PSI3/PSI4

[kbob]

Случайно обнаружил дебиановcкий пакет http://packages.debian.org/ru/sid/psi3 для ab-inition квантово-механических расчетов.
На сайте разработчика http://www.psicode.org/ доступна и более свежая версия.

Хотелось бы услышать резюме по поводу этой программы и если можно сравнение с другими популярными пакетами.

[sanya1024]

Я psi4 пробовала для coupled clusters. Тестила на бензоле -- с симметрией ничего себе считает, а если симметрию отключить, то полный трындец. На 8-ядернике с 24 гигами памяти, ежличо. Может, я что-то не так делала...

[kbob]

Скачал последнюю версию PSI4 - вполне приличная скорость.
Памяти по дефолту берет 256 Мб, остальное за счет файлов в директории /tmp (можно переконфигурить)
Initial guess для HF расчета берет в виде density fitted basis, на последних итерациях переключается на нормальный базис, что наоборот значительно ускоряет расчет. Абелевы группы симметрии учитывает автоматом.

В базисе cc-pV5Z правда вылезла ошибка, но для бета-версии это нормально.
[cut]ERROR: ERI - libint cannot handle angular momentum this high.
In a fresh object directory, reconfigure libint for higher angular momentum, then recompile.
Traceback (most recent call last):
File "<string>", line 48, in <module>
File "/usr/local/psi4/share/psi/python/driver.py", line 526, in energy
procedures['energy'][lowername](lowername, **kwargs)
File "/usr/local/psi4/share/psi/python/proc.py", line 721, in run_mp2_select
return run_dfmp2(name, **kwargs)
File "/usr/local/psi4/share/psi/python/proc.py", line 1453, in run_dfmp2
scf_helper(name, **kwargs)
File "/usr/local/psi4/share/psi/python/proc.py", line 707, in scf_helper
e_scf = PsiMod.scf(precallback, postcallback)
RuntimeError: value for ERI - libint cannot handle angular momentum this high.
In a fresh object directory, reconfigure libint for higher angular momentum, then recompile. exceeded.
allowed: 6 actual: 6
file: /opt/psi4.0b4/src/lib/libmints/eribase.cc
line: 1031
PSIO_ERROR: Failed to write toclen to unit 32.
terminate called after throwing an instance of 'psi::PsiException'
what(): PSIO Error
file: /opt/psi4.0b4/src/lib/libpsio/toclen.cc
line: 89
Aborted (core dumped)[/cut]

[sanya1024]

ХФ -- это нормально. Вот с coupled clusters почти везде засада.

[kbob]

В бета версии CASSCF модуль пока выключен https://github.com/psi4/psi4.0b4/issues/1. Печалька.

[kbob]

Когда ожидается следующий релиз?

[Гесс]

Про релиз незнаю. А у них ни форума ничего нет? А то как то печалька. Ошибки сыплются одна за другой а вариантов кроме как писать разработчикам нету.
Я например уже дважды поймал

LIBDPD: Out-of-core algorithm not yet coded for qpsr sort.
Error in: buf4_sort_axpy

хотя у Кроуфорда вот тут http://psicode.sourcearchive.com/docume ... ource.html
написано что

the enum-argument labelling is used in this list
** IC=in-core capable; OOC=out-of-core capable
** pqrs: error ** pqsr: IC/OOC
** prqs: IC/OOC ** prsq: IC/OOC
** psqr: IC ** psrq: IC
** qprs: IC/OOC ** qpsr: IC/OOC
** qrps: IC ** qrsp: IC
** qspr: IC ** qsrp: IC
** rqps: IC ** rqsp: IC
** rpqs: IC ** rpsq: IC
** rsqp: IC ** rspq: IC/OOC
** sqrp: IC ** sqpr: none
** srqp: IC ** srpq: IC
** spqr: IC ** sprq: IC

Причем однотипный расчет опеншельной ситемы в каплкластере нормально идет для этильного радикала но валится с этой ошибкой в разделе "Computing (T) contributions to CC density" для чуть большей системы. Загадошно. Но клоздшелнутый каплкластер считает действительно быстро, и опеншелнутый с настройкой

optimize('ccsd(t)', dertype=0)

тоже неплохо (расчет энергий а не градиентов)

[kbob]

Вы смотрите исходный код 3-й версии.

Out-of-core algorithm not yet coded

почти везде. Выделяете побольше оперативной памяти.
Заметил правда одну ошибку в связи с этим.
MK-MRPT2 забрал на задачу 15Gb, а MK-MRCCSD всего 3,5 Gb на том же input-е.

А вообще, я в psi4 считаю только MK-MR и DCFT, остальное есть в других пакетах и лучшего качества.

[Гесс]

Вы смотрите исходный код 3-й версии.

Out-of-core algorithm not yet coded

почти везде. Выделяете побольше оперативной памяти.

То есть при переходе между версиями они решили эти блоки переписать заново?

А вообще, я в psi4 считаю только MK-MR и DCFT, остальное есть в других пакетах и лучшего качества.

Куда пойти - куда податься, кого найти и так далее.