Помогите протестировать NWCHEM

[kbob]

При расчете частот/hessian в базисе sto-3g у меня возникает следующая ошибка:
http://www.nwchem-sw.org/index.php/Spec ... ro....html

Незнаю с чем это связано (железо, последняя версия NWCHEM, количество процессов).

У меня просьба для тех кто работает в NWCHEM, запустить указанную задачу.
Мне интересен результат выполнения (успех/не успех), в случае успеха имеет ли гессиан физический смысл (или частоты < -10000 см^-1), версия NWCHEM.

Заранее благодарю тех кто откликнется.

[Гесс]

Я нвкем видел издалека, могу подергать, но пока он падает намного раньше.
[cut]warning:::::::::::::: from_environment
NWCHEM_BASIS_LIBRARY set to: <
/Адрес/nwchem/6.3/impi/data/libraries>
but file does not exist !
using .nwchemrc or compiled library
library name resolved from: .nwchemrc
library file name is: </lrz/sys/applications/nwchem/6.3/impi/data/libraries/>

Basis "ao basis" -> "" (spherical)
-----
H (Hydrogen)
------------
Exponent Coefficients
-------------- ---------------------------------------------------------
1 S 3.42525091E+00 0.154329
1 S 6.23913730E-01 0.535328
1 S 1.68855400E-01 0.444635

C (Carbon)
----------
Exponent Coefficients
-------------- ---------------------------------------------------------
1 S 7.16168370E+01 0.154329
1 S 1.30450960E+01 0.535328
1 S 3.53051220E+00 0.444635

2 S 2.94124940E+00 -0.099967
2 S 6.83483100E-01 0.399513
2 S 2.22289900E-01 0.700115

3 P 2.94124940E+00 0.155916
3 P 6.83483100E-01 0.607684
3 P 2.22289900E-01 0.391957



Summary of "ao basis" -> "" (spherical)
------------------------------------------------------------------------------
Tag Description Shells Functions and Types
---------------- ------------------------------ ------ ---------------------
H sto-3g 1 1 1s
C sto-3g 3 5 2s1p


------------------------------------------------------------------------
tce_input: unknown directive 0
------------------------------------------------------------------------
There is an error in the input file
------------------------------------------------------------------------
For more information see the NWChem manual at
http://www.nwchem-sw.org/index.php/NWChem_Documentation


For further details see manual section:




0:tce_input: unknown directive:Received an Error in Communication
application called MPI_Abort(comm=0x84000000, -1) - process 0[/cut]

[kbob]

Возможно нужна версия 6.5 или та в которой реализован (и скомпилирован) алгоритм Мультиреференс CC.

PS. Я конечно понимаю, что базис sto-3g не подходит для такого расчета, но к SIGSEGV это приводить не должно в любом случае.

[endlesslake]

Скорее второе, у меня 6.5 собранное по умолчанию тоже не знает этого ключевого слова.

[kbob]

Скорее второе, у меня 6.5 собранное по умолчанию тоже не знает этого ключевого слова.

http://www.nwchem-sw.org/index.php/Comp ... _variables
При компиляции нужно добавить дополнительную опцию MRCC_THEORY TRUE, если шел csh, то следующим образом:
% setenv MRCC_THEORY TRUE

Вообще MRCC в NWCHEM, хотя и является новой фичей, но работает вполне достойно (по сравнению с CFOUR и PSI4).

[endlesslake]

Это для какой версии? В 6.5 не работает и grep не находит этой переменной в папке с исходниками.
Может быть еще патч какой нужен ?

[kbob]

Это для какой версии? В 6.5 не работает и grep не находит этой переменной в папке с исходниками.
Может быть еще патч какой нужен ?

Сорри, как я мог поверить документации.
У меня в верси 6.5 работает так (без патча):
export MRCC_METHODS=y

[Гесс]

Сорри, как я мог поверить документации.
У меня в верси 6.5 работает так (без патча):
export MRCC_METHODS=y

Если перед запуском версии 6.3 сказать export MRCC_METHODS=y то ничего не меняется.

[kbob]

Сорри, как я мог поверить документации.
У меня в верси 6.5 работает так (без патча):
export MRCC_METHODS=y

Если перед запуском версии 6.3 сказать export MRCC_METHODS=y то ничего не меняется.

это значение актуально при компиляции кода.

Полная последовательность для установки на Ubuntu 14.04 выглядит так:

Код: Выделить всё

#!/bin/sh

sudo apt-get install build-essential
sudo apt-get install python-dev zlib1g-dev libssl-dev gfortran
sudo apt-get install csh
sudo ln -s /usr/lib/python-2.7/config-x86_64-linux-gnu /usr/lib/python-2.7/config

export LARGE_FILES=TRUE
export TCGRSH=/usr/bin/ssh
export NWCHEM_TOP=`pwd`
export NWCHEM_TARGET=LINUX64
export NWCHEM_MODULES="all python"
export PYTHONVERSION=2.7
export PYTHONHOME=/usr

#1a. openblas
sudo apt-get install libopenblas-dev
export BLASOPT="-L/usr/lib/openblas-base -lopenblas"
export LIBRARY_PATH=$LIBRARY_PATH:/usr/lib/openblas-base

sudo apt-get install libopenmpi-dev openmpi-bin

export USE_MPI=y
export USE_MPIF=y
export USE_MPIF4=y
export MRCC_METHODS=y
export MPI_LOC=/usr/lib/openmpi/lib
export MPI_INCLUDE=/usr/lib/openmpi/include
export LIBMPI="-lmpi -lopen-rte -lopen-pal -ldl -lmpi_f77 -lpthread"
export LIBRARY_PATH=$LIBRARY_PATH:/usr/lib/openmpi/lib
export FC=gfortran
cd $NWCHEM_TOP/src
make clean > clean.log 2>&1
make nwchem_config > config.log 2>&1
make > make.log 2>&1
cd ../contrib
./getmem.nwchem

[endlesslake]

Получил аналогичную ошибку.
Самое поразительное, что градиент нормально считается.

[kbob]

Получил аналогичную ошибку.
Самое поразительное, что градиент нормально считается.

Да, у меня тоже градиент нормально считается.
Спасибо за тестирование.
Разработчикам я уже отписал - ждем ответа и патча.
http://www.nwchem-sw.org/index.php/Spec ... ro....html

[kbob]

Заменил две CH-группы на N - перестало фейлится после первой итерации (считает!).

Код: Выделить всё

geometry
 symmetry C2v
 H                     2.05666470    -1.33213307     0.02407914
 C                     1.09615335    -0.79533448    -0.03911930
 H                     2.05666470     1.33213307     0.02407914
 C                     1.09615335     0.79533448    -0.03911930
 N                     0.00000000    -1.20256334    -1.02895254
 N                     0.00000000     1.20256334    -1.02895254
 H                     0.00000000    -1.44960955     1.97883667
 C                     0.00000000    -0.78122663     1.10509614
 H                     0.00000000     1.44960955     1.97883667
 C                     0.00000000     0.78122663     1.10509614
 H                    -2.05666470    -1.33213307     0.02407914
 C                    -1.09615335    -0.79533448    -0.03911930
 H                    -2.05666470     1.33213307     0.02407914
 C                    -1.09615335     0.79533448    -0.03911930
end