Заморозка торсионных углов во внутренних коорд. PC GAMESS

[lmihael]

Пытаюсь заморозить все торсионные углы в молекуле и ловлю ошибку за ошибкой. Если не использовать DLC то все нормально замораживается IFREEZ'ом, но без делокализованных координат и циклы рвутся и т.п. неприятности случаются. Стоит включить DLC то IFREEZ сразу перестает работать. Надо использовать IFZMAT, но он почему-то работает только при включенном AUTO и работает как-то странно. Почему-то все замороженные координаты добавляются в начало списка координат и при расчете градиента болтаются вверху этого списка состоящего кстати из 30 координат для бензола (если торсионники не замораживать, то в этом списке нет ни одного торсионника)! Если молекула изначально плоская ошибка: " ERROR: UNABLE TO PROJECT DLC. "
Если не плоская то например такая:
" THE ROOT MEAN SQUARE ERROR IN ITERATION 1 IS 0.00003940
THE ROOT MEAN SQUARE ERROR IN ITERATION 2 IS 0.00000000


CONSTRAINT TRANSFORMATION IS NOT COMPLETE.
ONE MORE ITERATION IS GOING TO BE PERFORMED. "
Причем вне зависимости от того удаляю я из матрицы делокализованых координат остальные торсионные углы или нет.

Вот примеры входных файлов нессиметричного плоского и неплоского бензолов:

Друзья подскажите что я делаю не так, голову почти сломал, уже месяц бьюсь с этими внутренними координатами, уже с закрытыми глазами могу задать матрицу координат молекулы из 30-40 атомов, а толку нет.

[VTur]

В IZMAT(1)= руками напишите z-матрицу, если нет линейно зависимых координат (обычно нет, если число строк равно числу столбцов), то в $statpt IFREEZ(1)= заморозьте нужные Вам координаты и dlc=.f. auto=.f. .
Если G матрица окажется сингулярной, будите перенумеровывать атомы, пока не увеличите её определитель.
Если не получается выписать так все нужные для заморозки, выписываете расширенную z-матрицу, дальше также, но dlc=.t. auto=.f., и с G матрицей мороки быть не должно.

[lmihael]

В IZMAT(1)= руками напишите z-матрицу, если нет линейно зависимых координат (обычно нет, если число строк равно числу столбцов), то в $statpt IFREEZ(1)= заморозьте нужные Вам координаты и dlc=.f. auto=.f. .

Не совсем понял каких строк и каких стобцов. Если я пишу вручную, то там где есть циклы всегда остается одна координата, по которой в процессе оптимизации возможны фокусы всякие - сильное растяжение вплоть до разрыва или сильное сжатие.

Если G матрица окажется сингулярной, будите перенумеровывать атомы, пока не увеличите её определитель.
Если не получается выписать так все нужные для заморозки, выписываете расширенную z-матрицу, дальше также, но dlc=.t. auto=.f., и с G матрицей мороки быть не должно.

Если DLC=1, то IFREEZ уже не работает! Не могли бы вы поподробнее объяснить что такое G-матрица.

Я был бы очень благодарен за пример любой циклической молекулы где заморожены все торсионные углы и при оптимизации геометрии не происходит всяких растяжений/сжатий, или за пример циклической молекулы где DLC=0 и при оптимизации геометрии не происходит всяких растяжений/сжатий.

[VTur]

В IZMAT(1)= руками напишите z-матрицу, если нет линейно зависимых координат (обычно нет, если число строк равно числу столбцов), то в $statpt IFREEZ(1)= заморозьте нужные Вам координаты и dlc=.f. auto=.f. .

Не совсем понял каких строк и каких стобцов. Если я пишу вручную, то там где есть циклы всегда остается одна координата, по которой в процессе оптимизации возможны фокусы всякие - сильное растяжение вплоть до разрыва или сильное сжатие.

В смысле число строк равно числу атомов.
Введите явно координату этой связи в IXZMAT или в IZMAT(1), или используйте NONVDW (или их вместе).

Если DLC=1, то IFREEZ уже не работает! Не могли бы вы поподробнее объяснить что такое G-матрица.

IFREEZ указывается дважды - в $statpt и в $ZMAT. G-матрица - матрица кинематических коэффициентов. Операторы кинетической и потенциальной энергии (координаты гамильтониана) записываются не в декартовых, а во внутренних координатах. В *.out файле введите поиск "G MATRIX".

[lmihael]

В смысле число строк равно числу атомов.
Введите явно координату этой связи в IXZMAT или в IZMAT(1), или используйте NONVDW (или их вместе).

Вот как выглядит мой IZMAT(1)
1, 1, 2,
1, 2, 3,
1, 3, 4,
1, 4, 5,
1, 5, 6,
1, 1, 7,
1, 2, 8,
1, 3, 9,
1, 4, 10,
1, 5, 11,
1, 6, 12,
2, 1, 2, 3,
2, 1, 2, 8,
2, 2, 3, 4,
2, 2, 3, 9,
2, 3, 4, 5,
2, 3, 4, 10,
2, 4, 5, 6,
2, 4, 5, 11,
2, 5, 6, 12,
2, 6, 1, 7,
3, 1, 2, 3, 4,
3, 1, 2, 3, 9,
3, 2, 3, 4, 5,
3, 2, 3, 4, 10,
3, 3, 4, 5, 6,
3, 3, 4, 5, 11,
3, 4, 5, 6, 12,
3, 5, 6, 1, 7,
3, 6, 1, 2, 8
число строк там 30=3*N-6
IXZMAT и NONVDW работают только если AUTO=1

IFREEZ указывается дважды - в $statpt и в $ZMAT. G-матрица - матрица кинематических коэффициентов. Операторы кинетической и потенциальной энергии (координаты гамильтониана) записываются не в декартовых, а во внутренних координатах. В *.out файле введите поиск "G MATRIX".

IFREEZ указывается только в $statpt, в $ZMAT он не разрешен, там можно использовать только IFZMAT и только если AUTO=1.

[VTur]

Вот как выглядит мой IZMAT(1) число строк там 30=3*N-6

Попробуйте другие варианты. Например, добавить к написанной z-матрице дополнительные нужные координаты и dlc=.t. auto=.f

IFREEZ указывается только в $statpt, в $ZMAT он не разрешен, там можно использовать только IFZMAT и только если AUTO=1.

Ну да, я имел в виду морозить координаты в двух местах. IFZMAT не работает с auto=.f ? Странно, казалось, что раньше работало.

Если ничего не поможет, вводите мнимые атомы. Но они нужны только для построения z-матрицы. Для увеличения её размера и включения нужных координат. Ни на что другое они не влияют и в оптимизации не учавствуют.

[VTur]

С " ERROR: UNABLE TO PROJECT DLC. " часто помогает изменение номеров атомов. Их нужно ставить подряд в цепочку вдоль молекулярного хребта. А у Вас какая версия ГАМЕСС/FireFly?

[lmihael]

С " ERROR: UNABLE TO PROJECT DLC. " часто помогает изменение номеров атомов. Их нужно ставить подряд в цепочку вдоль молекулярного хребта. А у Вас какая версия ГАМЕСС/FireFly?

Попробую, спасибо за советы. А версия "PC GAMESS version 7.1, build number 4471", но я уже связался с А. Грановским для получения доступа к последней версии. Кстати я задал такой же вопрос на http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html и Александр дал весьма развернутый ответ, буду разбираться. Очень хочется решить эту проблему и не в последнюю очередь для того чтобы разобраться .