Расчет больших систем в DFT

[iAlex]

Привет всем,
После долгого затишья снова в деле , как всегда считаем и оптимизируем молекулы по хардкору, метод DFT, система с более 200 атомов и это только начало.
FireFly на CPU долго тянет, посоветуйте какие-нибудь нормальные аналоги с быстрой оптимизацией геометрии на GPU (под NV Tesla и NV GTX), чтобы потом её можно было загнать в FF и на процессорах дотянуть, получить составы МО, интервалы энергий и т.д.

[VTur]

Если больше 100 атомов, используйте быстрое мультипольное разложение

[ Post made via Android ]

[АлександрI]

используйте быстрое мультипольное разложение

А как же это можно практически реализовать ваше предположение в Гамессе (а там уже можно сообразить и про FireFly)?

[alxyppv]

Привет всем,
После долгого затишья снова в деле , как всегда считаем и оптимизируем молекулы по хардкору, метод DFT, система с более 200 атомов и это только начало.
FireFly на CPU долго тянет, посоветуйте какие-нибудь нормальные аналоги с быстрой оптимизацией геометрии на GPU (под NV Tesla и NV GTX), чтобы потом её можно было загнать в FF и на процессорах дотянуть, получить составы МО, интервалы энергий и т.д.

В принципе, для таких задач Вам стоит задуматься о выходе на суперкомпьютерные ресурсы... Если же такой возможности нет, то тогда стоит начинать с pure DFT (GGA функционалы типа PBE, BLYP, etc) в варианте RI (resolution of identity). Это такой способ сильно ускорить DFT расчет, но для гибридных функционалов (B3LYP etc) эта "ускорялка" не очень работает. Для такого рода расчетов я обычно использую пакет "Природа" за авторством Лайкова. Реально очень быстро, но ограничен функционал (в смысле набор свойств которые можно рассчитать и инструментов анализа). Но если Вам нужна только оптимизация - то на мой взгляд, это самый быстрый вариант. Более известный пакет, в котором тоже реализована эта опция - Orca, тоже быстро, но все-таки медленнее чем Природа. В Орке таке есть ускоренные и гибридные функционалы, в принципе очень неплохой многофункциональный пакет - и бесплатный. В Гауссиане скорее всего тоже такие возможности есть, но я им не пользуюсь.

Использование мультипольного разложения - тоже может сгодиться, если система протяженная и несопряженная. Если очень упрощенно, то смысл подхода в том, что на больших расстояниях квантоые вз-я можно заменить простой электростатикой, и соответственно эффективный размер кванто-мех. задачи будет сильно урезан. Для сопряженных систем я бы поостерегся это применять. В Firefly кстати мультипольное разложение есть.

[Гесс]

Сам не работал, но есть подозрение что BigDFT может иметь отношение.
Правда всеравно нужен кластер да побольше.

[iChem]

мы считали маленькие белки в вакууме, blyp/b3lyp, получался металл с нулевой енергией возбуждения. грешили на размер системы, потому что четко прослеживалась связь между количеством атомов и энергией возбуждения. более менее правильно получалось с range corrected functionals. вывод -- пользы от мультипольного разложения практически никакой, потому что обмен считать все равно придется

[YuraM]

Good morning,

1) For GPU:
http://en.wikipedia.org/wiki/TeraChem
I have never used this code. If you use it, it would be interesting to hear your impression.

2) Another CPU alternative: Optimization: Priroda/PBE/L1;
then single point with ORCA with any functional/basis set for the orbitals. On normal workstation this is feasible for 200 atoms.