FireFly/Gamess and ATI Radeon

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
iAlex
Сообщения: 127
Зарегистрирован: Пт окт 29, 2010 10:33 am

FireFly/Gamess and ATI Radeon

Сообщение iAlex » Пн сен 26, 2011 8:52 pm

Привет всем, подскажите пожалуйста поддерживает ли FireFly/Gamess использование GPU в видео картах ATI Radeon ?
Интересуют именно эти карты т.к. Nvidia проигрывает в скорости. Так же интересует реализация расчетов на нескольких видеокартах, есть ли какие нибудь информация/данные о таких попытках ?
Вступайте в ряды Фурье!
Сходимость! Равенство!
Гильбертово пространство!

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: FireFly/Gamess and ATI Radeon

Сообщение EvgeniX » Пн сен 26, 2011 9:46 pm

Скоро придёт Intel MIC и проигрывать будут уже все видеокарты.

iChem
Сообщения: 29
Зарегистрирован: Вт авг 30, 2011 10:57 am

Re: FireFly/Gamess and ATI Radeon

Сообщение iChem » Вт сен 27, 2011 7:46 am

EvgeniX писал(а):Скоро придёт Intel MIC и проигрывать будут уже все видеокарты.
Очень интересно -- почему интел майк будет быстрее? Пока все далеко наоборот.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: FireFly/Gamess and ATI Radeon

Сообщение EvgeniX » Вт сен 27, 2011 8:25 am

Потому, что там оперативной памяти горааааздо больше и много, много чего полезного :-)

iAlex
Сообщения: 127
Зарегистрирован: Пт окт 29, 2010 10:33 am

Re: FireFly/Gamess and ATI Radeon

Сообщение iAlex » Вт сен 27, 2011 10:48 am

Это конечно, все хорошо, но не ужели никто не решил такую задачу с радеонами и дальше CUDA не продвинулся ?
Ведь если сравнивать обычный процессор с GPU, то одна карта с GPU дает прибавку в скорости в 10 раз (а то и больше), а если их воткнуть штук 5, то думаю в 50 раз увеличение скорости это не плохой результат.
Вступайте в ряды Фурье!
Сходимость! Равенство!
Гильбертово пространство!

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: FireFly/Gamess and ATI Radeon

Сообщение amge » Вт сен 27, 2011 1:13 pm

iAlex писал(а):Это конечно, все хорошо, но не ужели никто не решил такую задачу с радеонами и дальше CUDA не продвинулся ?
Даже с CUDA ситуация продвинулась недалеко. Проблема, насколько я понимаю, в том, что большинство квантовохимического софта использует математические библиотеки на фортране, а компилятора фортрана для CUDA пока просто нет. Недавно прошла информация, что нвидеа, гауссиан и каккая-то третья фирма будут делать такой компилятор. Поэтому можно ожидать, что по крайней мере гауссиан сможет нормально использовать CUDA. И если этот компилятор будет доступен, то и другие программы тоже (конечно, не просто так и не сразу, сначала их нужно портировать).

Ivk
Сообщения: 10
Зарегистрирован: Сб сен 24, 2011 2:22 pm

Re: FireFly/Gamess and ATI Radeon

Сообщение Ivk » Вт сен 27, 2011 1:17 pm

Графические карты оптимизированы для работы с 32-разрядными числами с плавающей запятой. Последние версии CUDA поддерживают и 64-разрядные (двойной точности), но скорость работы с ними гораздо ниже.

Для сравнения регистры FPU - 80 битные.

CPU тоже может ускорять работу с 32-разрядными числами благодаря SIMD инструкциям, одна такая инструкция позволяет проводить операцию сразу на четырех числах с плавающей запятой: в 128-разрядный регистр SSE помещается 4 таких числа.

Как Вы понимаете, область применения этих подходов - расчеты, не требующие большой точности.

Если Вы перепишете стандартные библиотечные функции с учетом особенностей микропроцессора, наверняка сможете добиться и более чем десятикратного ускорения расчета на обычном CPU.

iChem
Сообщения: 29
Зарегистрирован: Вт авг 30, 2011 10:57 am

Re: FireFly/Gamess and ATI Radeon

Сообщение iChem » Ср сен 28, 2011 4:25 am

Двойная точность у Радеонов отстает от одинарной всего лишь в 4 раза, у Джефорсов в 8 раз. При том что у обеих карт пик в одинарной точности больше 1 терафлопа (у Радеона почти 3). У суперкомпьютерных карт (Нвидиа, АТИ) разница всего лишь в два раза. То есть совсем скоро двойная точность перешагнет рубеж в один терафлоп -- вы считаете что этого недостаточно для точных вычислений?

iChem
Сообщения: 29
Зарегистрирован: Вт авг 30, 2011 10:57 am

Re: FireFly/Gamess and ATI Radeon

Сообщение iChem » Ср сен 28, 2011 4:32 am

iAlex писал(а):Это конечно, все хорошо, но не ужели никто не решил такую задачу с радеонами и дальше CUDA не продвинулся ?
Ведь если сравнивать обычный процессор с GPU, то одна карта с GPU дает прибавку в скорости в 10 раз (а то и больше), а если их воткнуть штук 5, то думаю в 50 раз увеличение скорости это не плохой результат.
Пошлите Грановскому эту ссылку, это все что им нужно

http://developer.amd.com/libraries/appm ... fault.aspx

Пять минут кодописания, и ФФ станет поддерживать Радеоны ровно на том же уровне, на каком он в данный момент поддерживает куду.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: FireFly/Gamess and ATI Radeon

Сообщение amge » Ср сен 28, 2011 7:15 am

Ivk писал(а):Графические карты оптимизированы для работы с 32-разрядными числами с плавающей запятой. Последние версии CUDA поддерживают и 64-разрядные (двойной точности), но скорость работы с ними гораздо ниже.
Это в прошлом. Последние версии видеокарт (у нвидеа - Quadro, Tesla) работают с двойной точностью точно также, как и обычные процессоры, т.е. в 2 раза медленнее, чем с одинарной. К тому же, для некоторых задач двойная точность, оказывается, не обязательна: viewtopic.php?f=11&t=73176&p=517285#p517222

RealCuring
Сообщения: 5
Зарегистрирован: Чт апр 14, 2011 7:08 pm

Re: FireFly/Gamess and ATI Radeon

Сообщение RealCuring » Ср сен 28, 2011 1:23 pm

iChem писал(а): Пошлите Грановскому эту ссылку, это все что им нужно

http://developer.amd.com/libraries/appm ... fault.aspx

Пять минут кодописания, и ФФ станет поддерживать Радеоны ровно на том же уровне, на каком он в данный момент поддерживает куду.
Библиотеки FFT and BLAS, использующие библиотеку CUDA и закрытая библиотека, эмулирующая работу библиотек FFT and BLAS -- это две абсолютно разные вещи. Не хочется вдаваться в подробности, но пять минут кодописания, как вы выразились, скорее всего приведет к проблемам на пару лет. Слово не воробей, ляпнул где-то, что поддерживаешь -- поддерживай. При том, что выхлоп из этих проблем будет практически нулевой как для пользователя, так и для писателя.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: FireFly/Gamess and ATI Radeon

Сообщение sanya1024 » Ср сен 28, 2011 3:08 pm

Гм, легко говорить про "пять минут кодописания" тому, кто сам не собирается писать этот код.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

iChem
Сообщения: 29
Зарегистрирован: Вт авг 30, 2011 10:57 am

Re: FireFly/Gamess and ATI Radeon

Сообщение iChem » Ср сен 28, 2011 11:32 pm

RealCuring писал(а):
iChem писал(а): Пошлите Грановскому эту ссылку, это все что им нужно

http://developer.amd.com/libraries/appm ... fault.aspx

Пять минут кодописания, и ФФ станет поддерживать Радеоны ровно на том же уровне, на каком он в данный момент поддерживает куду.
Библиотеки FFT and BLAS, использующие библиотеку CUDA и закрытая библиотека, эмулирующая работу библиотек FFT and BLAS -- это две абсолютно разные вещи. Не хочется вдаваться в подробности, но пять минут кодописания, как вы выразились, скорее всего приведет к проблемам на пару лет. Слово не воробей, ляпнул где-то, что поддерживаешь -- поддерживай. При том, что выхлоп из этих проблем будет практически нулевой как для пользователя, так и для писателя.
Ну-ка, расскажите поподробнее, что значит "Библиотеки FFT and BLAS, использующие библиотеку CUDA и закрытая библиотека, эмулирующая работу библиотек FFT and BLAS". Я всегда считал что CUBLAS и clAmdBlas это одно и то же, просто выпускается разными вендорами и называется по-разному.

Один мой код поддерживает ATI, Nvidia, и обычные процессоры. Выбор архитектуры делается уже после запуска, когда парсится файл входных параметров, включая тип железа. Так вот поддержка BLAS на разных архитектурах это совсем не проблема. Если программа запущена на Nvidia, она вызовет CUBLAS. Если на ATI, то clAmdBlas. На обычном процессоре -- Intel MKL. Выбор библиотеки происходит в рантайм, то есть перекомпилировать ничего не надо.

Переименовать функцию dgemm() в cublasDgemm() или clAmdBlasDgemm(), поверьте мне, дело пяти минут.

Но лично мне не хотелось бы чтобы ФФ анонсировал поддержку ATI. Все эти игры с переименовыванием функций и последующими заявлениями о поддержке GPU ни к чему хорошему не приведут.

Аватара пользователя
VIPer
Сообщения: 387
Зарегистрирован: Вт фев 13, 2007 10:17 pm

Re: FireFly/Gamess and ATI Radeon

Сообщение VIPer » Ср дек 19, 2012 12:42 am

понимаю, что вопрос не совсем к этой теме, но из-за такого маленького даже не хочется новый создавать топик)
сейчас какие-то появляются под линукс программы для расчётов с использованием cuda (terachem, bigdft и т.д.). линукс ставить в принципе проблем нет, но поскольку расчёты будут занимать продолжительное время, надо будет и работать с документами, а офис в линуксе не ахти.. да и опыта работы в линуксе не очень много..
вопрос такой - если поставить виртуальную машину в семёрке с линуксом 64-бит, будет ли какой-то в этом смысл в плане скорости вычислений? или всё упрётся в семёрку? можно ли как-то в виртуальной машине (какой-нибудь) установить драйверы на эти видеокарты и использовать куду? машина у меня сейчас кор ай 7, 3770К @ 4.2 GHz, 16 гигов ОЗУ, 280GTX + 9800GT. и попутно - можно ли задействовать обе видеокарты для расчётов?

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: FireFly/Gamess and ATI Radeon

Сообщение EvgeniX » Ср дек 19, 2012 7:30 am

Смысла в этом нет. Проще наоборот (в линуксе виртуалка с win xp/7).

iAlex
Сообщения: 127
Зарегистрирован: Пт окт 29, 2010 10:33 am

Re: FireFly/Gamess and ATI Radeon

Сообщение iAlex » Сб янв 12, 2013 9:15 pm

если поставить виртуальную машину в семёрке с линуксом 64-бит, будет ли какой-то в этом смысл в плане скорости вычислений? или всё упрётся в семёрку? можно ли как-то в виртуальной машине (какой-нибудь) установить драйверы на эти видеокарты и использовать куду?
ВМ не может получить реального доступа к видеокарте и соответственно куду тоже. Как вариант ставьте линукс, а дальше можно либо через Wine, либо через виртуалку запускать приложения виндовс.
Вступайте в ряды Фурье!
Сходимость! Равенство!
Гильбертово пространство!

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 58 гостей