Вопросы по PC GAMESS

Rusia · Сообщение **Rusia** » Ср фев 06, 2008 9:35 pm

Думаю лучше создать одну тему, куда можно будет писать о своих проблемах и наблюдениях.

У меня странное наблюдение- даже если опитизация "THE GEOMETRY SEARCH IS NOT CONVERGED!"

То происходит расчёт в 21 шаг, если же оптимизировалось по полной, то может и меньше, но почему- для меня загадка...

Darth Vasya · Сообщение **Darth Vasya** » Ср фев 06, 2008 9:51 pm

М-да... а какое число шагов оптимизации по умолчанию наблюдается в мануале?

Rusia · Сообщение **Rusia** » Ср фев 06, 2008 9:58 pm

Darth Vasya писал(а):М-да... а какое число шагов оптимизации по умолчанию наблюдается в мануале?

ТОЧНО!!!

Ужас, мне самому стыдно...

Rusia · Сообщение **Rusia** » Чт фев 07, 2008 9:21 pm

у меня идут расчёты молекул, где вместо водорода будет дейтерий. Как его поставить? И какой тогда брать базис?

И можно просчитать влияние дейтерирования на хим. сдвиг и константу спин-спинового взаимодействия ЯМР?

alxyppv · Сообщение **alxyppv** » Чт фев 07, 2008 11:54 pm

Rusia писал(а):у меня идут расчёты молекул, где вместо водорода будет дейтерий. Как его поставить? И какой тогда брать базис?

Если Вас не интересуют колебательные частоты, то для всего остального никакой разницы между водородом и дейтерием нет. В электронную задачу масса ядра входит

Если же Вам интересуют частоты, то поставьте
$mass AMASS(N)=2.0140... $end
где N - номер атома, которому приписывается масс 2.0140. Если их несколько, то остальные идут указаные далее через запятую

$mass AMASS(N)=2.014, 2.014, 2.014... $end

(но при этом подразумевается что они идут подряд)

Rusia писал(а):И можно просчитать влияние дейтерирования на хим. сдвиг и константу спин-спинового взаимодействия ЯМР?

Эээ... в PC GAMESS все равно нет расчета ни сдвигов ЯМР, ни тем более констант спин-спинового вз-я, увы.

Rusia · Сообщение **Rusia** » Пт фев 08, 2008 12:59 am

alxyppv писал(а):
Rusia писал(а):у меня идут расчёты молекул, где вместо водорода будет дейтерий. Как его поставить? И какой тогда брать базис?
Если Вас не интересуют колебательные частоты, то для всего остального никакой разницы между водородом и дейтерием нет. В электронную задачу масса ядра входит

Если же Вам интересуют частоты, то поставьте
$mass AMASS(N)=2.0140... $end
где N - номер атома, которому приписывается масс 2.0140. Если их несколько, то остальные идут указаные далее через запятую

$mass AMASS(N)=2.014, 2.014, 2.014... $end

(но при этом подразумевается что они идут подряд)

Rusia писал(а):И можно просчитать влияние дейтерирования на хим. сдвиг и константу спин-спинового взаимодействия ЯМР?
Эээ... в PC GAMESS все равно нет расчета ни сдвигов ЯМР, ни тем более констант спин-спинового вз-я, увы.

Спасибо! Ну хотябы влияние изотопа можно сделать. В моих структурах только 1 водород замещается на дейтерий.

Rusia · Сообщение **Rusia** » Пн фев 11, 2008 5:51 pm

И сново глупый вопрос- ведь энергия считается в атомных единицах?

alxyppv · Сообщение **alxyppv** » Пн фев 11, 2008 9:39 pm

да, в них самых. 1Ha = 2625.5 кДж/моль

Darth Vasya · Сообщение **Darth Vasya** » Пн фев 11, 2008 10:16 pm

= 27.2113846 эВ

Rusia · Сообщение **Rusia** » Вт фев 12, 2008 2:34 am

ээээ.... а в ккал/моль- 627.509 391 ?

Вроде так.

eukar · Сообщение **eukar** » Вт фев 12, 2008 10:42 am

Эээ... Ну уж кДж в ккал - это, батенька, можно и самому...

Rusia · Сообщение **Rusia** » Пт фев 15, 2008 7:33 pm

У меня такой вопрос- там выдаются 2 типа зарядов, какие из них лучше брать? Или какие принято?

Сообщение **ИСН** » Пт фев 15, 2008 9:07 pm

Все заряды (кроме, может быть, бейдеровских) - враньё. При этом все заряды разные. Разные заряды годятся для разных целей; некоторые - ни для каких.

alxyppv · Сообщение **alxyppv** » Вс фев 17, 2008 1:58 am

Присоединюсь к мнению ИСН. Но если все же очень надо... - то из тех зарядов, которые выдает PC GAMESS, чаще используют Малликеновкие. Но известно что они (а) часто слишком большие, (б) сильно зависят от базиса (что, понятно, не есть хорошо), (в) иногда бывают "нефизичны" (т.е. знак неправильный). Т.о., получается что доверять им можно только если они не противоречат химической интуиции. Но в таком случае получается что они вроде как и не нужны, одной интуицией можно обойтись

Rusia · Сообщение **Rusia** » Ср фев 20, 2008 9:15 pm

Код: Выделить всё

 $BASIS GBASIS=N311 NGAUSS=6 $END
 $basis ndfunc=1 diffsp=.t. elneg(1)=7,8,35,17,16 $end

Как правильнт записать используемый базис? 6-311+... Вот дальше что-то я сомне ваюсь, как правильно.

alxyppv · Сообщение **alxyppv** » Ср фев 20, 2008 9:26 pm

Код: Выделить всё

$BASIS GBASIS=N311 NGAUSS=6 $END

означает просто 6-311G. Собственно, за "311G" отвечает GBASIS=N311, а за "6-" отвечает NGAUSS=6. Чтобы добавить диффузные функции, надо добавить DIFFS=.T. и DIFFP=.T. Тогда базис станет 6-311G++. А ежели еще поляризационных надо, то NDFUNC=1 и NPFUNC=1 (тогда базис станет 6-311G**++ или 6-311G++(d,p)). Соответсвенно, поляризационных функций можно и больше добавить. А вообще, в мануале все четко прописано...

Rusia · Сообщение **Rusia** » Пт фев 22, 2008 8:33 pm

alxyppv писал(а):
Код: Выделить всё
$BASIS GBASIS=N311 NGAUSS=6 $END 
означает просто 6-311G. Собственно, за "311G" отвечает GBASIS=N311, а за "6-" отвечает NGAUSS=6. Чтобы добавить диффузные функции, надо добавить DIFFS=.T. и DIFFP=.T. Тогда базис станет 6-311G++. А ежели еще поляризационных надо, то NDFUNC=1 и NPFUNC=1 (тогда базис станет 6-311G**++ или 6-311G++(d,p)). Соответсвенно, поляризационных функций можно и больше добавить. А вообще, в мануале все четко прописано...

Может

Код: Выделить всё

DIFFSP=.TRUE. DIFFS=.TRUE.

просто иначе не идёт расчёт - говорит что нету такиой установки.

Rusia · Сообщение **Rusia** » Пн фев 25, 2008 6:22 pm

А заряды расчитываются путём сложения заряда ядра и электронной плотности?

amge · Сообщение **amge** » Вт фев 26, 2008 8:41 am

Rusia писал(а):У меня такой вопрос- там выдаются 2 типа зарядов, какие из них лучше брать? Или какие принято?

Я считал заряды по NBO (NBO прикручивается к гамессу). Заряды получаются практически не зависящими от базиса и, главное, в рамках здравого (химического) смысла. А малликеновские заряды действительно почти бесполезны, причем, как мне показалось, чем шире базис, тем меньше в них смысла.

Rusia · Сообщение **Rusia** » Вт фев 26, 2008 5:26 pm

amge писал(а):
Rusia писал(а):У меня такой вопрос- там выдаются 2 типа зарядов, какие из них лучше брать? Или какие принято?
Я считал заряды по NBO (NBO прикручивается к гамессу). Заряды получаются практически не зависящими от базиса и, главное, в рамках здравого (химического) смысла. А малликеновские заряды действительно почти бесполезны, причем, как мне показалось, чем шире базис, тем меньше в них смысла.

Это вроде платный пакет.

Форум химиков

Вопросы по PC GAMESS

Вопросы по PC GAMESS

Кто сейчас на конференции