Атом сам в себе

[iAlex]

Привет народ.
Проблема и печаль, 1 атом переходит сам в себя с идентичными координатами.
Вот инпут

Код: Выделить всё

 $CONTRL SCFTYP=RHF EXETYP=RUN RUNTYP=ENERGY COORD=UNIQUE MAXIT=200
 DFTTYP=B3LYP ICHARG=0 MULT=1 UNITS=ANGS $END
 $SYSTEM TIMLIM=144000 MWORDS=250 $END
 $STATPT OPTTOL=0.000001 NSTEP=200000 $END
 $SCF NCONV=6 DIRSCF=.T. $END
 $BASIS GBASIS=midi $END
 $GUESS GUESS=HUCKEL $END
 $DATA
 Cs8Te13Cl54
 Oh

 CHLORINE   17.0      0.000000000         2.506799999         0.000000000
 TELLERIUM  52.0      0.000000000         0.000000000         0.000000000
 CHLORINE   17.0      2.715699999         5.222499998         0.000000000
 CHLORINE   17.0      5.222499998         2.715699999         0.000000000
 CESIUM     55.0      2.611249999         2.611249999        -2.611249999
 CHLORINE   17.0      5.222499998         5.222499998         2.506799999
 TELLERIUM  52.0      5.222499998         5.222499998         0.000000000
 $END

Вот ошибка:

**** THERE ARE ATOMS LESS THAN 0.100 APART, QUITTING... ****

И координата паршивца:
17 0.000000000 -2.715699997 -5.222499994

Нужна ваша помощь, а то совсем беда.

[amge]

Есть программа symmetry, которая определяет группу симметрии и выдает симметрично уникальные координаты, как раз в формате гамесс.

[iAlex]

Попробовал её, пишет:

Molecule has the following symmetry elements: (i) 3*(C4) 4*(C3) 9*(C2) 4*(S6) 3*(S4) 9*(sigma)
It seems to be the Oh point group

Ну это и так понятно, что Oh (при применении симметрии должно получиться 75 атомов) другая симметрия мне не интересна, дальше программа приводит Reoriented coordinates of atoms и Symmetrized coordinates of all atoms от которых толку 0.

Затем программа определяет, что есть D2h и выдает Coordinates of abelian symmetry unique atoms (16 уникальных координат), но другие группы D4h, Td, T она не определила, не говоря о том, что даже не выдала Coordinates of abelian symmetry unique atoms для Oh которая мне и нужна.

P.S. Вообще с координатами у меня все должно быть нормально, просто один атом переходит сам в себя с точностью в 100%, может это баг FireFly?

[iAlex]

Добавлено
---------------------------
В общем решил не разбираться в багах программистов и заменил Oh на Th (всё заработало), затем в ручную определю и заменю симметрию орбиталей с Ag на A1g/A2g, Tg на T1g/T2g и т.д., тем более, что мне в данной модели нужен только анион и катионы Cs, а остальное окружение это чисто для баланса.

Тема закрыта.

[amge]

Затем программа определяет, что есть D2h и выдает Coordinates of abelian symmetry unique atoms (16 уникальных координат), но другие группы D4h, Td, T она не определила, не говоря о том, что даже не выдала Coordinates of abelian symmetry unique atoms для Oh которая мне и нужна.

Программа не выдала Coordinates of abelian symmetry unique atoms для Oh по тривиальной причине: группа Oh - не абелева. Также как и ее подгруппы D4h, Td, T. Максимальная абелева подгруппа - D2h, для нее и напечатаны уникальные координаты. Чтобы получить уникальные координаты для Oh, нужно было читать help и запускать программу с опцией -na. Причина, по которой предпочтение отдается абелевым группам - их особое положение в квантово-химических расчетах. Тот же гамесс в некоторых местах способен использовать только абелевы группы.

[iAlex]

Проверил с опцией -na пашет, только вот программа мне все экспериментальные длины связей в 4м знаке изменила, но зато избавилась от проблемы "атом сам в себе".
Спасибо.

[amge]

только вот программа мне все экспериментальные длины связей в 4м знаке изменила

Это да, действительно есть у нее такая неприятная "фича", особенно сильно мешающая при существенном загрублении параметров определения симметрии. Автор программы об этом знает, но, говорит, что просто этот недостаток не устранить.

[Droog_Andrey]

Он устраняется оптимизацией геометрии в рамках новой симметрии максимально близко к исходной.