Здравствуйте, уважаемые форумчане! У меня такой вопрос. Можно ли рассчитать ИК спектр соли, в смысле вместе и катиона и аниона. Или же это можно осуществить лишь отдельно для катиона и аниона. У меня есть снятые экспериментальные спектры системы. Я хочу узнать - треэтиламин и уксусная кислота находятся там в виде соли или камплекса с Н-связью. Комплекс посчитал. И отдельно анион и катион посчитал. Теперь хотел-бы посмотреть - каку целостную картину дает спектр соли (для сравнения). Для этого у меня есть данные конформационного анализа отдельно катиона и аниона. Но когда наиболее устойчивые конформеры я вставляю в один файл и провожу оптимизацию вся система превращается в комплекс с Н-связью. Хотелось бы услышать Ваше мнение - сколь целесообразна такая затея (будет ли отличаться от индивидуальных спектров аниона и катиона) и если целесообразна, то как ее осуществить?
Считаю Firefly. DFT/B3LYP. PCM в среде CCl4.
Заранее спасибо!
Расчет ИК-спектра,учет растворителя в явном виде,мол.дин-ка
Расчет ИК-спектра,учет растворителя в явном виде,мол.дин-ка
Последний раз редактировалось ~Кирилл~ Чт мар 24, 2011 7:38 pm, всего редактировалось 1 раз.
Re: Расчет ИК-спектра соли
Эксп. спектр у Вас в растворе или в каком виде? Если кристалл, то надо считать чем-то периодическим. Кстати, в CCl4 по-любому будет выгоднее комплекс с H-связью. В неполярном растворителе существование катиона и аниона невыгодно. А в эксп. у Вас какой растворитель? Если полярный координирующий, его надо учитывать в явном виде, хотя бы внутреннюю сферу.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)
Re: Расчет ИК-спектра соли
В эксперименте - раствор триэтиламин-уксусная кислота-эпихлоргидрин в CCl4. То, что там в большинстве своем комплекс - это понятно, но там есть и сигналы соли. Вот и хотел увидеть целую картину. хотя, наверное, прийдется наложением индивидуальных спектров...
Еще я планирую рассчитать это все в растворе эпихлоргидрина. Там скорее всего необходимо будет явно учитывать растворитель. Я много об этом читал. Но не до конца понимаю как это осуществить. Подскажите, пожалуйста.
Еще я планирую рассчитать это все в растворе эпихлоргидрина. Там скорее всего необходимо будет явно учитывать растворитель. Я много об этом читал. Но не до конца понимаю как это осуществить. Подскажите, пожалуйста.
Re: Расчет ИК-спектра соли
Скорее всего, сигнал "соли" -- это наложение спектров катиона и аниона. В DFT не удается посчитать контактные ионные пары -- все тут же слипается. А если и посчитаете, то stretch колебание катион--анион будет лежать где-то при очень низких энергиях, вряд ли это можно увидеть в реальном спектре.
Чтобы учесть растворитель в явном виде, либо надо хорошо представлять, куда он в Вашей системе может координироваться, либо, если это неочевидно, гонять мол. динамику в достаточно большом периодическом боксе и смотреть. Ес-но, для простоты надо брать силовое поле, а не квантовую химию. Потом вырезать наиболее стабильные кластеры сольват--растворитель и оптимизировать их уже в квантовой химии. А потом считать частоты.
Про детали МД расчетов меня лучше не спрашивайте. У нас этим специально обученные люди занимаются, а я только вырезаю понравившиеся кластеры и пускаю в дальнейший оборот
Но вроде бы тут на форуме есть люди, занимающиеся МД.
Чтобы учесть растворитель в явном виде, либо надо хорошо представлять, куда он в Вашей системе может координироваться, либо, если это неочевидно, гонять мол. динамику в достаточно большом периодическом боксе и смотреть. Ес-но, для простоты надо брать силовое поле, а не квантовую химию. Потом вырезать наиболее стабильные кластеры сольват--растворитель и оптимизировать их уже в квантовой химии. А потом считать частоты.
Про детали МД расчетов меня лучше не спрашивайте. У нас этим специально обученные люди занимаются, а я только вырезаю понравившиеся кластеры и пускаю в дальнейший оборот
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 92 гостя