trjconv center solute

[Гесс]

Вопрос предположительно туп до безобразия и похоже был неоднократно обмусолен в гугле, но я ухитряюсь его не решить.

Есть MD в Громаксе, на выходе есть md.trr траектория, md.tpr топология, имеется исходный md.gro
Цель - получить траекторию с молекулой растворенного вещества в центре ячейки растворителя.

Использовались выражовывания типа:

gmx trjconv -f md.trr -s md.tpr -o md1.trj -center
с указанием что центрировать надо по группе 2 (растворенное вещество) и выводить надо всю систему (0)

gmx trjconv -f md.trr -s md.tpr -o md2.trj -pbc mol
чтобы предотвратить перескоки из края в край

и их комбинации в разном порядке.
Визуализация делается загрузкой в VMD md.gro и добавлением в это gro фреймов из md.trj файлов.
В результате имею систему из которой то слева то справа высовывается моя молекула (молекула много меньше ячейки, она просто не держится в центре).

-fit rot+trans просто от безысходности
http://comments.gmane.org/gmane.science ... user/44932 - уже прочитан, центрирована ли молекула в tpr файле я не знаю - vmd его не открывает.

Что я делаю не так?

[uchebnik fiziki]

Можно средствами VMD это сделать, можно с помощью MDAnalysis.

[eFo]

Я с Громаксом не работал, так что не знаю про формат траектории. Но если можно в xyz конвертнуть, то есть TRAVIS. Там можно задать преобразование ячейки для всей траектории с указанием какую молекулу или какой атом держать в центре.

[Гесс]

Я приношу извинения что не ответил ранее. Я нашел ключ но не успел об этом написать.
Мне неясно каким образом на центрирование влияет Unit-cell representation, но именно добавление -ur compact позволяет довести систему до внятного вида.