Выпадение алкиламинов из корреляции

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1401
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Выпадение алкиламинов из корреляции

Сообщение Vit Nhoc » Вс янв 10, 2016 2:50 am

Я просчитал энергию протонирования пятнадцати молекул, и построил корреляцию энергии протонирования с экспериментальной константой диссоциации.
Здесь молекула 1 - N,N-Dimethyl-3-nitroaniline; 2 - N,N-Dimethylaniline; 3 - N,N-Diethylaniline; 4 - Trimethylamine; 5 - Diisopropylamine.
Если эти молекулы убрать из корреляции, она станет намного лучше. Получается, что для разновидностей алкиламинов энергия протонирования оказывается заниженной. Можно ли это как-то обосновать?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Последний раз редактировалось Vit Nhoc Вс янв 10, 2016 8:23 pm, всего редактировалось 1 раз.
"Ты должен сделать добро из зла, потому что больше его сделать не из чего". АБ Стругацкие.

Аватара пользователя
Lexx
Сообщения: 1205
Зарегистрирован: Пн фев 28, 2005 12:44 pm
Контактная информация:

Re: Выпадение алкиламинов из корреляции

Сообщение Lexx » Вс янв 10, 2016 7:37 am

Интересно, а для газофазных основностей тоже будет такая же картина?
А я вот паровоз поднимал... Но не поднял.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1401
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Выпадение алкиламинов из корреляции

Сообщение Vit Nhoc » Ср янв 13, 2016 4:45 pm

Кто-нибудь подскажите хотя бы, имеет ли смысл пересчитывать эти объекты с EFP? Забыл написать, что расчёты проводились в рамках PCM, растворитель вода.
"Ты должен сделать добро из зла, потому что больше его сделать не из чего". АБ Стругацкие.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Выпадение алкиламинов из корреляции

Сообщение Гесс » Ср янв 13, 2016 5:06 pm

Vit Nhoc писал(а):имеет ли смысл пересчитывать эти объекты с EFP?
оно станет корректнее, хотя почему то моя пятая точка сейчас считает что это не поможет. Но это никак не мотивировано.
Vit Nhoc писал(а):Забыл написать, что расчёты проводились в рамках PCM, растворитель вода.
А экспериментальные данные - в воде?

avelon
Сообщения: 492
Зарегистрирован: Ср авг 12, 2009 5:09 pm

Re: Выпадение алкиламинов из корреляции

Сообщение avelon » Ср янв 13, 2016 6:00 pm

EFP по моему опыту редко помогает для расчета энергии чего либо, для геометрии - да. с EFP удобно получать стартовые модели для последующей оптимизации.
практика показывает, что учет специфической сольватации совместо с неспецифической (PCM) напрямую гораздо лучше. но обладает существенным минусом, не всегда хватает одной молекулы воды и приходится увеличивать сольватационную оболочку, что приводит к резкому возрастанию расчетных ресурсов. поэтому как обычно ситуация: качество-количество. деталей и тонкостей расчета как обычно прилично, не смотря на то что расчет констант равновесия становится рутинным делом.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1401
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Выпадение алкиламинов из корреляции

Сообщение Vit Nhoc » Ср янв 13, 2016 8:30 pm

А экспериментальные данные - в воде?
Да, конечно.
"Ты должен сделать добро из зла, потому что больше его сделать не из чего". АБ Стругацкие.

Аватара пользователя
Lexx
Сообщения: 1205
Зарегистрирован: Пн фев 28, 2005 12:44 pm
Контактная информация:

Re: Выпадение алкиламинов из корреляции

Сообщение Lexx » Ср янв 13, 2016 8:49 pm

А какой PCM?

Где-то попадалась статья, где показывали, что попытки учесть специфическую сольватацию добавлением молекул растворителя в явном виде не приводят к увеличению точности предсказания pKa в среднем. Мой опыт по расчету pKa производных гидразина согласуется с этим утверждением.
А я вот паровоз поднимал... Но не поднял.

avelon
Сообщения: 492
Зарегистрирован: Ср авг 12, 2009 5:09 pm

Re: Выпадение алкиламинов из корреляции

Сообщение avelon » Чт янв 14, 2016 6:31 am

надеюсь с PCM(SMD). голый PCM гораздо хуже без надстройки SMD

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2050
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Выпадение алкиламинов из корреляции

Сообщение amge » Чт янв 14, 2016 8:14 am

Вот цитата из учебника Клейдена.
Clayden.png
Очевидно, нужно учитывать водородные связи, т.е. специфическую сольватацию.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1401
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Выпадение алкиламинов из корреляции

Сообщение Vit Nhoc » Сб янв 16, 2016 5:19 pm

Lexx писал(а):А какой PCM?

Где-то попадалась статья, где показывали, что попытки учесть специфическую сольватацию добавлением молекул растворителя в явном виде не приводят к увеличению точности предсказания pKa в среднем. Мой опыт по расчету pKa производных гидразина согласуется с этим утверждением.
Печально... Как можно нагуглить эту статью, подскажите ключевые слова?
"Ты должен сделать добро из зла, потому что больше его сделать не из чего". АБ Стругацкие.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 53 гостя