Циклические молекулы в CP2K

[Vinianel]

Коллеги, возник вопрос.
Нужно произвести поиск конформеров для конкретной молекулы. Начала смотреть различные пакеты, остановилась на том, чтобы попробовать CP2K. Попробовала сделать моделирование методом Монте Карло в качестве теста на нескольких простых молекулах, и вот в чем засада - CP2K почему-то не считает циклические молекулы. В качестве примера прилагаю инпут и топологию для молекулы циклопентана (https://www.dropbox.com/sh/v4imww1lsyul ... c69Sa?dl=0). Я вижу, что первая оценка энергии работает нормально, но когда программа заходит на первый МК цикл, расчет перестает подавать признаки жизни. Сам расчет при этом не заканчивается, и висит в таком состоянии по нескольку часов, пока ему начинает не хватать памяти, и тогда все останавливается. При этом программа не выдает никакого error message , по которому можно было бы понять, в чем проблема. Что я делаю не так?

Если я использую тот же самый инпут для нециклической молекулы, например пропана, все нормально считается, и 1000 МК циклов завершаются в течение нескольких минут.

Ах, да, у меня CP2K версия 3.0, если это важно.

[Гесс]

Это по части amge, он там собаку сьел. Где то он писал (если не перевру), что сначала стоит генерировать конформеры разными генераторами (он даже давал сравнение что как работает), а потом сувать их в кванты. Увас судя по инпуту расчет сразу идет в полуэмпирике PM6.
Проблема у больших циклов воспроизводится? просто у циклопентана с конформерами может быть очень бедно и это может как то влиять.

UPD http://limor1.nioch.nsc.ru/quant/program/conformers/ см также viewtopic.php?f=71&t=85507&p=614923&hilit и viewtopic.php?f=64&t=96149&p=701124&hilit

Конкретно по ошибке в CP2K ничего сказать не могу, сам не работал. Просто я не уверен что это лучший путь.

[Vinianel]

Спасибо!
Большие циклы не пробовала, хотела на маленьких посмотреть сначала что к чему. У гетероциклов типа пиридина воспроизводится.

[amge]

Наверное, циклопентан - неудачный пример для тестовой задачки. У него, несмотря на кажущуюся простоту, все сложно, так как безбарьерное всевдовращение. Обычно у него рассматривают две конформации - твист (С2) и бент (Cs), но на самом деле эти конформации не отличаются по энергии как друг от друга, так и от любых других на ППЭ псевдовращения. Т.е. то ли только один конформер, то ли два, то ли их бесконечное множество - непонятно, ситуация вне рамок конформационного анализа. Возьмите для теста циклогексан лучше - у него четко два конформера - кресло (D3d) и твист (D2).

И еще не советую делать конформационный анализ полуэмпирикой - она имеет дурную склонность пропускать конформеры и в энергиях провирается. Если не DFT, то тогда уж лучше молекулярной механикой типа MMFF94.

[Vinianel]

amge, спасибо огромное, ушла пробовать!