Квантовая механика и ИК

[Феофилакт Косичкин]

Всем доброго времени суток!
Интересуют программы по теме сообщения, т.е. расчет квантомеханических функций молекул и построение ИК-спектров. Никто не подскажет такие? В первом случае хотелось бы поподробнее, виденная мной программа под Linux была достаточно сложна, самому с ней было не разобраться. Для построения ЯМР пользуюсь ChemOffice, отличнейший пакет программ и для других целей, который всем рекомендую, вот только ИК он не строит. В принципе, там есть возможность и некоторых квантово-механических расчетов, но я не полностью разобрался - может у кого-то есть опыт?

[cynnamoyl]

Для построения ЯМР пользуюсь ChemOffice, отличнейший пакет программ и для других целей, который всем рекомендую, вот только ИК он не строит.

ChemOffice 2006 Ultra моделирует нормальные ИК

[Archeolog]

А вполне подробные комментарии, чего там как расчитывается в Hyperchem и ChemOffice и "что при этом надо нажимать и куда щелкать" есть в книге Соловьевых "компьютерная химия", она лежит в exchange

[Феофилакт Косичкин]

А вполне подробные комментарии, чего там как расчитывается в Hyperchem и ChemOffice и "что при этом надо нажимать и куда щелкать" есть в книге Соловьевых "компьютерная химия", она лежит в exchange

Прошу прощения, где лежит? Хотел бы скачать, можно полную ссылку? Заранее спасибо.

[Archeolog]

А вполне подробные комментарии, чего там как расчитывается в Hyperchem и ChemOffice и "что при этом надо нажимать и куда щелкать" есть в книге Соловьевых "компьютерная химия", она лежит в exchange

Прошу прощения, где лежит? Хотел бы скачать, можно полную ссылку? Заранее спасибо.

Ссылку можно:
http://exchange.chemport.ru/index.php?m ... ngchem.rar
пожалуйста

[Cherep]

Под Linux есть XDrawChem

# Can generate 3-D structures with the help of the external program BUILD3D.
# 13C-NMR prediction, based on Bremser W, Mag. Res. Chem.23(4):271-275
# 1H-NMR prediction, based on additive rules and functional group lookup methods, described in Pretsch, Clerc, Seibl, Simon, "Tables of Spectral Data for Structure Determination of Organic Compounds", 2ed., 1989, Springer-Verlag
# Simple IR prediction.
# Simple pKa estimation.
# Octanol-water partition coefficient estimation.

[Феофилакт Косичкин]

Ссылку можно:
http://exchange.chemport.ru/index.php?m ... ngchem.rar
пожалуйста[/quote]

Большое спасибо, качаю. Еще бы с ИК выяснить вопрос, в чем можно построить (в идеале проанализировать, но тут уж как получится).

[duke2003]

Gaussian 03 для расчетов + gaussian view для визуальзации.

ИМХО не так сложно разобраться в реализации конкретно этой задачи: оптимизация геометрии + расчет IR.

Рекомендую
Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods, James B. Foresman

[Феофилакт Косичкин]

Gaussian 03 для расчетов + gaussian view для визуальзации.

ИМХО не так сложно разобраться в реализации конкретно этой задачи: оптимизация геометрии + расчет IR.

Рекомендую
Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods, James B. Foresman

Спасибо, а ссылкой не поделитесь (если под Windows?) Неплохо бы еще руководство пользователя...

[Nord]

гауссиан - программа коммерческая. Описание - http://www.gaussian.com/

[Феофилакт Косичкин]

гауссиан - программа коммерческая. Описание - http://www.gaussian.com/

Э нет, так неинтересно Хотелось бы что-нибудь доступное найти. Неужели такого нет?

[Nord]

Э нет, так неинтересно Хотелось бы что-нибудь доступное найти. Неужели такого нет?

Наука, как это ни странно, иногда требует капиталовложений
Есть, правда, бесплатные для исследовательских целей GAMESS, DALTON, COLUMBUS, NwChem, Aces II, Psi и много других страшных слов

[ABCDE]

[quote="Феофилакт Косичкин"]Всем доброго времени суток!
Интересуют программы по теме сообщения, т.е. расчет квантомеханических функций молекул и построение ИК-спектров. Никто не подскажет такие?
Валентные колебания смотрти на www.chemistry-baikal.irk.ru Там это в on-line.

[Феофилакт Косичкин]

Всем доброго времени суток!
Интересуют программы по теме сообщения, т.е. расчет квантомеханических функций молекул и построение ИК-спектров. Никто не подскажет такие?
Валентные колебания смотрти на www.chemistry-baikal.irk.ru Там это в on-line.

Спасибо, добавил ссылку в избранные.

[Окись Какодила]

Всем доброго времени суток!
Интересуют программы по теме сообщения, т.е. расчет квантомеханических функций молекул и построение ИК-спектров. Никто не подскажет такие? В первом случае хотелось бы поподробнее, виденная мной программа под Linux была достаточно сложна, самому с ней было не разобраться. Для построения ЯМР пользуюсь ChemOffice, отличнейший пакет программ и для других целей, который всем рекомендую, вот только ИК он не строит. В принципе, там есть возможность и некоторых квантово-механических расчетов, но я не полностью разобрался - может у кого-то есть опыт?

NWChem - отличная Linux программа для квантововохимических рассчетов. Бесплатная, отлично распараллеливает задачи под MPI. Оптимизацию геометрии на том же уровне теории считает шустрее GAUSSIAN.
С HyperChem не надо связываться, это игрушка для школьников. Более менее нормальный уровень терии с приличным набором базисных функций вводит прогрмму в ступор на часы. Gaussian под Win такую же задачу рассчитывает за несколько минут.

[MONSTA]

Ну, как оказалось, не NWCem, а NWChem, и под Винду версия тоже есть:

http://www.emsl.pnl.gov/docs/nwchem/nwchem.html

Правда, прямое скачивание невозможно, они там бюрократию развели, user agreement надо подписать, они его рассматривать будут пару дней... Даже не ясно, сколько скачивать придется. Но ИК-спектры действительно считает. Точнее, сказано так: с использованием модуля DIRDYVTST готовятся входные данные для программы POLYRATE, которая может рассчитать всякие вещи типа квантово-механических колебательных энергий. В общем, кто с этой штукой связывался: сколько скачивать, и эта прога POLYRATE, что, в комплекте идет, или надо скачивать отдельно?

[Окись Какодила]

Ну, как оказалось, не NWCem, а NWChem, и под Винду версия тоже есть:

http://www.emsl.pnl.gov/docs/nwchem/nwchem.html

Правда, прямое скачивание невозможно, они там бюрократию развели, user agreement надо подписать, они его рассматривать будут пару дней... Даже не ясно, сколько скачивать придется. Но ИК-спектры действительно считает. Точнее, сказано так: с использованием модуля DIRDYVTST готовятся входные данные для программы POLYRATE, которая может рассчитать всякие вещи типа квантово-механических колебательных энергий. В общем, кто с этой штукой связывался: сколько скачивать, и эта прога POLYRATE, что, в комплекте идет, или надо скачивать отдельно?

Угу, пардоньте за очепятку. Исправил на NWChem. Спасибо!
Это классно, что под винду сделали версию. По крайней мере год назад, когда юзал этот пакет, Вин версии ещё не было. ИК спекрты, к сожалению не считал, в основном занимался оптимизацией геометрии довольно тяжелых молекул. Я думаю если доки почитать, то можно найти всю информацию. У них эти доки очень хорошо организованы на сайте.

[sizif]

Ссылку можно:
http://exchange.chemport.ru/index.php?m ... ngchem.rar
пожалуйста

Уважаемый Archeolog, эта ссылка, к сожалению, уже не действует. Можно ли попросить вас кинуть книжку повторно? Заранее огромное спасибо.

[Archeolog]

Добавил книгу в exchange, теперь ссылка работает.

[sizif]

Огромное спасибо! Скачал.