Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить

Какой графический стиль вы бы предпочли?

Белый фон, жёлтые атомы углерода (как было раньше)
13
28%
Белый фон, розовые атомы углерода
1
2%
Белый фон, серые атомы углерода
13
28%
Чёрный фон, желтые атомы углерода
7
15%
Чёрный фон, розовые атомы углерода (как стало сейчас)
3
7%
Чёрный фон, серые атомы углерода
6
13%
Всё равно
3
7%
Другое
0
Голосов нет
 
Всего голосов: 46

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12592
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Ср сен 08, 2021 2:46 pm

Есть случаи разного уровня поганости и зависят они от того как этим озаботился юзер и как от него огородились админы.
Случай простейший: расчет идущий на ноде пишет аутпут в папку "на кластере" то есть файл напрямую доступен с мастерноды, его легко снять файловым менеджером (я использую filezilla но никого ни к чему не призываю). У меня так настроена орка. Снимаю файл, визуализирую, принимаю решение - убиваю расчет (на slurm это команда scancel с номером задач, другие системы я давно не трогал, влет не вспомню).
Вариант второй: расчет идет на ноде, и пишет аутпут в скретч на ней же, у пользователя есть доступ к ноде. У нас так поставили гауссиан. Можно конечно заморочиться чтоб перенаправлять файл, но мне лень. Логинюсь на ноду, копирую файл в "общедоступное" место, отлогиниваюсь с ноды, снимаю файл файловым менеджером и далее по ранее описанному алгоритму.
Ситуация третья: аналогична второй но залогиниться на ноду нельзя. Тут конечно печаль-беда и сделать почти ничего нельзя. Ненадо доводить до такого, но если вдруг вы в такой ситуации и не можете настроить перенаправление - то хотя бы запускайте команду проги с time и указанием лимита времени, после которого time убьет расчет (если он не закончится сам), в конце запускающего скрипта прописываете что при окончании задачи все или избранные файлы надо скопировать в папку запуска. Это предохранитель полезный и для других ситуаций, потому как если задача не закончится к официальному таймлимиту на который вы занимаете ноду - вы (в зависимости от настроек админов) рискуете потерять все временные файлы.

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 838
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение madschumacher » Ср сен 08, 2021 5:03 pm

Vit Nhoc писал(а):
Ср сен 08, 2021 12:58 pm
А когда считают на кластерах, насколько доступна возможность открыть считаемый файл и прервать расчёт?
Никакой проблемы: можно визуализировать как на кластере, так и скачать нужные файлы на персоналку/ноут, и посмотреть там. (не видел ответ Гесса).
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12592
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Ср сен 08, 2021 6:44 pm

Да, визуализировать с кластера можно, например VMD, ASE, Molden и XCrysDen могут работать с сервера давая картинку на экране вашего ноута, это работа через "X-serever", подключается например в Putty, и требует подключения через ssh -X а не просто ssh.
Но лично по моим ощущениям это не слишком удобно, вопервых нужен хороший инет, иначе идет задержка, вовторых у всех перечисленных кроме ASE нет практически никакого удобного редактирования, а ASE просто уродливо (хотя и безусловно весьма функционально).

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 838
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение madschumacher » Ср сен 08, 2021 8:09 pm

Гесс писал(а):
Ср сен 08, 2021 6:44 pm
Да, визуализировать с кластера можно, например VMD, ASE, Molden и XCrysDen могут работать с сервера давая картинку на экране вашего ноута, это работа через "X-serever", подключается например в Putty, и требует подключения через ssh -X а не просто ssh.
Сюда же добавлю и Jmol и Chimera, тоже работают. Видел, что и GView так юзали :)
Гесс писал(а):
Ср сен 08, 2021 6:44 pm
Но лично по моим ощущениям это не слишком удобно, вопервых нужен хороший инет, иначе идет задержка,
Само собой, но обычно такие лаги бесят и в режиме командной строки тоже. Т.е. если через командную строку идёт работа, будто на компе, то и визуализаторы будут терпимы. Проблема в том, что иногда -X иногда на внешних нодах может быть недоступен, опять же, по желанию Одминов.
Гесс писал(а):
Ср сен 08, 2021 6:44 pm
вовторых у всех перечисленных кроме ASE нет практически никакого удобного редактирования, а ASE просто уродливо (хотя и безусловно весьма функционально).
Вот это, имхо, уже изврат, редактировать на кластере имеет смысл, если подключение ну ооооочень быстрое.
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12592
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Чт сен 09, 2021 12:04 am

madschumacher писал(а):
Ср сен 08, 2021 8:09 pm
Гесс писал(а):
Ср сен 08, 2021 6:44 pm
вовторых у всех перечисленных кроме ASE нет практически никакого удобного редактирования, а ASE просто уродливо (хотя и безусловно весьма функционально).
Вот это, имхо, уже изврат, редактировать на кластере имеет смысл, если подключение ну ооооочень быстрое.
Ну да, Галя балувана. Я когда вижу непотребство, сразу хочется поучаствовать рука сразу тянется исправить. Поэтому и смотрю обычно на виндовом ноуте в кемкрафте (независимо от исходно используемого ноута).

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1927
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение amge » Чт сен 09, 2021 6:45 am

А у меня на кластере из всего, что пробовал, заработал только молден. Видимо, потому что на этом кластере только базовая поддержка графики, а молден написан на голых Х-ах и, соответственно, из графических библиотек ему требуются только базовые Х-овые. Удивительно, но молден на кластере практически не тормозит, хотя командная строка ощутимо подтормаживает. Им можно редактировать: добавлять/удалять атомы, заменять их на стандартные фрагменты, выделять часть молекулы, перенумеровать атомы, ну, и вручную через встроенный редактор z-матриц. В итоге возможностей редактирования молдена вместе со своими скриптами мне зачастую хватает, чтобы весь проект сделать, не вылазя с кластера :).

ximik_unn
Сообщения: 14
Зарегистрирован: Пн июн 22, 2009 11:15 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение ximik_unn » Сб окт 02, 2021 9:07 pm

Здравствуйте. Было бы здорово, если бы программа могла "есть" входные и выходные файлы программного пакета Dalton.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 857
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вс окт 03, 2021 10:07 am

ximik_unn писал(а):
Сб окт 02, 2021 9:07 pm
Здравствуйте. Было бы здорово, если бы программа могла "есть" входные и выходные файлы программного пакета Dalton.
А разве сейчас она это не делает? В каталоге Chemcraft/samples/Dalton есть примеры.

alexp51
Сообщения: 43
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alexp51 » Сб янв 29, 2022 11:14 pm

Здравствуйте, коллеги! Подскажите пожалуйста почему в программе ChemCraft для построения графика ЯМР полученного в результате расчетов с помощью Gaussian, при переводе isotropic shieldings into chemical shifts
заложено использование коэффициента = 183.6? Кстати, например для молекулы Ethyl formate , если для атомов C в этом случае получаются более менее близкие к эксперименту значения, то для H отличаются на порядок.
Спасибо.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 857
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Сб янв 29, 2022 11:26 pm

alexp51 писал(а):
Сб янв 29, 2022 11:14 pm
Здравствуйте, коллеги! Подскажите пожалуйста почему в программе ChemCraft для построения графика ЯМР полученного в результате расчетов с помощью Gaussian, при переводе isotropic shieldings into chemical shifts
заложено использование коэффициента = 183.6? Кстати, например для молекулы Ethyl formate , если для атомов C в этом случае получаются более менее близкие к эксперименту значения, то для H отличаются на порядок.
Спасибо.
Я уже не помню, откуда взял именно такое значение. И это именно для спектров C13, а для H надо вручную вводить другие цифры. Мне было лень делать отдельные коэффициенты для C, H и других ядер.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12592
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Вс янв 30, 2022 12:23 am

Туда надо вводить сдвиги (водородные и углеродные) посчитанные для ТМС на том же уровне теории что и для вашей молекулы.

alexp51
Сообщения: 43
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alexp51 » Вс янв 30, 2022 6:40 pm

Коллеги , спасибо большое за помощь! Все понятно.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1927
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение amge » Пн янв 31, 2022 6:55 am

Гесс писал(а):
Вс янв 30, 2022 12:23 am
Туда надо вводить сдвиги (водородные и углеродные) посчитанные для ТМС на том же уровне теории что и для вашей молекулы.
На самой деле, не все так просто. Из-за кремния константы экранирования ТМС плохо считаются, и если отсчитываться от него, то будет большая систематическая ошибка. Более правильно приписывать стандарту некие эмпирические параметры, которые дают наименьшую ошибку для представительной выборки соединений. Они свои для каждого метода/базиса расчета хим. сдвигов, и их можно вывести самому, но если использовать методы, рекомендованные на сайте Тантилло, то тогда эти эмпирические параметры можно взять с того же сайта. Кроме того, у меня они есть для DFT/PBE/L22 (Природа).

alexp51
Сообщения: 43
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alexp51 » Вт фев 01, 2022 7:27 pm

Спасибо большое за инфу. Я по началу тоже задумался относительно кремния. Вижу не я один...

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12592
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Вт фев 01, 2022 10:34 pm

А большая - это сколько? Ну и если она систематическая - то и бог с ней, на идентификацию сильно не повлияет. (А несистематической она быть неможет потому как референс единый для всех пиков). Нас же не напрягают скейлинговые коэфициенты для частот и то что УФ пики можно двигать на 50нм влево-вправо.

alexp51
Сообщения: 43
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alexp51 » Ср фев 02, 2022 12:21 am

Это тоже правильно. Но кремний, по моему все таки это немного стремно в плане расчетов для интерпретации спектров для органики. Хотя ЯМР - щикам видней...

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1927
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение amge » Ср фев 02, 2022 7:05 am

Гесс писал(а):
Вт фев 01, 2022 10:34 pm
А большая - это сколько?
8 м.д. по углероду, 0.1 м.д. по протонам.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1927
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение amge » Ср фев 02, 2022 7:14 am

Если работаешь с однотипными соединениями, то проще всего и, возможно, наиболее правильно будет взять несколько соединений, для которых точно известно отнесение и экспериментальные хим.сдвиги, посчитать их и вывести свои параметры. Это быстро и для этого типа соединений, скорее всего, будет точнее. Но, если молекулы не жесткие, иметь в виду конформеры: у различных конформаций хим. сдвиги могут сильно отличаться.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12592
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Ср фев 02, 2022 8:59 am

alexp51 писал(а):
Ср фев 02, 2022 12:21 am
Это тоже правильно. Но кремний, по моему все таки это немного стремно в плане расчетов для интерпретации спектров для органики. Хотя ЯМР - щикам видней...
Не совсем понял. Почему кремний? Я про ямр-сдвиг углеродов и водородов в тетраметилсилане, который в эксперименте как раз референс.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1927
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение amge » Ср фев 02, 2022 1:03 pm

Я то, говоря про кремний, имел в виду, что тяжелые атомы (3-го и тем более 4-го периодов) вызывают в рутинных расчетах большую ошибку хим. сдвигов близлежащих легких ядер. Фиг знает, почему. Но не из-за релятивизма :)

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 3 гостя