Базис и псевдопотенциал для расчета комплексов Tb, Dy, Er

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Fanfate
Сообщения: 106
Зарегистрирован: Вс мар 17, 2013 1:38 pm

Базис и псевдопотенциал для расчета комплексов Tb, Dy, Er

Сообщение Fanfate » Вс мар 17, 2013 1:43 pm

Приветствую всех.
Помогите выбрать базис и псевдопотенциал для расчета комплексов Tb, Dy, Er в рамках DFT (программный комплекс GAMESS-US).
Для f элементов лучше использовать функционал PBE0 или др.?

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: Базис и псевдопотенциал для расчета комплексов Tb, Dy, E

Сообщение o-oxhem » Вс мар 17, 2013 2:15 pm

Хорошим подспорьем будет ресурс https://bse.pnl.gov/bse/portal

alxyppv
Сообщения: 560
Зарегистрирован: Сб апр 07, 2007 11:23 am

Re: Базис и псевдопотенциал для расчета комплексов Tb, Dy, E

Сообщение alxyppv » Вс мар 17, 2013 2:56 pm

здесь можно посмотреть, прямо от создателей
http://www.theochem.uni-stuttgart.de/ps ... se.en.html
А.П.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Базис и псевдопотенциал для расчета комплексов Tb, Dy, E

Сообщение sanya1024 » Вс мар 17, 2013 5:04 pm

Для расчетов структуры комплексов сойдет любой приличный функционал. Для спектроскопии, скорее всего, DFT не пойдет вообще.
Если не рассматриваются f-f и f-d переходы внутри иона лантанида, советую брать 4f-in-core ECP со Штуттгартского сайта: ECP54MWB для Tb3+, а для Dy3+ и Er3+ -- ECP55MWB и ECP57MWB, соответственно. Брать их надо в формате Turbomole, как наиболее близкого к Гамессовскому и требующего лишь минимальной переделки.
К Dy3+ и Er3+ понадобится некий хак, поскольку Гамесс не умеет вычитать в виде остова нечетное число электронов. Хак состоит в том, что взяв правильный ECP, мы дважды сообщаем Гамессу неправильное число электронов: сначала в $DATA для Dy, например, говорим, что его атомный номер 67, а не 66 (при этом ChemCraft будет воспринимать его как Ho), а потом в $ECP говорим, что у нас не GEN 55 4, а GEN 56 4. Таким образом, "лишний" электрон, добавленный в виде атомного номера в $DATA, вычтется в виде ECP. Сам же ECP в группе $ECP мы приводим правильный, Dy ECP55MWB, это важно. И для Er3+ аналогично.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Fanfate
Сообщения: 106
Зарегистрирован: Вс мар 17, 2013 1:38 pm

Re: Базис и псевдопотенциал для расчета комплексов Tb, Dy, E

Сообщение Fanfate » Чт мар 21, 2013 2:47 pm

К сожалению, для комплекса Тербия ССП процедура не сошлась, при этом полная энергия осциллирует с большой амплитудой. Быть может, есть способы улучшить сходимость?

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Базис и псевдопотенциал для расчета комплексов Tb, Dy, E

Сообщение amge » Чт мар 21, 2013 3:09 pm

Fanfate писал(а):Быть может, есть способы улучшить сходимость?
Документацию к GAMESS US (REFS.DOC, подзаголовок convergence accelerators) смотрели, пробовали и ничего не помогло?

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Базис и псевдопотенциал для расчета комплексов Tb, Dy, E

Сообщение sanya1024 » Чт мар 21, 2013 5:08 pm

Показывайте инпут
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Fanfate
Сообщения: 106
Зарегистрирован: Вс мар 17, 2013 1:38 pm

Re: Базис и псевдопотенциал для расчета комплексов Tb, Dy, E

Сообщение Fanfate » Сб мар 23, 2013 2:50 pm

sanya1024 писал(а):Показывайте инпут
Управляющие карты:
$CONTRL SCFTYP=UHF RUNTYP=OPTIMIZE ICHARG=0 COORD=UNIQUE
DFTTYP=PBE0 MULT=7 PP=READ LOCAL=BOYS
MAXIT=200 QMTTOL=1.0E-5 ICUT=11 $END
$SYSTEM MWORDS=50 $END
$SCF DIRSCF=.T. FDIFF=.F. DIIS=.T. $END
$STATPT OPTTOL=0.00001 NSTEP=3000 HSSEND=.TRUE. $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Базис и псевдопотенциал для расчета комплексов Tb, Dy, E

Сообщение sanya1024 » Вс мар 24, 2013 1:01 am

1. UHF не надо.
2. Поскольку использован 4f-in-core ECP (это так?), то все f электроны -- в остове, следовательно, MULT=1
3. ICHARG=3, если речь идет о голом ионе Ln3+, или сообразно кол-ву заряженных лигандов.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

avelon
Сообщения: 492
Зарегистрирован: Ср авг 12, 2009 5:09 pm

Re: Базис и псевдопотенциал для расчета комплексов Tb, Dy, E

Сообщение avelon » Пт янв 03, 2014 6:25 pm

sanya1024 писал(а):Для расчетов структуры комплексов сойдет любой приличный функционал. Для спектроскопии, скорее всего, DFT не пойдет вообще.
Если не рассматриваются f-f и f-d переходы внутри иона лантанида, советую брать 4f-in-core ECP со Штуттгартского сайта: ECP54MWB для Tb3+, а для Dy3+ и Er3+ -- ECP55MWB и ECP57MWB, соответственно. Брать их надо в формате Turbomole, как наиболее близкого к Гамессовскому и требующего лишь минимальной переделки.
К Dy3+ и Er3+ понадобится некий хак, поскольку Гамесс не умеет вычитать в виде остова нечетное число электронов. Хак состоит в том, что взяв правильный ECP, мы дважды сообщаем Гамессу неправильное число электронов: сначала в $DATA для Dy, например, говорим, что его атомный номер 67, а не 66 (при этом ChemCraft будет воспринимать его как Ho), а потом в $ECP говорим, что у нас не GEN 55 4, а GEN 56 4. Таким образом, "лишний" электрон, добавленный в виде атомного номера в $DATA, вычтется в виде ECP. Сам же ECP в группе $ECP мы приводим правильный, Dy ECP55MWB, это важно. И для Er3+ аналогично.
подскажите статью где описана данная процедура, либо как корректно это описать для статьи?

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Базис и псевдопотенциал для расчета комплексов Tb, Dy, E

Сообщение sanya1024 » Пт янв 03, 2014 9:48 pm

Это насчет хака? да вообще про него не надо говорить. Это скорее способ обойти баг Гамесса, к-рый признает ECP, съедающий только четное число электронов.
А использование 4f-in-core ECP для лантанидов -- дело стандартное, для того их и конструировали.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: Baidu [Spider] и 7 гостей