Комплекс с Hg

[AlexKsen]

Добрый вечер, уважаемые форумчане. Хотел оптимизировать биядерный комплекс с Hg. В гамессе, для начала просто посмотреть HF/3-21**. Расчет не пошел:( Подумал разделить комплекс на две части, и аналогичное сделал с одной частью, но расчет тоже слетел. Не могу понять почему. Хотя аналогичные структуры с Zn, Cu, Ni, Co хорошо оптимизировались и сходились (B3LYP/6-31G**). Помогите разобраться, пожалуйста!

[Shorku]

Эм, я, конечно, не специалист по гамессу, но Вы уверены, что для ртути есть вшитые экспоненты?
Обычно для тяжелых элементов зашитых в программу базисных наборов мало или вообще нет.
ЗЫ что, собственно, в логе и написано)

[Гесс]

ILLEGAL EXTENDED BASIS FUNCTION REQUESTED.

[AlexKsen]

Shorku, Гесс спасибо!
Извините за наглость, я просто первый раз с этим сталкиваюсь, можно пример, как именно добавить базис для ртути прямо в инпуте.
https://bse.pnl.gov/bse/portal здесь 3-21G для ртути нет!

[Гесс]

Я никогда не работал в гамессе, но ставлю евро против рубля что у него есть опция добавки базиса к конкретным атомам и что эта опция прописана в мануале.

http://lmgtfy.com/?q=external+basis+set+games
В первых трех ссылках должен быть ответ. Меня формат инпута гамесса пугает поэтому я не вчитывался.

Из самых мелких базисов я думаю Def2-SVP, правда если можно я бы брал больше.

[Olion]

Проще всего записать базисный набор, не являющийся встроенным, во внешний файл, как предлагает разработчик программы в варианте 2:
http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/ ... orial.html

Базиса 3-21G для ртути, видимо, не существует, да и вообще полноэлектронный базис в этом случае мало осмыслен. Из той же библиотеки возьмите псевдопотенциальный базис, я бы для начала ориентировался на Stuttgart RLC ECP с перспективой расширения остова к RSC. Только сопрягать его с 3-21G на прочих атомах я бы не стал, его качество - дважды валентно расщепленный с поляризацией, около 6-31G**.

[AlexKsen]

Решил не создавать новую тему! Уважаемые форумчане, как я уже говорил, я не когда не добавлял базисы из базы, а пользовался встроенными, потому что хватало. Теперь столкнулся с необходимостью добавления сторонних базисов. Это не комплексы с Hg, просто решил попробовать на системах по меньше. В Штутгардской базе взял для всех нужных атомов базис Def2-SVP, как я понимаю он близок к 6-31G*. Но расчет прервался. Прошу Вас, посмотреть опытным глазом:) и указать на ошибки. Спасибо!

[Гесс]

Судя по аутпуту у него градиент вышел за дозволенные рамки. Причем даже не на первом шаге, а на четвертом.
То есть незная гамесса и не глядя в инпут я предполагаю что инпут создан без нарушений, а вот в чем причина такого поведения градиента и как его лечить я сказать затрудняюсь. Смеха ради можно попробовать сделать -- MAXIMUM ALLOWED FORCE (FMAXT) не 10.000 а больше, скажем 20 или 50 или 100. Может оно вдруг и сойдется.

[AlexKsen]

Спасибо!
Гесс, а если я например, сначала Хартри-Фоком в этом базисе (не знаю можно ли), а потом DFT или сделаю SP, чтобы получить первичное приближение для орбиталей и потом уже с ними, может и градиент сойдется.
Ладно пока попробую ХФ, посмотрю, что получится:)

[VTur]

Не используйте DFT для тяжелых металлов

[endlesslake]

AlexKsen вы забыли команду для чтения ECP добавить. Собственно, то что он не считался видно по аномальному укорочению C-I.

[AlexKsen]

endlesslake, а я и не хотел использовать псевдопотенциал, просто побоялся убрать из файла. А если добавлять ЕСР, как понять какой тип у меня и как добавить команду: $CONTRL ECP=??? $END

[endlesslake]

$CONTRL PP=READ $END

ECP надо брать там же где и базис.
У вас вроде правильный, только проверьте что бы он относился именно к йоду по порядковому номеру.

Нельзя таким образом не использовать псевдопотенциал. У вас же нет остовных функций для йода в базисе.

[AlexKsen]

endlesslake, спасибо, понятно. По порядковому номеру? Т.е. по этой строчке I-ECP GEN 28 3 ? А йод 22.

[endlesslake]

да, если йод 22ой, то описание его ECP должно идти 22 по счету. Гамесс никак не проверяет правильно ли это сделано и если ошибиться будут примерно такие же проблемы.

[AlexKsen]

endlesslake, а что такое 3? Т.е. строчка I-ECP GEN 28 3 , должна быть прямо в координатах под йодом, а нужно строчку пропускать перед тем, как вставлять и после нужно $END или строчку пропустить, или ничего не нужно? А нельзя 28 поменять на номер необходимого атома? А еще там есть строчки, типа С NONE их куда, туда, где псевдопотенциал описывается, или после всех координат и $END.
Спасибо, что отвечаете на все мои дилетантские вопросы!

[ Post made via Windows Smartphone ]

[AlexKsen]

Всем спасибо огромное! Все посчиталось:) А скажите пожалуйста, а где можно посмотреть какой тип псевдопотенциала используется в базисах?