TOO MANY SPHERES

[АлександрI]

Уважаемые форумчане,
выполняя процедуру EFP+PCM(SMD) c возрастающим числом фрагментов,
я получаю сообщение:
PEDRA: TOO MANY SPHERES, -MXSP- MUST BE LARGER.
EXECUTION OF GAMESS TERMINATED -ABNORMALLY-
Чтобы увеличить MXSP, ищу в мануале его дефолтное значение - и что же?:
MXSP = the maximum number of spheres.
Default: MXATM parameter in GAMESS.
Это как понимать, да и MXATM нигде более в мануале не встречается...
Пробовал увеличивать MXSP, а с ним и MXTS - всё то же сообщение от Pedra...
Что тут можно было бы предпринять?

[Ferom]

MXATM встречается еще в файле PROG.DOC. По дефолту он равен 2000 (в моей версии GAMESS). Попробуйте установить MXSP=4000.

[АлександрI]

MXATM встречается еще в файле PROG.DOC.

Да, действительно, там он есть в скрипте, спасибо. Но как я смогу это Ваше замечание использовать для возникшей у меня проблемы?

Попробуйте установить MXSP=4000.

Как я упомянул в своём посте, я уже менял MXSP. Вплоть до 20000. Прога на это никак не реагирует, всё талдычит в аутпуте своё:

Код: Выделить всё

 -----------------------------
     INPUT FOR PCM GRADIENT METHOD
     -----------------------------
     IPCDER  =         3     IFAST   =         0
     FIXPVA GRADIENTS BY PEIFENG SU AND HUI LI
  

 PCM DIMENSIONS: MXSP=  2000, MXTS=      1640, MEMORY=         57443

Напрашиваются предположения:
1. Текст мануала

Default: MXATM parameter in GAMESS.

означает, что MXSP в GAMESSе изменить нельзя ( во всяком случае в моей версии gamess.11-32)??
2. Комбинация EFP+PCM ограничена молекулы из трёх десятков атомов и десятком воды?!

[Ferom]

Но как я смогу это Ваше замечание использовать для возникшей у меня проблемы?

Если проблема в том, чтобы увеличить MXATM, то необходимо перекомпилировать GAMESS.

Комбинация EFP+PCM ограничена молекулы из трёх десятков атомов и десятком воды?!

Если проблема с завершением расчета EFP+PCM, то общая стратегия в следующем: делать сначала оптимизацию с одним фрагментом, потом включать PCM, затем с двумя фрагментами и т.д. Может быть, Вы уже так делали, тогда не знаю.

[АлександрI]

общая стратегия в следующем:

Да, спасибо, я так и делаю. Но после очередной добавки фрагмента выполнение РСМ не происходит, так как, если верить сообщению в аутпуте, мало сфер. Тогда

проблема в том, чтобы увеличить MXATM

чтобы увеличить MXATM, то необходимо перекомпилировать GAMESS

То есть Вы согласны с тем, что MXSP=2000 зашито в GAMESS(US), и, наверное, и в FF просто потому, что это никому не надо было? А вот в процедуре EFP+PCM - оказалось надо.

[Ferom]

То есть Вы согласны...

Нет.

...если верить сообщению в аутпуте, мало сфер.

Пронумерованный список сфер в аутпуте показан перед фразой INPUT FOR PCM GRADIENT METHOD. Для вашей задачи количество сфер не должно быть больше 100. Ваша ошибка связана с чем-то другим.

Да, спасибо, я так и делаю. Но после очередной добавки фрагмента выполнение РСМ не происходит...

Можно поменять стратегию. При помощи молмеханики приготавливается начальная конфигурация молекулы в окружении молекул воды, а затем запускается EFP+PCM. Проверено сегодня на GAMESS 2010 – оптимизация геометрии молекулы из 40 атомов и 71 фрагмента (UHF 6-31G) – полет нормальный.

[sanya1024]

Ну вот, я вернулась из отпуска. Попробуем разобраться.
Как работает процедура PCM. Программа берет молекулу, строит вокруг каждого атомного центра сферу ван-дер-Ваальсовского радиуса -- объединение этих сфер дает трехмерное тело, к-рое затем обкатывают шариком радиусом RSOLV. Полученная поверхность и есть та самая полость вокруг молекулы, на внутренней стороне к-рой различными способами вычисляют наведенный заряд. Так вот, если наша система (молекула + EFPs) слишком развесистая, то даже построить ван-дер-Ваальсову сферу становится затруднительно. Причем в какой момент (при каком кол-ве EFP-шек) это произойдет -- зависит от конфигурации. Чуть сдвинете фрагмент -- ван-дер-Ваальсова "дуля" станет более компактной, сможете работать дальше. Добавите еще один фрагмент -- снова упретесь в ту же самую ошибку.
Можно, конечно, перекомпилировать GAMESS, увеличив MXATM. Но не думаю, что это сильно осмысленно. Чем более развесистая система, тем менее численно стабильной становится процедура генерирования полости. Оно Вам надо?
И вообще, АлександрI, покажите, что Вы там такое делаете? может, вообще это не нужно делать?