Выпадение алкиламинов из корреляции
Выпадение алкиламинов из корреляции
Я просчитал энергию протонирования пятнадцати молекул, и построил корреляцию энергии протонирования с экспериментальной константой диссоциации.
Здесь молекула 1 - N,N-Dimethyl-3-nitroaniline; 2 - N,N-Dimethylaniline; 3 - N,N-Diethylaniline; 4 - Trimethylamine; 5 - Diisopropylamine.
Если эти молекулы убрать из корреляции, она станет намного лучше. Получается, что для разновидностей алкиламинов энергия протонирования оказывается заниженной. Можно ли это как-то обосновать?
Здесь молекула 1 - N,N-Dimethyl-3-nitroaniline; 2 - N,N-Dimethylaniline; 3 - N,N-Diethylaniline; 4 - Trimethylamine; 5 - Diisopropylamine.
Если эти молекулы убрать из корреляции, она станет намного лучше. Получается, что для разновидностей алкиламинов энергия протонирования оказывается заниженной. Можно ли это как-то обосновать?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Последний раз редактировалось Vit Nhoc Вс янв 10, 2016 8:23 pm, всего редактировалось 1 раз.
"Ты должен сделать добро из зла, потому что больше его сделать не из чего". АБ Стругацкие.
Re: Выпадение алкиламинов из корреляции
Интересно, а для газофазных основностей тоже будет такая же картина?
А я вот паровоз поднимал... Но не поднял.
Re: Выпадение алкиламинов из корреляции
Кто-нибудь подскажите хотя бы, имеет ли смысл пересчитывать эти объекты с EFP? Забыл написать, что расчёты проводились в рамках PCM, растворитель вода.
"Ты должен сделать добро из зла, потому что больше его сделать не из чего". АБ Стругацкие.
Re: Выпадение алкиламинов из корреляции
оно станет корректнее, хотя почему то моя пятая точка сейчас считает что это не поможет. Но это никак не мотивировано.Vit Nhoc писал(а):имеет ли смысл пересчитывать эти объекты с EFP?
А экспериментальные данные - в воде?Vit Nhoc писал(а):Забыл написать, что расчёты проводились в рамках PCM, растворитель вода.
Re: Выпадение алкиламинов из корреляции
EFP по моему опыту редко помогает для расчета энергии чего либо, для геометрии - да. с EFP удобно получать стартовые модели для последующей оптимизации.
практика показывает, что учет специфической сольватации совместо с неспецифической (PCM) напрямую гораздо лучше. но обладает существенным минусом, не всегда хватает одной молекулы воды и приходится увеличивать сольватационную оболочку, что приводит к резкому возрастанию расчетных ресурсов. поэтому как обычно ситуация: качество-количество. деталей и тонкостей расчета как обычно прилично, не смотря на то что расчет констант равновесия становится рутинным делом.
практика показывает, что учет специфической сольватации совместо с неспецифической (PCM) напрямую гораздо лучше. но обладает существенным минусом, не всегда хватает одной молекулы воды и приходится увеличивать сольватационную оболочку, что приводит к резкому возрастанию расчетных ресурсов. поэтому как обычно ситуация: качество-количество. деталей и тонкостей расчета как обычно прилично, не смотря на то что расчет констант равновесия становится рутинным делом.
Re: Выпадение алкиламинов из корреляции
Да, конечно.А экспериментальные данные - в воде?
"Ты должен сделать добро из зла, потому что больше его сделать не из чего". АБ Стругацкие.
Re: Выпадение алкиламинов из корреляции
А какой PCM?
Где-то попадалась статья, где показывали, что попытки учесть специфическую сольватацию добавлением молекул растворителя в явном виде не приводят к увеличению точности предсказания pKa в среднем. Мой опыт по расчету pKa производных гидразина согласуется с этим утверждением.
Где-то попадалась статья, где показывали, что попытки учесть специфическую сольватацию добавлением молекул растворителя в явном виде не приводят к увеличению точности предсказания pKa в среднем. Мой опыт по расчету pKa производных гидразина согласуется с этим утверждением.
А я вот паровоз поднимал... Но не поднял.
Re: Выпадение алкиламинов из корреляции
надеюсь с PCM(SMD). голый PCM гораздо хуже без надстройки SMD
Re: Выпадение алкиламинов из корреляции
Вот цитата из учебника Клейдена.Очевидно, нужно учитывать водородные связи, т.е. специфическую сольватацию.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Выпадение алкиламинов из корреляции
Печально... Как можно нагуглить эту статью, подскажите ключевые слова?Lexx писал(а):А какой PCM?
Где-то попадалась статья, где показывали, что попытки учесть специфическую сольватацию добавлением молекул растворителя в явном виде не приводят к увеличению точности предсказания pKa в среднем. Мой опыт по расчету pKa производных гидразина согласуется с этим утверждением.
"Ты должен сделать добро из зла, потому что больше его сделать не из чего". АБ Стругацкие.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 53 гостя