THE VIBRATIONAL ANALYSIS IS NOT VALID !

[Shadin]

Добрый день!
Сразу прошу извинить, если вопрос очень простой.
Оптимизировала геометрию молекулы (HF, 6-31G) в FF (с nstep=1000 и opttol=0.0000001). Теперь считаю нормальные колебания (runtyp=hessian), но в результирующем файле сообщение:
* THIS IS NOT A STATIONARY POINT ON THE MOLECULAR PES *
* THE VIBRATIONAL ANALYSIS IS NOT VALID !!! *
При этом все частоты положительные (значения первых из них: 11.68, 9.75, 5.25, 0.02, 0.02, 0.03, 60.04). Судя по ним, у меня получилась оптимизированная структура. А сообщение говорит об обратном. Что я делаю не правильно?
Спасибо!

[sanya1024]

А Вы действительно дооптимизировали структуру до конца? сообщение Equilibrium geometry located появлялось? если нет, то у Вас еще недооптимизированная структура, даже если все частоты положительные. Просто положительно-определенный гессиан соответствует вогнутому склону ППЭ, а минимум -- если еще и градиент при этом равен 0.

[Shadin]

Доброе утро!
Да, сообщение Equilibrium geometry located появлялось.
Мне нужно посмотреть значение RMS GRADIENT для последней геометрии в файле оптимизации?

[Shadin]

С градиентом у меня все в порядке.
Ошибка была следующая. Открываю файлы оптимизации в MacMolPlt, из нее копирую координаты в виде Z-матрицы в инпут файлы для расчета частот. Так вот, сначала я не заметила, но затем увидела, что энергия оптимизированной структуры и энергия структуры для расчета гессиана отличаются. Почему, не знаю.
Тогда я взяла и вручную из самого выходного файла скопировала Z-матрицу из выходного файла оптимизированной геометрии. Все получилось, страшное сообщение пропало. Рассчитала частоты для двух конформаций: первые шесть частот равны 0, седьмая около 70, восьмая примерно 120. Это нормально?

[sanya1024]

Да, все нормально. Да, можно ставить $statpt hssend=.t. $end -- тогда после оптимизации геометрии будет посчитан гессиан, и ничего не придется запускать заново с риском наделать ошибок.

[Shadin]

Вы меня очень обрадовали!
Я так понимаю, что я нашла минимумы, а какие это минимумы - локальные или глобальные - не известно. Как это можно узнать? Сканировать ППЭ? Да?

[amge]

Я так понимаю, что я нашла минимумы, а какие это минимумы - локальные или глобальные - не известно. Как это можно узнать? Сканировать ППЭ? Да?

Сканировать ППЭ - это очень затратно. Если у Вас гибкие молекулы, у которых может быть множество конформеров, то вручную перебирать их все трудно, имеет смысл выполнить автоматический конформационный анализ, для этого есть специальные программы. Из наиболее доступных - Frog2 и conformers MarvinSketch. Выданные этими программами конформеры (возможно, не все, а только те, которые понравятся) использовать в качестве начальных приближений для квантовой химии.

[Shadin]

Спасибо огромное! Вы мне очень помогли!
Сейчас буду заказывать Academic License у ChemAxon'а.

[Shadin]

Удалила сообщение