Отрывается атом

[eurogriz]

Добрый день.
После расчете молекулы методом ab-initio, при просмотре конечного файла наблюдается отрыв атома Cl от молекулы, это нормальное явление? (я в расчетах не очень силен)

[kbob]

Добрый день.
После расчете молекулы методом ab-initio, при просмотре конечного файла наблюдается отрыв атома Cl от молекулы, это нормальное явление? (я в расчетах не очень силен)

От какой молекулы? HF.

[Rusia]

А какая программа для расчётов и какая для визуализации?
Кемкрафт часто "рвёт" связи между галогенами и углеродами. Если расстояние чуть чуть стало больше, чем в начальной геометрии, то всё в порядке.

Или натурально расстояние между атомами становится слишком большим? То можно ли нам взглянуть на формулу?

[o-oxhem]

Добрый день.
После расчете молекулы методом ab-initio, при просмотре конечного файла наблюдается отрыв атома Cl от молекулы, это нормальное явление? (я в расчетах не очень силен)

а каким из ab - initio методов считаете? Но связи в визуализаторах изображаются по такому критерию как расстояние.

[eurogriz]

Я считал методами DFT и HF, пробовал Gaussian и Gamess, а визуализировал в ChemOffice и GaussView.

Снимок.JPG

[o-oxhem]

Поскольку Вы совсем новичок в кв. химии, то наводящие вопросы
1) с каким базисным набором считали? (это нужно указать)
2) HF- это ab-initio метод (один из большого множества), а для DFT какой функционал?
3) а что расстояния не указали? Вас же беспокоит "отрыв" атома, которого, наверное, не было.

[eurogriz]

1) Базис - 6-311G
2) Функционал - B3LYP
3) Расстояние я не указывал.

[Shorku]

3) Расстояние я не указывал.

Вот Вас и просят написать, какое расстояние получилось.

[eurogriz]

2,401А

[o-oxhem]

1) Базис - 6-311G
2) Функционал - B3LYP
3) Расстояние я не указывал.

1) желательно применять базисный набор с поляризационными функциями, например, 6-31G(d,p).
2) B3LYP - полуэмпирический функционал

[Shorku]

2,401А

это окончательная цифра, или та, на которой Вы прервали оптимизацию?

[amge]

В молекуле концевая группа CF2. Это CНF2? Или радикал?

Покажите, пожалуйста, инпут.

[eurogriz]

2,401А - окончательная цифра.
Концевая группа CHF2

[eurogriz]

Input:
%Chk=Untitled-1.chk
# RB3LYP/6-311G Opt Test

[No Title]

0 1
C 0 -1.7685 -0.3851 0.0478
F 0 -1.2003 0.2887 1.1156
F 0 -2.7806 0.4108 -0.5144
C 0 -0.7267 -0.6899 -1.0025
F 0 -0.6402 -2.0666 -1.1895
F 0 -1.0763 -0.0803 -2.2041
C 0 0.6205 -0.1558 -0.5340
O 0 0.4721 0.4526 0.7203
S 0 1.7871 1.1267 1.4766
O 0 1.6305 1.7691 2.8007
Cl 0 3.5921 1.0706 0.5940
H 0 -2.2347 -1.3369 0.4111
H 0 1.3455 -0.9966 -0.4549
H 0 0.9974 0.5926 -1.2666

[amge]

И в самом деле, хлор хочет отвалиться. Может, так и должно быть?

Вы уверены, что соединения ROS(=O)Cl вообще существуют?
C сульфохлоридом RS(=O)₂Cl не перепутали случайно?

[Shorku]

Какая-то не самая очевидная конформация, но это не принципиально. Расчет в ORCA тоже дает немаленькую длину связи.

Вы уверены, что соединения ROS(=O)Cl вообще существуют?
C сульфохлоридом RS(=O)₂Cl не перепутали случайно?

может, интермедиат какой-нибудь?

[eurogriz]

Реакция получения данного хлорсульфита была разработана в 2002 году в ВолгГТУ, и по ней уже несколько кандидатских защитили. Ссылка на патент ( http://www.findpatent.ru/patent/224/2247110.html )

[eurogriz]

Вещество вроде устойчивое.

[amge]

Снимаю свои вопросы и прошу прощения за недоверие.

Вот какая оптимальная конформация у меня получилась (конф. анализ тинкером + оптимизация DFT/PBE/L1):

eee.0001.xyz

Длина связи S-Cl практически такая же, как и в изомерном сульфохлориде и, кстати, последний, вопреки моим ожиданиям, даже выше по энергии.

[eurogriz]

А можете input для gaussian дать?