Здравствуйте! Позвольте вопрос немного не по теме.
Имеется спиновая плотность p(x,y,z) в cube файле firefly. Какой программой можно визуализировать p(r) или хотя бы получить ее из cube?
Спиновая плотность Визуализация.
Re: Спиновая плотность Визуализация.
Выделил в отдельную тему.
Если cube нормальный - то VMD или Chimera. (Химера атомы в кубе не увидит, ей их надо будет скормить отдельным xyz, VMD достаточно одного cube, но надо строить дополнительную изоповерхность). Впринципе Chemcraft тоже может открыть куб, но выкручивать value вручную может быть долго, особенно когда непонятно в какую сторону крутить.
Если cube нормальный - то VMD или Chimera. (Химера атомы в кубе не увидит, ей их надо будет скормить отдельным xyz, VMD достаточно одного cube, но надо строить дополнительную изоповерхность). Впринципе Chemcraft тоже может открыть куб, но выкручивать value вручную может быть долго, особенно когда непонятно в какую сторону крутить.
Re: Спиновая плотность Визуализация.
На мой взгляд, в Chemcraft как раз проще. Открываешь файл, ставишь знчение 0.001-0.002 (для сптновой плотности) и вперед. VMD конечно гораздо больше может в смысле красивости картинок, но и возни с ним гораздо больше, и для человека без особого опыта визуализации - барьер вхождения все-таки гораздо выше. Так что если надо быстро и просто - то тут Chemcraft на первом месте.
А.П.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 82 гостя