Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить

Какой графический стиль вы бы предпочли?

Белый фон, жёлтые атомы углерода (как было раньше)
15
30%
Белый фон, розовые атомы углерода
1
2%
Белый фон, серые атомы углерода
13
26%
Чёрный фон, желтые атомы углерода
7
14%
Чёрный фон, розовые атомы углерода (как стало сейчас)
3
6%
Чёрный фон, серые атомы углерода
6
12%
Всё равно
4
8%
Другое
1
2%
 
Всего голосов: 50

alexp51
Сообщения: 55
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alexp51 » Ср фев 02, 2022 1:22 pm

Я собственно примерно тоже самое имел ввиду

alexp51
Сообщения: 55
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alexp51 » Пн фев 21, 2022 9:07 pm

amge писал(а):
Пн янв 31, 2022 6:55 am
Гесс писал(а):
Вс янв 30, 2022 12:23 am
Туда надо вводить сдвиги (водородные и углеродные) посчитанные для ТМС на том же уровне теории что и для вашей молекулы.
На самой деле, не все так просто. Из-за кремния константы экранирования ТМС плохо считаются, и если отсчитываться от него, то будет большая систематическая ошибка. Более правильно приписывать стандарту некие эмпирические параметры, которые дают наименьшую ошибку для представительной выборки соединений. Они свои для каждого метода/базиса расчета хим. сдвигов, и их можно вывести самому, но если использовать методы, рекомендованные на сайте Тантилло, то тогда эти эмпирические параметры можно взять с того же сайта. Кроме того, у меня они есть для DFT/PBE/L22 (Природа).
Коллеги, тогда такой вопрос, в ряде экспериментальных работ по ЯМР химсдвиги даются не в ppm , а в Hz и нигде почему то я не нашел , как переводить одну величину в другую. Можете ли вы помочь разрешить эту проблему?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Пн фев 21, 2022 9:52 pm

alexp51 писал(а):
Пн фев 21, 2022 9:07 pm
Коллеги, тогда такой вопрос, в ряде экспериментальных работ по ЯМР химсдвиги даются не в ppm , а в Hz и нигде почему то я не нашел , как переводить одну величину в другую. Можете ли вы помочь разрешить эту проблему?
А это приборозависимо.
Не совсем в тему кемкрафта, смотря по ответам я возможно отделю это в самостоятельную тему физхимии.
https://aklectures.com/lecture/parts-pe ... %20million.
https://www.researchgate.net/post/How_t ... _Hz_or_MHz
http://www2.chem.uic.edu/nmr/downloads/ ... 34731.html

alexp51
Сообщения: 55
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alexp51 » Пн фев 21, 2022 11:02 pm

Спасибо, Гесс!

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Ср фев 22, 2023 8:35 pm

Я портирую Chemcraft для Mac. Если тут есть кто-то, кто может это протестировать, прошу написать мне лс (или на email с моего сайта), и я вам пришлю Mac-дистрибутив.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вс фев 26, 2023 9:42 pm

Просьба протестировать Mac-версию Chemcraft:

https://chemcraftprog.com/files/Chemcraft.mac.zip

Тут есть проблемы с установкой. Пока я не завёл сертификат для программы и не поместил её в Apple Store (возможно для меня это будет слишком сложно). Поэтому инсталлировать надо так:

1) Попробовать запустить (не получится);
2) Открыть “Системные настройки” на вашем Mac;
3) Перейти к “Безопасность и конфиденциальность” и выбрать “Общее”.
4) Будет кнопка «Все равно открыть» для Chemcraft;
5) Нажать “Все равно открыть” для отмены блокировки;
6) Снова запустить Chemcraft и нажать “Открыть”.

Теоретически таким способом можно подхватить вирусы, но я как вы понимаете этого не хочу, и я проверил этот дистрибутив онлайн-сервисом Virustotal. Это сервис, проверяющий программы всеми антивирусами. Вот скриншот его отчёта, где сообщается что ни один антивирус не среагировал:

https://chemcraftprog.com/files/tmp/vir ... 220226.png

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вс фев 26, 2023 9:44 pm

[]

alexp51
Сообщения: 55
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alexp51 » Сб мар 04, 2023 12:23 am

Коллеги, у меня вопрос. Можно ли с помощью Chemcraft посчитать Вандерваа́льсовы объем и площадь молекулы ? Если нет, то может какую другую программу посоветуете.
Спасибо!

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Сб мар 04, 2023 7:59 am

alexp51 писал(а):
Сб мар 04, 2023 12:23 am
Коллеги, у меня вопрос. Можно ли с помощью Chemcraft посчитать Вандерваа́льсовы объем и площадь молекулы ? Если нет, то может какую другую программу посоветуете.
Спасибо!
Сейчас можно посчитать столкновительные диаметры:

Изображение

https://chemcraftprog.com/help/colldiamwindow.html

Столкновительные диаметры считаются по изотропной статической поляризуемости, формулы есть по ссылке. Заодно от меня вопрос - как вы полагаете, насколько это корректный подход?
Также сейчас Chemcraft может посчитать площадь молекулы (Tools/Calculate molecular area).

alexp51
Сообщения: 55
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alexp51 » Вс мар 05, 2023 2:13 am

Спасибо . Про то , что считаются столкновительные диаметры я в курсе а про площадь молекулы забыл. Правильно ли я понял, что для расчета площади вы исходили из Вандерваа́льсовых радиусов?
Насчет корректности подхода - формулы я смотрел и по моему все достаточно корректно, хоть для меня эта тема не родная , правда вот сейчас вспомнил, что как то возникала такая задача, но потом интерес заказчика к ней упал - деньги закончились. Поэтому не стоит считать мои слова истиной в последней инстанции (и где я научился таким словам...?).
Спасибо еще раз!

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вс мар 05, 2023 9:03 am

alexp51 писал(а):
Вс мар 05, 2023 2:13 am
Спасибо . Про то , что считаются столкновительные диаметры я в курсе а про площадь молекулы забыл. Правильно ли я понял, что для расчета площади вы исходили из Вандерваа́льсовых радиусов?
Нет, там используются столкновительные диаметры. Честно говоря я уже не помню, откуда брал столкновительные диаметры, надо посмотреть и обновить страничку хелпа. Спасибо за напоминание.
А какие радиусы на ваш взгляд корректнее использовать для вычисления площади - вандерваальсовы или столкновительные? Или лучше сделать выбор - и то и то?
Для каких задач может потребоваться вычисление объёма молекулы?

alexp51
Сообщения: 55
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alexp51 » Вс мар 05, 2023 2:15 pm

По моему лучше сделать выбор и то и то. Было бы очень классно.
Для каких задач может понадобиться. Например вычисление объема для оценки того, поместится ли данная молекула внутри чего нибудь , например фуллерена, а знание площади молекулы в выделенном направлении для оценки того пролезет ли данная молекула куда нибудь, например в нанотрубку , это наиболее простые примеры. Есть и более сложные случаи.
Если вам удастся реализовать данные возможности, известите плз пользователей.
Спасибо!

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Вс мар 05, 2023 7:51 pm

Например вычисление объема для оценки того, поместится ли данная молекула внутри чего нибудь , например фуллерена, а знание площади молекулы в выделенном направлении для оценки того пролезет ли данная молекула куда нибудь, например в нанотрубку , это наиболее простые примеры. Есть и более сложные случаи.
А что такое объём молекулы в вашем понимании? Сейчас Chemcraft может рассчитать параметры минимального параллелепипеда, в который влезает Chemcraft: A, B, C. A это длина молекулы, и наверно именно она определяет, влезет ли молекула в фуллерен. C это толщина молекулы. Можно перемножить A*B*C и получить как бы объем, это то что вам подходит?
Расскажите, что это за более сложные случаи.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Вс мар 05, 2023 8:41 pm

В простейшем случае обьем молекулы расчитывают экспериментально исходя из плотности жидкости и молярной массы молекулы. Эта величина завышена за счет пробелов между молекулами и может быть занижена за счет сильного межмолекулярного взаимодейстсия.
Второй вариант это GEPOL или любые изоэлектрические или сольватные поверхности, предпочтительно зависящие от заряда частицы а не только оперирующие зафиксированными радиусами. Почему - см следующий пункт:
От обьема зависит лямбда, которая в уравнениях электронного хопинга по маркусу. Там есть прекрасная величина энергия реорганизации растворителя.

Аватара пользователя
bigM
Сообщения: 4948
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2017 2:05 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение bigM » Вс мар 05, 2023 9:13 pm

а таким образом можно прогнозировать будет ли один метал или неметалл с другим образовывать твердые растворы или интерметаллиды?
Не красота спасёт мир, а транквилизаторы.

alexp51
Сообщения: 55
Зарегистрирован: Пт янв 01, 2016 2:51 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение alexp51 » Вс мар 05, 2023 9:14 pm

Вы писали: Можно перемножить A*B*C и получить как бы объем, это то что вам подходит?
Да конечно подходит, если диаметры атомов вандерваальсовы, но вы сказали что они столкновительные.

Более сложный случай это в задачах по ионному обмену, может ли молекула чисто из стерических соображений подойти к данному активному центру ионита, который синтезирован аминированием нитрильных групп полиакрилонитрильного волокна этилендиамином или диметиламинопропиламином. Там достаточно сложная разветвленная структура получается. Разумеется все эти прикидки проводятся в первом приближении.

Над тем что сказал Гесс (спасибо) я еще подумаю. На ходу пока уловить все это не получается.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Гесс » Пн мар 06, 2023 2:18 am

bigM писал(а):
Вс мар 05, 2023 9:13 pm
а таким образом можно прогнозировать будет ли один метал или неметалл с другим образовывать твердые растворы или интерметаллиды?
Практически наверняка нет.
Я не знаю есть ли под это хоть какая-то теория, и исходя из того что мы каждый раз лезем искать экспериментальные диаграммы - практически наверняка нет никакой нормальной теории. Ну то есть есть классические принципы про структуры замещения vs структуры внедрения, и про мягкость оболочек, но не более того. То есть сказать "когда оно скорее всего не будет расслаиваться" мы "пальцем к носу" можем, но уж будет ли там интерметаллид - это прям сложно.
Чисто для примера, почти первая попавшаяся диаграмма:
2023-03-06 00.16.49.jpg
Если я это правильно читаю, то в диапазонах 5-50 и 70-85 - смешивается (без интерметаллидов), в прочих диапазонах - сегрегирует.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2015
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение amge » Пн мар 06, 2023 6:36 am

Vit Nhoc писал(а):
Вс мар 05, 2023 9:03 am
Для каких задач может потребоваться вычисление объёма молекулы?
Например, входит в уравнение для времени корреляции вращения молекул.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение Vit Nhoc » Пн мар 06, 2023 8:58 am

amge писал(а):
Пн мар 06, 2023 6:36 am
Vit Nhoc писал(а):
Вс мар 05, 2023 9:03 am
Для каких задач может потребоваться вычисление объёма молекулы?
Например, входит в уравнение для времени корреляции вращения молекул.
И какой объём здесь предполагается - произведение A*B*C (объём минимального параллелепипеда, в который влезает молекула)?

Аватара пользователя
bigM
Сообщения: 4948
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2017 2:05 am

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Сообщение bigM » Пн мар 06, 2023 1:05 pm

Гесс писал(а):
Пн мар 06, 2023 2:18 am
Если я это правильно читаю, то в диапазонах 5-50 и 70-85 - смешивается (без интерметаллидов), в прочих диапазонах - сегрегирует.
сегрегирует это расслоение без смешивания?
ПС а проблемы моделирования связаны с обобществленными электронами?
Не красота спасёт мир, а транквилизаторы.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя