Разыскивается программа или программисты

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Разыскивается программа или программисты

Сообщение Гесс » Сб июл 21, 2012 8:28 pm

Даже незнаю где спросить. Вопрос несовсем химический.
Разыскивается программа, программисты способные такую программу написать, или форум математиков-программистов.
Требования к программе:
Существует множество точек (в химическом смысле - атомов, но математикам, программистам и программе поидее пофиг), задаваемых каст. кооррдинатами.
Необходимо:
Построить сферу минимального радиуса включающую все точки (мне кажется почти элементарным).
Построить сферу максимального радиуса не включающую ни одной точки, причем центр должен находиться внутри большой сферы. Насколько я понимаю для этого используются алгоритмы построения трехмерных диаграмм Воронова или триангуляция Делоне (программы ищущие точки Делоне в трехмерном пространстве существуют в интернете, но как приткнуть их к своей задаче я пока не сообразил).
Определить лежит ли центр второй сферы на поверхности первой.
Визуализировать - отобразить точки-атомы (желательно со связями если расстояние между точками меньше чем скажем 1.8 ), и невключающую сферу.

Upd: Возможно проблему удастся решить с применением Матлаба. http://www.mathworks.de/help/techdoc/re ... l#f16-6381
Последний раз редактировалось Гесс Сб июл 21, 2012 11:24 pm, всего редактировалось 1 раз.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Разыскивается программа или программисты

Сообщение Shorku » Сб июл 21, 2012 10:42 pm

а как же почитать наше все?
http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9E%D0% ... 1%80%D0%B0
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Разыскивается программа или программисты

Сообщение Гесс » Сб июл 21, 2012 11:21 pm

ограничивающая сфера это первый пункт плана. Причем на данный момент даже некритичный.
Я уже почитал прилично, может кому пригодится в перспективе вот ссылки:
http://math.lbl.gov/voro++/download/
http://www.cs.mcgill.ca/~fukuda/soft/po ... ode30.html
http://www.cyberforum.ru/delphi/thread574771.html
http://www.astro.rug.nl/~voronoi/DTFE/d ... html#1.1.1
http://ia600304.us.archive.org/31/items ... menta2.pdf
http://groups.csail.mit.edu/graphics/cl ... 25/mm.html
http://www.voronoi.com/wiki/index.php?t ... extensions
И чем больше читаю тем больше начинаю подозревать что даже условие в первом посте сформулировал недостаточно корректно.
Если я правильно понимаю алгоритм Делоне, то расширение сферы продолжается до нахождения 4 точки, после чего 4 точки обьявляют тетраэдром Делоне.
Меня же интересует более полный анализ: очевидно если центр сферы лежит внутри тетраэдра дальше он расширяться неможет (закрытый симплекс Делоне). А если снаружи (открытый симплекс Делоне) - может, правда при этом потеряет одну из точек (вероятно невходящую в самый большой треугольник, но я это пока не доказывал). И меня интересует расширение до тех пор пока шар не будет остановлен "правильным тетраэдром" либо пока не достигнет бесконечных размеров (ну хотябы 1 нм). Тогда можно вообще обойтись без внешней сферы. Я так чую я еще денек поупрощаю что я хочу видеть в результате и если ненайду - начну сам писать.

А,да, пока мне не показали на дверь с химфорума. Разбиене Делоне все чаще начали использовать в химии (в первую очередь статьи Д.Л.Тытика, но есть и другие авторы, с англоязыкими я пока химию от нехимии неотделял).

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Разыскивается программа или программисты

Сообщение Гесс » Вс июл 22, 2012 3:22 am

"Все украдено до нас"
http://www.kinetics.nsc.ru/sms/ru/?%CF% ... 0%EC%EC%FB
Правда пока не заработало.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: Google [Bot] и 109 гостей