Учебное пособие VASP

[iAlex]

Всем привет
Решил изучить VASP, т.к. появилась необходимость в расчете зоны Бриллюэна и оптических свойств кристаллов.

2.png

Нашел у нас в пыльном шкафу занимательное чтиво:

3.jpg

Почитал - прикольно
Начал искать какими же методами сейчас считают кристаллы: L(S)DA+U, DFT+U, GGA+U, PBE+U, GWA и GW0, мдаааа далеко не ушли.
В принципе всё просто, почти все они так или иначе для меня знакомы, осталось только разобраться с запуском VASP.
Чтобы не заморачиваться со сборкой на Linux, взял у китайцев скомпилированную версию под Windows (для изучения и тестовых расчетов думаю её хватит, а серьезные расчеты буду делать на кластере).

1.png

Вот собственно по расчетам, а именно по входным файлам (чет их как-то много) у меня возник ряд вопросов.
Посоветуйте какое-нибудь учебное пособие для студентов, т.с. чтобы стартануть, а дальше думаю уже разберусь.
Спасибо

З.Ы. Мне понравилось пособие БНТУ по VESTA https://rep.bntu.by/bitstream/handle/da ... /VESTA.pdf
Хоть понял как из того же CIF или вручную задавать ячейку и создать POSCAR файл. Остались теперь POTCAR, KPOINTS, INCAR, подключение базисов плоских волн, псевдопотенциалов.

[Гесс]

Входных файлов должно быть 4 (редко больше). Координаты в поскар, функции в поткар, к-точки в кпоинтс и описание что собственно делать в инкар.

[Гесс]

Начал искать какими же методами сейчас считают кристаллы: L(S)DA+U, DFT+U, GGA+U, PBE+U, GWA и GW0, мдаааа далеко не ушли.

Это какой то бессмысленный список. ПБЕ это частный случай ГГА. ГГА и ЛСА это частные случаи ДФТ. Функции грина вообще отдельно. Чем считать... ну если система небольшая то можно и гибридными функционалами. Есть довольно свежие ГГА под конкретные задачи, типа beef-vdw. А так традиционных немного: пбе, рпбе, ам5.

Ряд примеров по разным типам расчетов в васповой википедии https://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index ... relaxation это один из примеров, ищите вокруг.

[iAlex]

Начал искать какими же методами сейчас считают кристаллы: L(S)DA+U, DFT+U, GGA+U, PBE+U, GWA и GW0, мдаааа далеко не ушли.

Это какой то бессмысленный список. ПБЕ это частный случай ГГА. ГГА и ЛСА это частные случаи ДФТ. Функции грина вообще отдельно. Чем считать... ну если система небольшая то можно и гибридными функционалами. Есть довольно свежие ГГА под конкретные задачи, типа beef-vdw. А так традиционных немного: пбе, рпбе, ам5.

Ряд примеров по разным типам расчетов в васповой википедии https://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index ... relaxation это один из примеров, ищите вокруг.

По методам понятно, я просто привел список, которыми считают.
Спасибо за ссылку на вики, запустил их тестовый пример

1.png

Теперь можно разбираться дальше

[iAlex]

Пытаюсь провести расчет энергии простого комплекса.
Сконвертировал cif файл в POSCAR:
cif:

Код: Выделить всё

# generated using pymatgen
data_SiO2
_symmetry_space_group_name_H-M   'P 1'
_cell_length_a   5.01978486
_cell_length_b   5.01978486
_cell_length_c   5.50866340
_cell_angle_alpha   90.00000000
_cell_angle_beta   90.00000000
_cell_angle_gamma   120.00000000
_symmetry_Int_Tables_number   1
_chemical_formula_structural   SiO2
_chemical_formula_sum   'Si3 O6'
_cell_volume   120.21179348
_cell_formula_units_Z   3
loop_
 _symmetry_equiv_pos_site_id
 _symmetry_equiv_pos_as_xyz
  1  'x, y, z'
loop_
 _atom_site_type_symbol
 _atom_site_label
 _atom_site_symmetry_multiplicity
 _atom_site_fract_x
 _atom_site_fract_y
 _atom_site_fract_z
 _atom_site_occupancy
  Si  Si1  1  0.524011  0.524011  0.000000  1
  Si  Si2  1  0.000000  0.475989  0.333333  1
  Si  Si3  1  0.475989  0.000000  0.666667  1
  O  O4  1  0.256647  0.414807  0.205882  1
  O  O5  1  0.585193  0.841840  0.872548  1
  O  O6  1  0.158160  0.743353  0.539215  1
  O  O7  1  0.414807  0.256647  0.794118  1
  O  O8  1  0.743353  0.158160  0.460785  1
  O  O9  1  0.841840  0.585193  0.127452  1

POSCAR:

Код: Выделить всё

si3 o6
1.0
        5.0197849274         0.0000000000         0.0000000000
       -2.5098924637         4.3472612686         0.0000000000
        0.0000000000         0.0000000000         5.5086631775
   Si    O
    3    6
Cartesian
     1.315211296         2.278012991         0.000000000
    -1.194681287         2.069248676         1.836219192
     2.389362574         0.000000000         3.672443867
     0.247191787         1.803274393         1.134134531
     0.824615002         3.659698725         4.806572914
    -1.071806908         3.231549978         2.970354080
     1.438085437         1.115711570         4.374528408
     3.334507704         0.687562883         2.538309336
     2.757084370         2.543986797         0.702090144

Задаю для теста сетку k-точек 2x2x2 по схеме Монхорста-Пака:

Код: Выделить всё

2x2x2
 0
Monkhorst Pack
 2 2 2
 0 0 0

Формирую INCAR:

Код: Выделить всё

ISTART = 0
ICHARG = 2
ENCUT = 240
ISMEAR = 1
SIGMA = 0.1

Задаю псевдоптенциал PAW_PBE в POTCAR (во вложении).
Запускаю и получаю ошибку:

Код: Выделить всё

** On entry to ZGEMM  parameter number  8 had an illegal value

Подскажите, где лажанул?

[Гесс]

Это не похоже на ошибку связанную с инпутом. ИМХО это то ли васп криво поставился, то ли еще какие то внутренние проблемы.
Можете контроля ради заменить все кардинально

H
1.0000000000000000
3.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000
0.0000000000000000 3.0000000000000000 0.0000000000000000
0.0000000000000000 0.0000000000000000 3.0000000000000000
2
Selective dynamics
Cartesian
1.000000 1.000000 1.000000 T T T
1.000000 1.000000 2.000000 T T T

, Gamma вместо Mohkhorst, чтото непритязательное в INCAR типа

INCAR created by Atomic Simulation Environment
ENCUT = 450.000000
SIGMA = 0.100000
EDIFF = 1.00e-07
EDIFFG = -1.00e-02
PREC = normal
GGA = PS
ALGO = fast
ISYM = 0
ISIF = 3
NELM = 250
NSW = 100
IBRION = 1
LREAL = Auto

новый POTCAR,
Если выдаст ту же ошибку (а я думаю выдаст) то ищите проблему в самом васпе / его установке. Возможно BLAS

[alexp51]

Коллеги , прошу прощения за мою неграмотность , а где у китайцев можно взять скомпилированную версию под Windows ? Или это не всем дают?

[Гесс]

Ее во первых покупать надо бы, и не у китайцев, а во вторых ну зачем же над васпом так измываться?
Линуксовая на торренте...

[alexp51]

Да я понимаю...Думал потренироваться под виндой. А так да, в процессе закупки счас нахожусь. Размышляю вот какой вариант выбрать из предлагаемых