Имею частицу В(ОН)4(-) с хорошо оптимизированными геометрическими параметрами (hessian).
Добавляю фрагменты - 4 молекулы воды в рамках модели EFP.
Провожу отжиг с помощью молекулярной динамики (аттач).
Наблюдаю движение фрагментов - это мне понятно: происходит релаксация наиболее напряжённых областей.
Но при этом одновременно происходит движение атомов названной выше частицы
- это мне непонятно.Так и должно быть?
Тогда это добавляет мне головной боли при последующей оптимизации всей системы, обусловленной ППЭ вида гладильной доски, сохранение величины maxGR на порядок большей RMS при нескольких сотнях шагов оптимизации и т.п.
Рассматриваемая система - модельная, мои последующие реальные системы - нанокапли воды из нескольких сот фрагментов и частица из 40-50 атомов
...