Вопрос к гамессовцам: ZO1 или О1

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
АлександрI
Сообщения: 378
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2011 5:09 pm

Вопрос к гамессовцам: ZO1 или О1

Сообщение АлександрI » Чт апр 02, 2015 8:57 pm

Уважаемые коллеги, помогите разобраться...

В ключе $efrag для фрагментов воды для моих задач я пишу fragname=h2odft и к нему о1, н2. н3 .
Но нельзя zo1, zh2, zh3. Почему? А как надо правильно?

В разделе Further Information.doc от 5.12.14 я нашёл на эту тему:
Therefore the 3 points in $EFRAG define only the relative
position of the EFP, and not its internal structure. So, if
the "internal structure" given by points in $EFRAG differs
from the true values in $FRAGNAME, then the order in which
the points are given in $EFRAG can affect the positioning
of the fragment. It may be easier to input water EFPs if
you use the Z-matrix style to define them, because then you
can ensure you use the actual frozen geometry in your
$EFRAG. Note that the H2ORHF EFP uses the frozen geometry
r(OH)=0.9438636, a(HOH)=106.70327, and the names of its 3
fragment points are ZO1, ZH2, ZH3.
Однако не совсем понял ответ на мой вопрос в заголовке темы...

Ferom
Сообщения: 1049
Зарегистрирован: Чт дек 16, 2010 11:43 am

Re: Вопрос к гамессовцам: ZO1 или О1

Сообщение Ferom » Чт апр 02, 2015 10:46 pm

Возможно из-за того, что
Note that the H2ORHF EFP uses...

АлександрI
Сообщения: 378
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2011 5:09 pm

Re: Вопрос к гамессовцам: ZO1 или О1

Сообщение АлександрI » Пт апр 03, 2015 1:28 am

На самом деле т.н. "замороженность" геометрии фрагментов в любых расчётных ситуациях - это одна из основ теории EFP.
К сожалению, я даже от авторитетнейших специалистов на свой вопрос в теме слышал предположение, что Z - это первая буква слова 'замораживание"...

Ferom
Сообщения: 1049
Зарегистрирован: Чт дек 16, 2010 11:43 am

Re: Вопрос к гамессовцам: ZO1 или О1

Сообщение Ferom » Пт апр 03, 2015 9:03 pm

АлександрI писал(а):Z - это первая буква слова 'замораживание"...
Прикалываетесь что-ли?
Я Вам выделил H2ORHF, чтобы Вы проверили.
Пришлось самому проверять - а оно мне надо? Так вот, если указать fragname=h2orhf, то расчет с zo1, zh2, zh3 завершается без ошибок.

АлександрI
Сообщения: 378
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2011 5:09 pm

Re: Вопрос к гамессовцам: ZO1 или О1

Сообщение АлександрI » Пт апр 03, 2015 9:53 pm

Мне жаль, что Вы на меня потратили столько времени...
На самом деле, до того, как открыть тему на Кемпорте, я заранее проверил все варианты, в том числе и fragname=h2orhf и могу дополнить Ваше заключение тем, что в этом случае задача завершается без ошибок и при ZO1,...,
так и при О1, ...
А вот в случае fragname=h2odft - это не так: при zo1, ... задача падает.
Поэтому и возник вопрос: почему при fragname=h2odft нельзя ставить zo1,... Какую роль в этом случае играет символ Z ?

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Вопрос к гамессовцам: ZO1 или О1

Сообщение Shorku » Сб апр 04, 2015 9:44 am

АлександрI писал(а): Z - это первая буква слова 'замораживание"...
"авторитетные специалисты" не дружат c английским? С ходу придумал пяток синонимов, ни одного на Z вспомнить не смог, поделитесь?
И да, логи, логи, логи. В логах очень часто таки пишут, в чем проблема.
Make quantum chemistry, not war

Ferom
Сообщения: 1049
Зарегистрирован: Чт дек 16, 2010 11:43 am

Re: Вопрос к гамессовцам: ZO1 или О1

Сообщение Ferom » Сб апр 04, 2015 12:52 pm

АлександрI писал(а):Поэтому и возник вопрос: почему при fragname=h2odft нельзя ставить zo1,... Какую роль в этом случае играет символ Z ?
Если сравнить результаты H2ORHF и H2ODFT в выходном файле таблица «MULTIPOLE COORDINATES, ELECTRONIC AND NUCLEAR CHARGES», то в случае H2ORHF положительные заряды (монополи) заданы не как заряды на ядрах, а как отдельные точечные заряды с наименованием ZO1, у которых заряд и масса ядра установлены равными нулю. В H2ODFT нельзя ставить zo1 потому, что там этого наименования не предусмотрено.

Если Вы хотите замораживать конфигурацию фрагментов, то в группе $EFRAG установите опцию POSITION=FIXED

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 17 гостей