Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

[Vit Nhoc]

Я возможно уже писал, что сделал такие штуки для построения геометрии: вы можете добавлять на экран плоскости или вектора по атомам, и далее продублировать атомы, отразив или повернув их по этим плоскостям/векторам. Вот пример использования такой фичи:

https://youtu.be/7gwZHXOE2fw

Здесь вы видите, как построена большая молекула большая молекула с симметрией C4; если не использовать новые фичи, то утомительно воспроизводить четыре раза один и тот же фрагмент (хвост), учитывая что опция Set Point group может не сработать, если эквивалентные фрагменты недостаточно подогнаны друг под друга.
Подайте идеи, что можно ещё добавить к этим новым фичам.

[Vit Nhoc]

Мне прислали два файла Орки, которые пока не очень визуализируются. Первый файл с типом расчёта Nudged Elastic Band Calculation; там две начальные геометрии и одна конечная. Можно ли указать в Орке выдачу отдельных промежуточных шагов в таком расчёте? И далее вопрос - насколько важно в целом сделать поддержку в Chemcraft такого типа расчётов, ещё в Gaussian это QSTP2 или как там, когда указываются две начальные геометрии исходного соединения и продукта. Дело в том, что пока в Chemcraft принята концепция, что starting geometry может быть одна. Но могу переделать, если надо.

[Vit Nhoc]

Ещё вопрос тем кто пользуется xtb: какие обычно расширения имеют файлы в формате Gaussian, генерируемые xtb, и какие расширения имеют файлы xtb с множеством геометрий?

[amge]

Ещё вопрос тем кто пользуется xtb: какие обычно расширения имеют файлы в формате Gaussian, генерируемые xtb

У меня xtb такие файлы не генерирует

какие расширения имеют файлы xtb с множеством геометрий?

В большинстве случаев расширение .xyz. Но при оптимизации геометрии путь оптимизации содержится в файле xtbopt.log. Это тоже обычный конкатенированный xyz. Я лично этот файл просто открываю молденом, и сразу можно смотреть не только геометрии, но и график энергий, поскольку и молден, и xtb придерживаются неформальной конвенции "Первое число в строке комментариев xyz-файлов - энергия".

[Vit Nhoc]

Такой вопрос: как можно визуализировать квадрупольный момент, для каких задач это нужно? Я не очень пока понимаю, что такое вообще квадрупольный момент.

[Vit Nhoc]

У меня такой вопрос. Как думаете, насколько важно заморачиваться защитой программы (от хакеров)?
Программу можно обернуть протектором, который шифрует код, так взломать намного сложнее, но возможны ложные положительные срабатывания антивирусов.
Мне показалось, на Западе кряки, с одной стороны, легко найти, но в то же время они с очень высокой вероятностью содержат в себе всякие малвари, поэтому большинство пользователей этого боится.
А как с хакерами и кряками в Индии например? У меня там понемногу растут продажи, видно экономика Индии растёт.

[Суровый]

Об этом вам надо разговаривать с шароварщиками на их форумах. Явно тут такое бесполезно спрашивать.

[Vit Nhoc]

Просьба протестировать последнюю версию программы:

https://chemcraftprog.com/files/Chemcra ... _win64.zip

Latest improvements:

(New) New tools for crystallographers have been implemented: building the Miller indices (build a slab) and redefining the lattice vectors;
Fixed a problem with visualization of Quantum Espresso files which contained lattice vectors with “non-standard” orientation (e.g. if A.y is nonzero);
Crystallography files (.cif, vasp) can be now created by a molecule and three lattice vectors specified by the user;
The style of vectors on the image and the color of planes can be now altered. You can now draw planes of different colors around the aromatic rings in your molecules;
Gaussian or Orca jobs can be now run in Gaussian or Orca after opening in Chemcraft (“Tools/Scripts/Run currently opened file…”). Besides that, when a Gaussian .bcf file or .bat file for Orca with multiple jobs is created, it can be run from Chemcraft with “Save and run” button. You can now also add a name of .gjf or .inp file to the form for batch files creation via Clipboard. We think that this utility is relatively convenient for performing QC computations under Windows;
Elaborated visualization of QChem 6.0 output files: optimization steps, mp2 energies;
Some elaborations with visualization of pdb files;
Orca output files with conical intersection optimization jobs can be now opened;
Improved reading of Gaussian-style files generated by xtb program (the energies from files with multiple geometries can be now shown on graph);
Jaguar 11 output files with frequencies can be correctly visualized;
Some improvements with reading Molpro output files;
For Gaussian, Orca, Gamess output files with TDDFT computations, de-excitation values are read if they are printed in the file, and if the file contains big de-excitation values, a warning message is shown (this can mean that your TDDFT computation is improper);
Improved visualization of TDDFT jobs from Gaussian, Orca, Games-US, Firefly, NWchem, ADF output files. Several TDDFT spectra can be extracted from these files, if they contain more than one spectrum Transition dipole moments and other similar vectors can be shown on the image as arrows. Note that previous versions of Chemcraft extract the TDA spectrum from QChem output files, instead of the TDDFT spectrum;
Improved visualization of MCQDPT2 spectra from Gamess-US output files (transition dipole vectors and dipole velocity vectors can be shown on the image);
Captions on atoms or bonds can now have non-transparent background;
The error “The drive cannot be found” has been fixed;
Some small elaborations and bug fixes.

Some features were removed from the trial Windows version: to use this features, you need to purchase the license (after purchasing, you will receive an email with a link for downloading the full version). This is a part of our anti-hacker protection.

[Uncle4enni]

Здравствуйте уважаемые коллеги!
Есть желания выразить свои хотелки по поводу функций к которым я пока не нашел удобных костылей, возможно готовые решения уже есть но мне о них не известно.

Систематическая генерация конформеров: в последнее время у меня потребность общитывать множество конформаций довольно простых соединений. И я не нашел в сети удобных средст позволяющие достоверно охватить наперед заданное конформационное пространство, речь не идет об оценки энергии, а скорее о генерации стартовых структур для оптимизации. У Openbabel из консоли я не нашел как генерировать и выводить конформационное множество методом systematic rotor search. То как реализовано в авогадро у меня вызывает жжение в отдельных частях тела от того что разработчики не сделали единомоментного сохранения пула сгенерированных конформаций и приходится сохранять каждую отдельную конформацию в ручную (не считая детских болезней от не кручения отдельных видов связей).
Поэтому есть пожелание когда нибудь увидеть возможность удобного генерирования стартовых конформеров кручения, по наперед заданным связям, с возможностью человеческого экспорта сгенерированных структур ( к тому же в ChemCraft уже реазизованы различные функции для этого).

Еще одна хотелка: Было бы здорово если бы была реализованна функция импорта в ChemCraft сразу множества выходных файлов, с целью анализа оптимизированных конформеров. В настоящий момент эта функция реализованна путем добавления каждого файла вручную.

Мысли вслух: У меня есть некоторые идеи как можно попробовать некоторую генерацию конформеров для циклов (насколько полный будет охват я не знаю, это надо проверить). В одной статье, которую при желании можно найти, для пятичленных циклов было показано что диэдральные углы в кольце можно описать общим уравнением (насколько я помню) Xi = A*Cos(B*i+C), где Xi - диэдральный угол в кольце начиная с i-го атома, A = амплитуда колебаний, C - фазовый угол который пробегая от 0 до 2Пи дает множество конформаций. Эту сову я пробовал натягивать на 5, 6, 7 членные циклы, вроде ложится.

[Vit Nhoc]

Еще одна хотелка: Было бы здорово если бы была реализованна функция импорта в ChemCraft сразу множества выходных файлов, с целью анализа оптимизированных конформеров. В настоящий момент эта функция реализованна путем добавления каждого файла вручную.

Есть же File/Open multiple files?

Мысли вслух: У меня есть некоторые идеи как можно попробовать некоторую генерацию конформеров для циклов (насколько полный будет охват я не знаю, это надо проверить). В одной статье, которую при желании можно найти, для пятичленных циклов было показано что диэдральные углы в кольце можно описать общим уравнением (насколько я помню) Xi = A*Cos(B*i+C), где Xi - диэдральный угол в кольце начиная с i-го атома, A = амплитуда колебаний, C - фазовый угол который пробегая от 0 до 2Пи дает множество конформаций. Эту сову я пробовал натягивать на 5, 6, 7 членные циклы, вроде ложится.

Я сходу не соображаю, а какие вообще у циклов конформеры? Вы про насыщенные циклы?

[Uncle4enni]

В моем представлении процесс может выглядеть следующим образом:
в ChemCraft загружается понравившаяся геометрия, например из предварительного расчета.
Далее методом выделения атомов обозначает интересующие связи, при этом важно что бы можно было выделить несколько.
Далее в отдельном окне можно назначить каждой связи шаг поворота ( 2- поворачивать на Пи, 3 - на 2/3Пи, 4 - на Пи/2 и т.д.).
Программа генерирует заданое количество конформеров. Насколько я знаю в Chemcraft уже реализована функция кручения вокруг выбраной связи на призвольный угол.
(коллизии можно либо оставлять с предупреждением, либо отбраковывать, или выдавать две геометрии с углами до коллизии и после, ну или малыми изменениями раздвигать на ван-дер-вальсовы радиусы если коллизия небольшая).
Затем экспорт в виде либо множества файлов, либо в один.

Незнаю насколько такая опция окажется востребованной, но я пока не встретил не одной юзерфрендли реализации такого функционала.

По поводу обработки конформеров после оптимизации тоже есть соображения. Через диалоговое окно выделяем сразу большое колличество файлов. ChemCraft проверяет совпадение элементного состава, матрици связаности и конфигурации ассиметрических центров (думаю через знак детерминантов групп атомов проще всего, так как нумерация атомов не меняется) и дает соответствующие предупреждения. Ну а далее красическая сортировка по энергии, отбраковка двойников, и статистическая обработка. Вообще восторг будет если для доступных расчетных данных будет доступна усреднение по Больцману.

По поводу циклов: Да, это имеются в виду насыщенные циклы, но с ними все туманно. В GUI я не умею, а без графики рассматривать конформеры чот не очень, и проверить некоторые свои мысли не могу.

[Гесс]

генерация конформеров, ансамблей агрегатов (кластеров несвязанных молекул), протомеров и таутомеров - есть crest

[madschumacher]

Систематическая генерация конформеров: в последнее время у меня потребность общитывать множество конформаций довольно простых соединений.

А хотелка не треснет? Ничего, что это одна из сложнейших проблем современной химии, для которой наработано уже куча подходов разной степени паршивости, но универсального всё нет (и принципиально не предвидится)?

[Yu/2]

Хехе, накинулись сразу коршуны))))

Уже даже и наиным побыть нельзя.

[Uncle4enni]

Систематическая генерация конформеров: в последнее время у меня потребность общитывать множество конформаций довольно простых соединений.

А хотелка не треснет? Ничего, что это одна из сложнейших проблем современной химии, для которой наработано уже куча подходов разной степени паршивости, но универсального всё нет (и принципиально не предвидится)?

Хмммм. Может быть я не правильно выразился и меня не поняли. Мне не нужно решение сложнейших проблем современной химии, мне нужно комбинаторно генерировать (без физического обоснования) совокупность структур путем поворота нескольких связей назаданный шаг. Не требуется ни оценка энергии, ни оптимизация структур. Ничего сложнейшего тут не вижу ( может я не прав).

Я понимаю, что там происходит комбинаторный взрыв числа структур, но думаю что крутануть 5-6 связей это вполне посильная задача.

[Uncle4enni]

генерация конформеров, ансамблей агрегатов (кластеров несвязанных молекул), протомеров и таутомеров - есть crest

Крест это маленько не то, что нужно, он выполняет поиск там где грубой силой задачу не решить. А если задача простая и очевидная, например конформеры н-гексана где все конформационное пространство задается путем поворота трех связей, то тут проще и надежнее крутануть эти связи, чем выполнять конформационный поск креста который сделан для больших и сложных систем.

[amge]

Систематическая генерация конформеров: в последнее время у меня потребность общитывать множество конформаций довольно простых соединений. И я не нашел в сети удобных средст позволяющие достоверно охватить наперед заданное конформационное пространство

Ну уж...
https://scholar.google.ru/scholar?hl=ru ... ator&btnG=

речь не идет об оценки энергии, а скорее о генерации стартовых структур для оптимизации.

Как раз для стартовых структур адекватная оценка энергии важна, чтобы не брать не оптимизацию высокоэнергетичные конформеры.

У Openbabel из консоли я не нашел как генерировать и выводить конформационное множество методом systematic rotor search.

Код: Выделить всё

obabel hexane.xyz -O hexane_conf.xyz --confab

Как я понял из дальнейшего, делает ровно то, что вам нужно: тупо вращает вокруг связей, которые сочтет вращабельными.
Но не оптимизирует всю геометрию (только по углу вращения, и отбрасывает структуры, в которых группы налазят друг на друга); не вращает по диэдралам, оканчивающимся на Н, даже если Н при гетероатоме; не способен генерировать конформации циклов; не выдает энергии (хотя и сортирует по энергии); не все дубли отбрасывает. Всех этих недостатков лишен crest, у которого, как и у obabel то преимущество, что им им очень удобно пользоваться.

[Vit Nhoc]

Мне наверно надо будет сделать то, о чём просит Uncle4enni, это несложно. Дело ещё в том что я сам собирался сделать генерацию множества начальных геометрий для оптимизации, хотя для другой задачи: добавить в модель множество молекул растворителя в случайных положениях, может быть для расчёта ONIOM (QM/MM), т.е. эти молекулы будут считаться более слабым методом.
Надо заранее продумать что может потребоваться для такой утилиты, чтобы потом не пришлось переделывать. Предположим, вы открываете файл со структурой, указываете вращение по таким-то связям, плюс указываете входной файл как шаблон и программа генерирует либо множество входных файлов, идентичных шаблону, но с другими координатами атомов. Также она генерирует bat для Орки или .bcf для Гауссиана, чтобы он разом обсчитал эти файлы; после того как они все обсчитаны, можно разом их открыть в Chemcraft чтобы программа нашла файл с наименьшей энергией, и может ещё что-то проанализировала. Задача простая.
Мне не совсем понятен такой момент: нужно ли генерировать файл в каком-то собственном формате Chemcraft, чтобы хранить там информацию об этих входных файлах или о чём-то ещё.

[Гесс]

генерация конформеров, ансамблей агрегатов (кластеров несвязанных молекул), протомеров и таутомеров - есть crest

Крест это маленько не то, что нужно, он выполняет поиск там где грубой силой задачу не решить. А если задача простая и очевидная, например конформеры н-гексана где все конформационное пространство задается путем поворота трех связей, то тут проще и надежнее крутануть эти связи, чем выполнять конформационный поск креста который сделан для больших и сложных систем.

Прямо такое реализовано в Material Studio, я пробовал один раз, не зашло категорически тупо ввиду стоимости.

[Vit Nhoc]

Прямо такое реализовано в Material Studio, я пробовал один раз, не зашло категорически тупо ввиду стоимости.

Вы имеете в виду что если не оценивать грубым методом может ли "взлететь" конформация, а просто перебрать по углам и для каждого угла выполнить оптимизацию, то многовато времени уходит?
Зато, полагаю, это надёжнее - а то вдруг этот грубый метод для оценки соврёт и вы что-то пропустите.