Здравствуйте.
Столкнулся с интересной ситуацией: оптимизированная пара азотистых оснований (точнее, переходное состояние таутомеризации с изменением геометрии) имеет идеально планарную структуру. Все торсионные углы по нулям. При этом в структуре имеются невзаимодействующие аминогруппа в аденине и карбонильная группа в формилцитозине, которые никогда в предыдущих структурах не были полностью планарными. Стоит отметить, что, скажем, в одном из минимумов этой реакции структура сильно планарная, но все равно все торсионные углы ненулевые (0.001-0.06).
Переходное состояние я искал методом TS. Силовые константы считались на первой итерации, но оптимизацию я один раз перезапускал с шага, когда она наткнулась на вторую мнимую частоту. В итоге на предпоследнем шаге перед сходимостью были еще раз посчитаны силовые константы. Может ли это быть причиной эффекта с идеальной планарностью? На этом базисе (b3lyp/6-311++g(d,p)) я никогда не считал переходное состояние с calcall (сил.константы на каждом шаге) - очень уж долго. Возможно, если все таки так делать - то подобные переходные состояния всегда будут полностью планарными?
Ну и вопрос в следующем: является ли такая планарность артефактом или все же это действительно правильная структура этого переходного состояния?
Вкладываю логи оптимизированных переходного состояния (+ начальную геометрию для последних двух шагов оптимизации) и двух минимумов этой реакции.
Идеальная планарность в Гауссиане
Идеальная планарность в Гауссиане
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Идеальная планарность в Гауссиане
По моему, второй минимум и ПС планарны. Почему ПС "более планарно" - просто при оптимизации геометрии были достигнуты более маленькие градиенты. Ужесточите критерии поиска второго минимума - и наверняка получите более плоскую структуру.
Re: Идеальная планарность в Гауссиане
Спасибо.
Меня просто смутило что все торсионные углы нулевые, но, в принципе, понятно, что такое может быть. Что касается критериев поиска - то, если имеются ввиду критерии сходимости, то они одинаковы (стандартные) в обеих названных структурах.
Меня просто смутило что все торсионные углы нулевые, но, в принципе, понятно, что такое может быть. Что касается критериев поиска - то, если имеются ввиду критерии сходимости, то они одинаковы (стандартные) в обеих названных структурах.
Re: Идеальная планарность в Гауссиане
Если померить точнее, то будут не нулевые.anasanity писал(а): все торсионные углы нулевые
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 11 гостей