Компьютерное моделирование комплексов белок-лиганд

[fryktomanka]

Здравствуйте, уважаемые коллеги!

Пишу в надежде найти человечка (молодого, любознательного) с хорошими знаниями в области технических наук (физически, математически и компьютерно подкованного), имеющего представление о химических науках для выполнения симуляций взаимодействий низкомолекулярных соединений (лекарств) с белковыми системами (мишенями) в славном городе Санкт-Петербурге. Глобальная задача - разработка лекарственного препарата.

Ищем вероятно магистра, есть возможность поступления в аспирантуру. Но рассмотрим различные предложения.

Если есть интерес или знаете подходящие кандидатуры - пишите. Все подробности с удовольствием расскажу.

Прошу админов не ругаться сильно, если сделала топик не в том месте или нарушила какие-то правила.

Спасибо за внимание!

[Гесс]

Я немного неподхожу по возрасту и месту, у меня вопрос в оющем: а у вас есть ктото скажем от кандидатов наук кто уже занимается докингом, или вы расчитываете что любознательный магистр все освоит сам?

[uchebnik fiziki]

Предложите мне интересную зарплату

[VIPer]

я, конечно, не очень в этой теме, но в последнее время попадается всё чаще и чаще докинг всякой низкомолекулярщины. немало уже и индусов освоило это. ощущение такое, что это новая разновидность бантика для статьи, вроде как qsar уже немного надоел, всякие нейронные сети тоже, а давайте-ка возьмём координаты фрагмента рецептора и туда попробуем вставить что-нибудь) могу, конечно, ошибаться, но это будет далековато от разработки лекарств. координаты фрагментов рецептора берутся откуда? из рентгена? тогда почти наверняка в растворе, а тем более в каком-нибудь буфере строение его будет отлично от кристаллического. да и в разные карманы что только не подходит.. хотя сам бы с удовольствием попробовал в это вникнуть, конечно, ибо вроде как немного ещё свежо и интересно

[fryktomanka]

Скажем прямо, что "кто-то от кандидатов наук кто уже занимается докингом" находится в МГУ. В Петербурге я пока не встречала людей такого уровня, которые бы грамотно (в глубоком (комплексном) смысле этого слова; и здесь я ни в коем случае не хочу кого-либо обидеть!) применяли методы моделирования для "разработки лекарственных препаратов".
У нас есть грамотный руководитель, который задает направления по всем работам, ведущимся в лаборатории, и молодые сотрудники, которые непосредственно делают дело. Но в настоящий момент "старшие" молодые сотрудники уходят/уже ушли, а смену себе они не подготовили. Намечается дефицит.
В силу специфики "разработки лекарственных препаратов" приходится много чего изучать, и в том числе знакомиться с программными комплексами, разработанными для этих целей. В свое время была необходимость и я лично работала с Gold'ом. Но чтобы действительно этим заниматься, надо только этим и заниматься. А я уже в тяге стою, не разорваться.

uchebnik fiziki, покажите мне хотя бы одну Вашу публикацию по моделированию в журнале с импактом выше 3-х, и можно будет побеседовать о интересной зарплате.

VIPer, индусы индусами. Сейчас много информации по данному направлению, достаточное количество ПО в свободном доступе - бери и осваивай. Слушала я однажды доклад девушки, которая делала докинг на своем ноутбуке. По ее мнению, она занималась серьезной научной работой... Любой подобный метод - это инструмент, который имеет свои области применения, и при грамотном использовании дает реальные результаты. По поводу далековато от разработки лекарств - это Вы зря, исследование взаимодействия лиганд-рецептор, в том числе компьютерными методами, уже давно является неотъемлемой частью такой дисциплины (я бы даже сказала области наук), как медицинская химия.

[uchebnik fiziki]

Скажем прямо, что "кто-то от кандидатов наук кто уже занимается докингом" находится в МГУ. В Петербурге я пока не встречала людей такого уровня, которые бы грамотно (в глубоком (комплексном) смысле этого слова; и здесь я ни в коем случае не хочу кого-либо обидеть!) применяли методы моделирования для "разработки лекарственных препаратов".

Вова Цв-ов уехал же вроде в НИИ гриппа, вполне грамотен.

uchebnik fiziki, покажите мне хотя бы одну Вашу публикацию по моделированию в журнале с импактом выше 3-х, и можно будет побеседовать о интересной зарплате.

В гугл-сколаре у меня хирш 11. Насколько интересную зарплату вы можете предложить?

[VIPer]

VIPer, индусы индусами. Сейчас много информации по данному направлению, достаточное количество ПО в свободном доступе - бери и осваивай. Слушала я однажды доклад девушки, которая делала докинг на своем ноутбуке. По ее мнению, она занималась серьезной научной работой... Любой подобный метод - это инструмент, который имеет свои области применения, и при грамотном использовании дает реальные результаты. По поводу далековато от разработки лекарств - это Вы зря, исследование взаимодействия лиганд-рецептор, в том числе компьютерными методами, уже давно является неотъемлемой частью такой дисциплины (я бы даже сказала области наук), как медицинская химия.

может быть, девушка пользовалась какими-то сервисами, которые на суперкомпьютерах молотят?
безусловно, какой-то первичный скрининг нужен, и этот метод, вполне вероятно, в каких-то задачах работает. я же говорю, все уже просто наигрались с PASS-ом и тому подобными микрокосмами, вычислительные мощности подросли, знаний по строению рецепторов накопилось, теперь всё просто перешло на новый уровень. хотелось бы верить, что это всё действительно потом найдёт применение не только в качестве бантиков к статьям-диссерам

[uchebnik fiziki]

Слушала я однажды доклад девушки, которая делала докинг на своем ноутбуке. По ее мнению, она занималась серьезной научной работой...

Между прочим, для 95% задач ноутбука (нормального) более чем достаточно. Закон Мура не стоит на месте, да и выбор метода, как и последовательности применения разных, тоже решает.

я же говорю, все уже просто наигрались с PASS-ом и тому подобными микрокосмами, вычислительные мощности подросли, знаний по строению рецепторов накопилось, теперь всё просто перешло на новый уровень. хотелось бы верить, что это всё действительно потом найдёт применение не только в качестве бантиков к статьям-диссерам

Ещё в 1996 году люди рассуждали более взвешенно. Более того, сейчас в иных статьях расчётная часть сделана лучше экспериментальной.

[Гесс]

Слушала я однажды доклад девушки, которая делала докинг на своем ноутбуке. По ее мнению, она занималась серьезной научной работой...

Между прочим, для 95% задач ноутбука (нормального) более чем достаточно. Закон Мура не стоит на месте, да и выбор метода, как и последовательности применения разных, тоже решает.

Для докинга - может быть, я в нем слаб, у нас вроде девушка его на персоналке делает, на кластере ее задач невидно. Для масштабного наносекундного МД сотен тысяч атомов - уже нет. Для скромного ДФТ и полуэмпирики (чтото типа полусотни атомов в 6-31) - наверное да, и результаты могут быть адекватными, но ревьюверы пропустят лишь в весьма непритязательные журналы (я не говорю о статьях в которых демонстрируется некая качественно новая идея по методам, такое может содержать и расчеты на арифмометре ). Бенчмарки, каплдкластеры, расчеты по базам соединений с сотнями соединений (становится все популярнее) - это все однозначно за пределами ноутбуков.

[uchebnik fiziki]

Так я про 95% задач докинга. До ста тысяч структур можно нормально на ноуте гонять, больше уже просто долго, но персоналки хватит. Всё остальное выходит за рамки моделирования лиганд-рецепторных взаимодействий в медицинской химии. Я знаю про FEP, QM/MM, термодинамическое интегрирование и т.д., но так до конца и не понял, как и зачем эти методы применять в реальных задачах, очень уж ограниченный набор мишеней для них подходит -- это, конечно, хорошие мишени, но скучные. И стоимость расчётов начинает становиться сравнимой со стоимостью синтеза.

Бенчмарки -- зло