Well-Tempered metadynamics: как подбирать BIASFACTOR?
Well-Tempered metadynamics: как подбирать BIASFACTOR?
Прошу помощи знатоков метадинамики. Есть такой метод - Well-Tempered metadynamics, от просто метадинамики он отличается тем, что высота гауссовой функции там убывает тем больше, чем больше в данной точке конфигурационного подпространства потенциал смещения, так что при добавленни очередной гауссианы ее высота равна Wexp(-V(s)/kBΔT), где V(s) - величина потенциала смещения в точке конфигурационного подпространства в точке s, W - высота гауссианы при V(s)=0, kBΔT - характеристическая энергия. В популярной программе PLUMED последняя определяется через т.н. BIASFACTOR=(T+ΔT)/T, где Т есть температура, при которой проводится моделирование. Так вот, мне не удалось найти явного правила, описывающего подбор ΔT. А как это правильно делается? Она явно зависит от высоты барьера свободной энергии, через который я хочу перескочить. Пока я додумался до того, чтобы определять порог отсечки ε=Wexp(ΔF/kBΔT), так что ΔT=-ΔF/(kBln ε), где ΔF есть величина барьера, который я хочу преодолеть (с неким запасом, естественно). В приложении статья про тот самый PLUMED.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 6 гостей