“Корреляционный подход” в квантовой химии (использование гомологических рядов)

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1400
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

“Корреляционный подход” в квантовой химии (использование гомологических рядов)

Сообщение Vit Nhoc » Чт апр 20, 2017 8:31 pm

Я полагаю, часто можно услышать фразу, что расчёты редко дают конкретные величины требуемых параметров, но “предсказывают тенденцию”. В статье я бы это написал такими словами, что случайная ошибка квантовохимического расчёта намного уступает систематической, и это позволяет использовать сравнение свойств в гомологических рядах.
Занимаясь расчётами для одной группы, я столкнулся с задачей отнесения полос в 1H ЯМР и ИК спектрах (для структурной идентификации). Чтобы получше решить эту задачу, я просчитал 1H ЯМР спектры 26 молекул (простая органика, расчёт PCM wB97XD/6-31G(D,P)), для которых есть экспериментальные данные, и построил корреляцию теории с экспериментом:
corr1.JPG
Красные точки – это сигналы водородов, связанных не с углеродами а с азотом или кислородом. Из чёрных точек две очень выпадающие – это молекула этилацетата, наверняка здесь было неправильное отнесение полос в спектре. Все экспериментальные данные взяты с сайта chemicalbook.com.
Вообще, у меня подозрение что здесь корреляцию портит некачественный эксперимент. Хотя не уверен.
Если предсказывать химсдвиги по этой корреляции, получается погрешность +-0.2 ppm. Это довольно большая погрешность. Но, насколько я могу судить, погрешность можно снизить, если сравнивать химсдвиги гомологов.
Можно взять, например, все молекулы из моего набора, содержащие этильную группу, взять у них сигнал на метильных протонах и построить корреляцию только для них. Получается такая (10 точек):
corr2.JPG
Я думаю, для практических задач здесь лучше не строить корреляцию, а подобрать экранирование стандарта (т.е. принять угол наклона кривой 45 градусов). Тогда получается точность предсказаний химсдвигов +- 0.1 ppm. Это явно получше. Правда, сами химсдвиги этих протонов различаются в пределах 0.6 ppm, так что использование квантовой химии по сравнению с чисто эмпирическим подходом повышает точность всего в 2-3 раза.
В нашей молекуле есть пиреновый фрагмент; по одному расчёту провести отнесение полос мы не можем, но мы можем взять другие молекулы, в которых есть пиреновый фрагмент и проведено отнесение сигналов, провести для них расчёты, и сравнивать рассчитанные и экспериментальны “дельты”. Суть в том, что поскольку эти дельты невелики по абсолютной величине, то точность их прогноза (абсолютная, а не относительная) будет неплохой.
Такой же подход можно применить для ИК-спектров. У нас есть молекула бодипая с альдегидной группой, эта группа даёт полосу в спектре. Я просчитал спектр этой молекулы, расчёт тоже даёт положении полосы от альдегидной группы, но сами цифры довольно сильно отличаются. Я хотел бы сделать так: взять ряд молекул, в которых есть альдегидная группа и для которых есть ИК-эксперимент, просчитать для них положение полосы, построить корреляцию и далее посмотреть, вписывается ли в эту корреляцию наша молекула бодипая.
Мой вопрос в том, насколько этот подход (использование гомологических рядов) описан в литературе. Если тут есть какая-то новизна, могу ли я написать “методологическую” статью на эту тему? Буду благодарен за советы.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
"Ты должен сделать добро из зла, потому что больше его сделать не из чего". АБ Стругацкие.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: “Корреляционный подход” в квантовой химии (использование гомологических рядов)

Сообщение Гесс » Чт апр 20, 2017 10:24 pm

Судя по положению точек этилацетата - 2 атома переставлены.
Методллогической новизны не вижу. Это некоторое расширение трмдиционного подхода по предсказанию свойств несинтезированных соединений -давайте посчитаем свойство для него и для максимально похожего для которого есть эксперименталка и посмотрим в какую сторону врет расчет. Но статью написать можно. В формате краткого сообщения может прокатить и в чтото типа JCTC.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1400
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: “Корреляционный подход” в квантовой химии (использование гомологических рядов)

Сообщение Vit Nhoc » Чт апр 20, 2017 11:52 pm

Но статью написать можно
Как вы думаете, можно ли будет назвать статью, например, так: “Structural characterization of some bodipy molecules using 1H NMR and IR spectra and quantum chemistry computations. Benchmarks on 1H NMR and IR computations by DFT methods”.
Т.е. в одной статье будет и часть про наши бодипаи, и методическая часть, и бенчмарки (я ещё сделаю бенчмарки и попробую улучшить корреляцию). Мне ведь действительно пришлось заниматься и методической частью, и бенчмарками, чтобы решить задачу отнесения сигналов. Ничего что так получится немного всё вперемешку? Такие статьи бывают?
И если писать именно такую статью, прошу подсказать что можно почитать по теме.
"Ты должен сделать добро из зла, потому что больше его сделать не из чего". АБ Стругацкие.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: “Корреляционный подход” в квантовой химии (использование гомологических рядов)

Сообщение amge » Пт апр 21, 2017 5:29 am

Вообще, работ по корреляции эксп. и расч. ЯМР много. И даже сайты специальные есть.

Код: Выделить всё

http://cheshirenmr.info/index.htm
http://www-jmg.ch.cam.ac.uk/tools/nmr/

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 5 гостей