Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Вот чего-чего, а анализа вкладов в ChemCraft категорически не хватает, добавьте хотя бы их расчет простым методом для сферических гармоник.
Например в Chemissian это реализовано так: Но, удобнее работать, если данные будут выводиться в виде таблицы: В ChemCraft есть вывод егенвекторов Необходимо только их возвести в квадрат, просуммировать, нормировать и вывести в % для каждого электрона каждого атома в каждой МО с учетом виртуальных базисных функций, чтобы сумма вкладов в каждой МО равнялась 100% или 1.
Для метода Маллекена чуть посложнее будет, т.к. необходимо учесть интегралы перекрывания и избавится от отрицательных значений вкладов. Мы обычно избавляемся от отрицательных вкладов путем нормировки с учетом значения вклада отдельного атома (расчитываем из выдачи MULLIKEN ATOMIC POPULATION IN EACH MOLECULAR ORBITAL) в МО. В итоге получаем сумму s/p/d/f вкладов отдельного атома, которая равна суммарному вкладу атома в МО, а сумма всех вкладов всех атомов в МО равна 100%. При этом очень удобно смотреть как вклад отдельного атома в МО, так и вклады его электронов.
Например в Chemissian это реализовано так: Но, удобнее работать, если данные будут выводиться в виде таблицы: В ChemCraft есть вывод егенвекторов Необходимо только их возвести в квадрат, просуммировать, нормировать и вывести в % для каждого электрона каждого атома в каждой МО с учетом виртуальных базисных функций, чтобы сумма вкладов в каждой МО равнялась 100% или 1.
Для метода Маллекена чуть посложнее будет, т.к. необходимо учесть интегралы перекрывания и избавится от отрицательных значений вкладов. Мы обычно избавляемся от отрицательных вкладов путем нормировки с учетом значения вклада отдельного атома (расчитываем из выдачи MULLIKEN ATOMIC POPULATION IN EACH MOLECULAR ORBITAL) в МО. В итоге получаем сумму s/p/d/f вкладов отдельного атома, которая равна суммарному вкладу атома в МО, а сумма всех вкладов всех атомов в МО равна 100%. При этом очень удобно смотреть как вклад отдельного атома в МО, так и вклады его электронов.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Вступайте в ряды Фурье!
Сходимость! Равенство!
Гильбертово пространство!
Сходимость! Равенство!
Гильбертово пространство!
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
iAlex прошу прощения а куда исчез Ваш пост про DOS ? В нем было много интересных замечаний .
По моему в gausssum http://gausssum.sourceforge.net/ реализовано то о чем вы писали. Или я ошибаюсь?
По моему в gausssum http://gausssum.sourceforge.net/ реализовано то о чем вы писали. Или я ошибаюсь?
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Действительно, был интересный пост, куда он пропал?iAlex прошу прощения а куда исчез Ваш пост про DOS ? В нем было много интересных замечаний .
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Ни из орки, ни из гауссина, ни в build 526b, ни в 568b.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Вот кстати еще один неприятный баг:
Открываю аутпут расчета частот.
отмечаю несколько атомов
показываю параметр
включаю колебание
делаю клик правой кнопкой мыши по меняющемуся значению (ок, это совершенно нелогичное действие но оно не должно вызывать ТАКОГО поведения)
получаю при закрытии окна ошибки оно моментально открывается заново.
основное окно неоперабельно, я не могу его даже закрыть.
Из панели задач закрыть программу невозможно, только убить диспетчером задач.
Глюк прекрасно воспроизводится в обоих вышеупомянутых билдах в нескольких опробованных стилях, включая Basic1, Basic2 и собственный на основе Гиперхемовского. Тестить все - мне надоело дергать диспетчер задач.
Открываю аутпут расчета частот.
отмечаю несколько атомов
показываю параметр
включаю колебание
делаю клик правой кнопкой мыши по меняющемуся значению (ок, это совершенно нелогичное действие но оно не должно вызывать ТАКОГО поведения)
получаю при закрытии окна ошибки оно моментально открывается заново.
основное окно неоперабельно, я не могу его даже закрыть.
Из панели задач закрыть программу невозможно, только убить диспетчером задач.
Глюк прекрасно воспроизводится в обоих вышеупомянутых билдах в нескольких опробованных стилях, включая Basic1, Basic2 и собственный на основе Гиперхемовского. Тестить все - мне надоело дергать диспетчер задач.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Коллеги, а у меня Color atoms by atomic properties не работает для конкретного out файла Gaussian.
Гляньте пожалуйста.
Спасибо
Гляньте пожалуйста.
Спасибо
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Коллеги и еще вопрос по VASP. У меня на 574 версии и на всех остальных на открываются POSCAR .
Это стандартные фалы взятые из https://www.vasp.at/wiki/index.php/Ni_1 ... relaxation и
https://www.vasp.at/wiki/index.php/CO_on_Ni_111_surface
Пардон что заархивировал, в незазипированном виде они почему то не приаттачиваются
Не подскажете почему не открываются?
Спасибо!
Это стандартные фалы взятые из https://www.vasp.at/wiki/index.php/Ni_1 ... relaxation и
https://www.vasp.at/wiki/index.php/CO_on_Ni_111_surface
Пардон что заархивировал, в незазипированном виде они почему то не приаттачиваются
Не подскажете почему не открываются?
Спасибо!
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Я с телефона, 568 и 526 которые у меня открывают поскары. Но Direct координаты для неортогональных ячеек некорректны (декартовы нормально). Ваши файлы гляну позже.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Эти файлы какие-то нестандартные. Chemcraft не может найти в них обозначения типов атомов в молекуле. В старом формате VASP в первой строке напечатаны типы файлов, например Bi I. В новом формате в первой строке напечатана брутто-формула. В ваших файлах нет ни этого ни этого.alexp51 писал(а): ↑Пн мар 30, 2020 11:00 pmКоллеги и еще вопрос по VASP. У меня на 574 версии и на всех остальных на открываются POSCAR .
Это стандартные фалы взятые из https://www.vasp.at/wiki/index.php/Ni_1 ... relaxation и
https://www.vasp.at/wiki/index.php/CO_on_Ni_111_surface
Пардон что заархивировал, в незазипированном виде они почему то не приаттачиваются
Не подскажете почему не открываются?
Спасибо!
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Спасибо большое за ответы, но дело в том , что именно для файла C16H10ram.zip который я приаттачил и build574 не работает , для больших структур работает. Если можно, гляньте пожалуйста именно этот файл.
И по поводу VASP - таки да похоже не стандартные , но самое интересное что не я их придумывал , а они взяты прямо с сайта VASP причем в VESTA они открываются, но мне стиль Chemcraft больше нравится ...
И по поводу VASP - таки да похоже не стандартные , но самое интересное что не я их придумывал , а они взяты прямо с сайта VASP причем в VESTA они открываются, но мне стиль Chemcraft больше нравится ...
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Как бы тупо это не прозвучало, но я вынужден согласиться - файлы на официальном сайте васпа нелогичны. То есть я готов поверить что в паре с POTCAR - VASP сможет по ним считать но вцелом файлы не содержащие указания КАКИЕ в них атомы это нелогично. CONCAR (по сути окончательный POSCAR) которые мне генерирует васп - логичны (содержат типы атомов, хотя вних геометрии вчастичных координатах). OUTCAR должны визуализироваться нормально.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Спасибо Гесс! По поводу типов я уже писал но почему то это на форуме не появилось . Нет там вообще какие то левые атомы рисуются. То есть вы считаете что в таком виде задачу можно запускать на счет?
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Я не знаю. ВАСП должен откуда то узнать типы атомов. Единственное место где они прописаны - это POTCAR.
Я надеюсь что на официальном сайте ВАСПа должны быть рабочие инпуты. Добавьте к ним POTCAR и проверьте. Мне счас недосуг.
Я надеюсь что на официальном сайте ВАСПа должны быть рабочие инпуты. Добавьте к ним POTCAR и проверьте. Мне счас недосуг.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Спасибо! Дальше я сам разберусь.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Посмотрел - у меня всё раскрасилось нормально.
Update: нет, действительно первая секция с визуализацией не раскрасилась, хотя вторая (с частотами) раскрасилась. Буду разбираться.
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Поясните, что значит "с учётом виртуальных базисных функций"? Сумма вкладов занятых АО должна быть равна 100%, или всех? И не очень понял, что значит "для каждого электрона каждого атома".Необходимо только их возвести в квадрат, просуммировать, нормировать и вывести в % для каждого электрона каждого атома в каждой МО с учетом виртуальных базисных функций, чтобы сумма вкладов в каждой МО равнялась 100% или 1.
-
- Сообщения: 34
- Зарегистрирован: Вс янв 17, 2016 3:25 am
Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Здравствуйте, Vit Nhoc!
Я в свое время официально покупала программу ChemCraft с бессрочной лицензией.
Сейчас у меня переустановлена Windows, и я не могу установить программу ChemCraft.
Программа пишет, что срок действия ключа истек, его нужно обновить, отправив запрос с указанием e-mail.
Запрос я отправляю, и на почту приходит письмо с информацией, что срок действия лицензии истек, а мне предлагается купить новую лицензию.
Вашей программой я активно пользуюсь, и всегда даю ссылку на нее в статьях.
Понятно, что такая ситуация меня не очень устраивает.
Как теперь быть?
Я в свое время официально покупала программу ChemCraft с бессрочной лицензией.
Сейчас у меня переустановлена Windows, и я не могу установить программу ChemCraft.
Программа пишет, что срок действия ключа истек, его нужно обновить, отправив запрос с указанием e-mail.
Запрос я отправляю, и на почту приходит письмо с информацией, что срок действия лицензии истек, а мне предлагается купить новую лицензию.
Вашей программой я активно пользуюсь, и всегда даю ссылку на нее в статьях.
Понятно, что такая ситуация меня не очень устраивает.
Как теперь быть?
Последний раз редактировалось Tatyana111 Сб сен 12, 2020 5:49 pm, всего редактировалось 1 раз.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 28 гостей