Визуализация орбиталей в орке.

[Гесс]

Есть аутпут файл (орчий) с учетом того что в него писались орбитали с помощью Print[p_mos].
Есть gbw файл, также содержащий орбитали.
Есть Gabedit, в настройках которого (Setting, Preferences, Comands) прописан путь к исполняющему файлу орки поставленной на тот же комп и рабочей.
Есть инструкция http://theochem.org/CompChem11f/cc_11_lab1.pdf
Gbw файл габедит открывать отказывается, из аутпута могу согласно инструкции вытащить геометрию, но в меню М пункта Orbitals нет. Как и Surfaces.
Есть Кемкрафт, Авогадро, Молекула, Кемофис.
Как визуализировать орбитали???
Заранее спасибо.
P.S. То что чтото писалось в аутпут гарантированно, размер без Print[p_mos] около 3-4 метров, а с этим указанием - больше 12.
Рассчет окончился нормально.

[endlesslake]

как вариант, правда наверное не самый удобный, понаделать из gbw кубов с помощью orca_plot и импортировать их в кемкрафт

[Гесс]

как вариант, правда наверное не самый удобный, понаделать из gbw кубов с помощью orca_plot и импортировать их в кемкрафт

Ну я сделал в формтае гауссиановских Кубов, кемкрафт понимает.
Вот только он делает по одной орбитали. Не, я конечно понимаю что это лучше чем ничего. Но блин...

Счас смотрел аутпут, я наверное че то туплю, но почему оно прописывает заполненность орбиталей как 1 а не как 2? Рассчет был UHF, оно в этом рассчете типа отдельно альфа и бета прописывает?

[Lantano]

В UHF, действительно, для электронов с разным спином разные наборы МО.

[Гесс]

А, все я разобрался.
При УХФе орка сначала расписывает все SPIN UP ORBITALS, а потом все SPIN DOWN ORBITALS, до которых я тупо недомотал.
В моем извращенном понимании казалось логичным указывать рядом альфы и беты для одних и тех же оррбиталей, ну да ладно, Низе я думаю лучше знает как должно быть.

Еще один коварный вопрос:
Список орбиталей начинается с 0ой. Когда я запрашиваю орка_плот сделать Куб для скажем 100ой орбитали - он делает куб для орбитали №100 или для сотой от 0, то есть №99? По Кубу можно определить относится ли он к занятой или свободной орбитали?

[alxyppv]

Насколько я помню, понять по кубу, заполнена орбиталь или нет невозможно. Когда Вы просите Орку построить куб для 100-й орбитали, то она построит его для 100-й в своем понимании, т.е. для 101 в человеческом исчислении (100+1).

[Shorku]

В моем извращенном понимании казалось логичным указывать рядом альфы и беты для одних и тех же оррбиталей, ну да ладно, Низе я думаю лучше знает как должно быть.

а Вы интереса для не пробовали сравнивать строение и энергии альфа и бета орбиталей? Особенно наглядно будет построить диаграмму (гауссвью, например, умеет)- что там с чем рядом ставить-то?

[sanya1024]

Кстати, есть orca2mkl или как-то еще похожим образом называемый инструмент в Орке -- конвертит gbw файлы в формат Molekel или Molden (в зависимости от ключа в ком. строке). А Молденовские файлы отлично визуализируются КемКрафтом. Гляньте в мануал -- там про это написано.

[Гесс]

С помощью orca_2mkl я создал согласно мануалу молден-инпут и мкл файлы.
Только вот не открываются они ни кемкрафтом ни авогадро ни габедитом.
Нашел. В кемкрафте молден поддерживается с 332 версии а у меня 315.
Надо или искать 332 или мириться с тем что имею.

Скачал молден. Интерфейс - просто сказка. Геометрию он из своего файла вытянул. А вот с поверхностями. Он рисует какие то жуткие сетки которые явно не имеют ничего общего с орбиталями и очень неохотно вертятся.

[sanya1024]

В молдене есть способ нарисовать нормальные трехмерные поверхности, хоть и страшненькие. Только у меня молдена под рукой нет, не подскажу сейчас. Может, на рабочем компе найдется -- посмотрю.

[Auld-Bore]

Попробуйте gmolden http://www.cmbi.ru.nl/molden/opengl.html

[sanya1024]

так по интерфейсу это одно и то же

[Гесс]

Проблема временно решена установкой триального Кемкрафта последней версии.

[sanya1024]

Кстати, да. И в предыдущих версиях Кемкрафта был глюк -- надо было глобально удалять какой-то пробел в некоторых строчках молденовского файла (кажется, тут на форуме где-то был совет), иначе файл не открывался. Вроде бы в последней версии пофиксили. А до Молдена на работе я пока не добралась, sorry.

[Гесс]

Ага. Вот тут:
viewtopic.php?f=71&t=70978&start=60
Именно благодаря вашему сообщению в этой теме я знаю что мой "постоянный" Кемкрафт 315 версии молден не тянет.
А пробелы после знака равенства там есть.

[Enchanter]

А, все я разобрался.
При УХФе орка сначала расписывает все SPIN UP ORBITALS, а потом все SPIN DOWN ORBITALS, до которых я тупо недомотал.
В моем извращенном понимании казалось логичным указывать рядом альфы и беты для одних и тех же оррбиталей, ну да ладно, Низе я думаю лучше знает как должно быть.

Еще один коварный вопрос:
Список орбиталей начинается с 0ой. Когда я запрашиваю орка_плот сделать Куб для скажем 100ой орбитали - он делает куб для орбитали №100 или для сотой от 0, то есть №99? По Кубу можно определить относится ли он к занятой или свободной орбитали?

Orbital Occ. Energy(Eh) Energy(eV): Sym
0: 2.000000 -795.561817 -21648.3376 1-Au
1: 2.000000 -795.561563 -21648.3307 1-Ag
2: 2.000000 -115.239640 -3135.8300 2-Au
....
197: 2.000000 -0.331231 -9.0132 98-Ag
198: 2.000000 -0.325010 -8.8440 99-Ag
199: 2.000000 -0.325001 -8.8437 101-Au
200: 0.000000 0.129784 3.5316 106-Ag

199 - HOMO, 200 - LUMO. В Orca_plot счет также идет с 0-й, делайте запрос на 199 и 200 и будет вам счастье.

ЗЫ. Почему у вас UHF орбитали?

[Гесс]

199 - HOMO, 200 - LUMO. В Orca_plot счет также идет с 0-й, делайте запрос на 199 и 200 и будет вам счастье.

Так и делаю.

ЗЫ. Почему у вас UHF орбитали?

Проверялось влияние опен-шелл рассчета на клоуз-шелл систему. Сейчас уже играюсь с RHF.