Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить

Какой графический стиль вы бы предпочли?

Белый фон, жёлтые атомы углерода (как было раньше)
15
30%
Белый фон, розовые атомы углерода
1
2%
Белый фон, серые атомы углерода
13
26%
Чёрный фон, желтые атомы углерода
7
14%
Чёрный фон, розовые атомы углерода (как стало сейчас)
3
6%
Чёрный фон, серые атомы углерода
6
12%
Всё равно
4
8%
Другое
1
2%
 
Всего голосов: 50

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Сб сен 12, 2020 5:48 pm

Tatyana111, мы на странице покупки пишем, что продаётся подписка на Chemcraft на срок 8 лет. За этот срок можно устанавливать новые версии. Мне постоянно приходится дорабатывать чтение разных форматов в программе, и старой версией, может быть, вы и сами бы не стали пользоваться (поскольку постоянно обновляются такие программы как Гауссиан, и старые версии плохо читают новые форматы).

Tatyana111
Сообщения: 34
Зарегистрирован: Вс янв 17, 2016 3:25 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Tatyana111 » Сб сен 12, 2020 5:54 pm

Vit Nhoc, я покупала программу тогда, когда лицензия была бессрочной.
Ни о каких сроках речи не было.
Меня вполне устраивают те версии программы, для которых подходил старый ключ.

В общем-то, я, наверное, отношусь к тем, кто покупал Вашу программу в числе первых. И с удовольствием ей польлзовался весь этот срок и давал на нее ссылки. А так получается, что покупаешь программу на одних условиях, а в процессе использования появляются другие.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Сб сен 12, 2020 6:47 pm

Хорошо, для России я вообще продаю программу очень дёшево, напишите мне на email и я пришлю вам ключ.

Tatyana111
Сообщения: 34
Зарегистрирован: Вс янв 17, 2016 3:25 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Tatyana111 » Сб сен 12, 2020 7:13 pm

Vit Nhoc писал(а):
Сб сен 12, 2020 6:47 pm
Хорошо, для России я вообще продаю программу очень дёшево, напишите мне на email и я пришлю вам ключ.
Спасибо, написала на почту, указанную на сайте программы.

Tatyana111
Сообщения: 34
Зарегистрирован: Вс янв 17, 2016 3:25 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Tatyana111 » Сб сен 12, 2020 8:32 pm

Vit Nhoc, спасибо!

endlesslake
Сообщения: 191
Зарегистрирован: Чт авг 09, 2012 9:13 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение endlesslake » Пт дек 04, 2020 3:17 pm

не знаю тянет ли это на баг, но есть вот такое наблюдение. Если сделать изоповерхность из большого куба (256x256x256 например), вращение и масштабирование становятся очень медленными, порядка кадра в секунду. Кроме того, при этом перестает работать двойной клик по атому.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Пт дек 04, 2020 3:38 pm

endlesslake писал(а):
Пт дек 04, 2020 3:17 pm
не знаю тянет ли это на баг, но есть вот такое наблюдение. Если сделать изоповерхность из большого куба (256x256x256 например), вращение и масштабирование становятся очень медленными, порядка кадра в секунду. Кроме того, при этом перестает работать двойной клик по атому.
Тут дело в том что Chemcraft не поддерживает аппаратного ускорения. Для атомов и связей я кустарно оптимизировал графику, а для изоповерхностей не получилось.

endlesslake
Сообщения: 191
Зарегистрирован: Чт авг 09, 2012 9:13 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение endlesslake » Пт дек 04, 2020 3:49 pm

Понятно. Может хотя бы двойной клик удастся от рендера отвязать ?

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Пт дек 04, 2020 3:57 pm

endlesslake писал(а):
Пт дек 04, 2020 3:49 pm
Понятно. Может хотя бы двойной клик удастся от рендера отвязать ?
Могу и подумать об этом, но вообще ничто не мешает пользователю убрать на время изоповерхность и после этого кликать.

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Yu/2 » Чт янв 21, 2021 1:07 am

В наборе фрагментов есть бицикл обозначенный как Pentalene, а на самом деле там 1,4-дигидропентален.
Вот настоящий пентален: https://en.wikipedia.org/wiki/Pentalene
Вот 1,4-дигидропентален: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compou ... opentalene

alexp51
Сообщения: 55
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alexp51 » Пт апр 02, 2021 10:59 pm

Коллеги у меня вопросы по визуализации Рамановских спектров.
в командах show spectrum/Raman intensity/идут опции /Temperature и /incident laser intensity
Вопросы:
1. Действительно ли можно варьировать температуру, ведь расчеты проводим при 0 K
2. Расшифруйте плз единицы в которых дается incident laser intensity
Спасибо

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Пн апр 05, 2021 1:19 pm

alexp51
Я давно делал эту фичу, сейчас позабыл формулы но они приведены на странице помощи:

http://chemcraftprog.com/help/spectrumwindow.html

Изображение

Честно говоря я сам немного растерялся где здесь интенсивность, подозреваю что вместо incident laser intencity надо было писать incidend laser frequency. Тем более что эта величина вводится в cm-1.

endlesslake
Сообщения: 191
Зарегистрирован: Чт авг 09, 2012 9:13 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение endlesslake » Вт апр 06, 2021 2:16 am

из логов орки 4.2.1 химсдвиги не извлекает ?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вт апр 06, 2021 11:43 am

endlesslake
Видимо формат выдачи NMR изменился. Я доделаю чтение этих файлов в следующей версии. А вас прошу прислать мне в ЛС входной файл к этому NMR расчёту.

alexp51
Сообщения: 55
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alexp51 » Ср апр 07, 2021 2:36 am

Vit Nhoc писал(а):
Пн апр 05, 2021 1:19 pm
alexp51
Я давно делал эту фичу, сейчас позабыл формулы но они приведены на странице помощи:

http://chemcraftprog.com/help/spectrumwindow.html

Изображение

Честно говоря я сам немного растерялся где здесь интенсивность, подозреваю что вместо incident laser intencity надо было писать incidend laser frequency. Тем более что эта величина вводится в cm-1.
Спасибо большое за ответ. Коллеги и все таки почему мы считаем при нуле а потом вдруг переносим эти результаты на температуры выше нуля? Как говорил герой фильма "Назад в будущее" в чем подвох? В частности экспериментаторы с которыми я обсуждал этот вопрос утверждают что при нагревании происходит сдвиг Рамановских спектров. И поляризация соответственно меняется. Или мы говорим о разных вещах?

Аватара пользователя
bigM
Сообщения: 4948
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2017 2:05 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение bigM » Ср апр 07, 2021 8:49 pm

alexp51 писал(а):
Ср апр 07, 2021 2:36 am
Коллеги и все таки почему мы считаем при нуле а потом вдруг переносим эти результаты на температуры выше нуля? Как говорил герой фильма "Назад в будущее" в чем подвох? В частности экспериментаторы с которыми я обсуждал этот вопрос утверждают что при нагревании происходит сдвиг Рамановских спектров. И поляризация соответственно меняется. Или мы говорим о разных вещах?
исходя из приведенной формулы, увеличение температуры не приводит к существенному увеличению экспоненты в знаменателе. статистическую значимость изменений необходимо оценить лично Вам.
Не красота спасёт мир, а транквилизаторы.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Вт сен 07, 2021 1:00 am

1) А можно реализовать полноценную поддержку XDATCAR? (сейчас он отображается только одной структурой). Это формат по сути для траектории MD, представляет собой конкатенированный POSCAR. пример есть https://materialscommons.org/public/dat ... es/2180937
2) Поддержка формата XSF (примеры в папках XCrysDen), с анимацией колебаний которые XCrysDen рисует стрелками как силы (это должно быть достаточно просто поскольку сдвиги прописаны в традиционном формате). Чтоб 2 раза не вставать - еще и поддержку формата молдена.
3) на данный момент для васповских ауткаров с частотами можно в каждый момент времени видеть или PBC или колебания атомов. Почему нельзя совмещать?
4) отображение формата LOCPOT (васповский, изоповерхности) и его конвертация в cube.

Файлы по тем пунктам что вас заинтересуют - выгружу сюда или отправлю на почту.

Я хочу в своей группе пропихнуть допиленный напильником XSF как формат хранения и обмена данными (возникла необходимость), причем допиливание пойдет в сторону внесения дополнительных полей с технической информацией. Впринципе, будь у Кемкрафта нативная мак-версия - я бы пробовал убедить руководство купить групп-лицензию. Но так как виндузятник я в группе один (и то не чистый), да и фанатов работы под вайном в группе мало - то шансов практически нет. А как визуализатор (не конструктор) и XCrysDen справится.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вт сен 07, 2021 4:27 pm

Впринципе, будь у Кемкрафта нативная мак-версия - я бы пробовал убедить руководство купить групп-лицензию.
Теоретически я могу выпустить версию для mac, только это потребует много затрат. Как думаете, насколько это окупится? Вот Linux-лицензия продаётся крайне редко. Правильно ли я понимаю, что mac это ноутбуки, а на них реже запускают тяжёлые расчёты?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Вт сен 07, 2021 7:16 pm

Ну... я не скажу что рынок расчетов на персоналках совсем вымер, но вцелом в "богатых" странах люди в универах и тем более R&D industry считают все на кластерах. Кластеры могут быть и крошечными, один шкаф с десятком 16-ядерных нод, чтоб было недорого для кафедры, ну или монструозными. В большинстве своем они на линуксе, но это не играет ниаакой роли. Пользователь всеравно визуализирует "у себя". В России как я понимаю тяготеет иметь "синицу но свою" и сторит суперкомпы под каждую лабу, но и тут прогресс наступает. Впрочем если "суперкомп" настроен под внешний доступ - мы возвращаемся к исходной ситуации: у пользователя ноут с визуализатором на удобной ему OS, + доступ к вычислительному ресурсу.
Тут мы приходим к вопросу "а на каком PC/ноуте работает пользователь?" и следующему за ним "как пользователь этой OS смотрит на покупку платного софта". Имхо доля маков (с макос) у компьютерных химиков бродящих по конференциям очень высока (не ниже чем винды), плюс в отличие от линуксоидов которым платный софт поперек принципов, и виндузятников (которые зачастую негнушаются устаревшими пиратскими версиями) - яблочники приучены за все платить. Так что я бы на этот рынок смотрел с оптимизмом. Если у вас есть мак-планы - мы можем пообщаться с моим руководством на тему окемкрафчивания группы макбуков.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Ср сен 08, 2021 12:58 pm

Гесс
У меня такой вопрос. Когда я провожу расчёты на своей персоналке, часто бывает очень нужно открыть файл, находящийся в состоянии расчёта, чтобы что-то проверить. Например когда идёт оптимизация или сканирование, Gaussian может заглючить и вместо схождения к минимуму бесконечно находить точки с высокой/пониже энергией. В таких случаях нужно перезапустить расчёт. А когда считают на кластерах, насколько доступна возможность открыть считаемый файл и прервать расчёт?

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 8 гостей