есть я могу расчитывать что если углы и длины связей в моей функциональной группе по ходу МД-расчета не принимают бессмысленных значений - все хорошо?

В первом приближении -- однозначно да.

Среди gaff-параметров для каждого элемента идет кроме массы - "polarizability". Скажем

Код: Выделить всё

c3 12.010        0.878

С другой стороны если верить http://archive.ambermd.org/201012/0493.html то эта величина вообще ненужна. Я могу ее оставлять нулевой и не думать о ней?

Поляризуемые и неполяризуемые силовые поля -- по сути две параллельных ветки в амбере. Если у вас основное поле (для белка) поляризуемое, то и лиганд надо делать поляризуемым, и наоборот.

[Гесс]

Большое спасибо за предыдущие ответы. Я нарожал parmgenом силовых констант для связей и углов, нарыл в инете величины для Nonbon (стремный вандерваальсовский радиус и 6-12 коэффициент Ленард-Джонса), сегодня попробую на основе сканов в MP4/6311G(d,p)//MP2/6-31G+ сделать PK параметры для диэдральных углов, как рассказано в http://www.ub.edu/cbdd/?q=content/small ... etrization

Поляризуемые и неполяризуемые силовые поля -- по сути две параллельных ветки в амбере. Если у вас основное поле (для белка) поляризуемое, то и лиганд надо делать поляризуемым, и наоборот.

Эммм, у меня нет белка. У меня мелкая органическая молекула (несколько больше 100 атомов) в разнообразных растворителях. Я просто из той ссылки решил что ГАФФ неполяризуемое поле. Я неправ?

[uchebnik fiziki]

Я с поляризуемыми полями не работал и не вникал, но из общих соображений предполагаю, что универсальный характер ГАФФа подразумевает его применимость в комбинации с разными полями, как поляризуемыми (AMBER ff02), так и не (AMBER ff14SB), для чего и введён указанный параметр. Является ли GAFF per se поляризуемым или нет -- не знаю; где-то может быть переключатель.