Gaussian

[химик631]

Всем здравствуйте, у меня появился вопрос в отношении этой программы. скажите пожалуйста где вы берёте исходные данные или их каждый раз нужно самому писать?

[amge]

Когда-то давно делали так: сооружали молекулу из проволочек, клали ее на лист миллиметровки, светили сверху настольной лампой и отмечали положения атомов. И так в трех проекциях. Получали xyz-координаты. Потом появились z-матрицы. Жить стало проще. Сейчас можно нарисовать молекулу в двумерном виде в какой-нибудь программе (например, MarvinSketch), тут же добавить водороды, превратить нарисованную молекулу в трехмерную структуру и сохранить в формате gjf. Делов на пару минут. Можете воспользоваться опытом первопроходцев , но я рекомендую последний способ.

[surius]

Когда-то давно делали так: сооружали молекулу из проволочек, клали ее на лист миллиметровки, светили сверху настольной лампой и отмечали положения атомов. И так в трех проекциях. Получали xyz-координаты. Потом появились z-матрицы.

простите amge, а когда так делали? видимо еще на заре КХ? Ну то есть трудно представить чтобы данный способ можно было использовать массово. Может быть только в случае сильно мудреных молекул (сильно не плоских). а еще, как мне кажется уже в ранних 80-х были z-матрицы.

[sanya1024]

Если серьезно, то когда я начинала работать, никаких визуализаторов не было (ну, почти). Действительно, приходилось строить молекулы "от руки". Рисуем на координатной плоскости, скажем, бензол. Помещаем его в начало координат, ось X параллельна связи, ось Y перпендикулярна. Типичная длина связи C-C 1.4 А, C-H 1.0 А. И руками задаем координаты. Если включить максимальную симметрию, то задать надо только 2 атома. Ничего интересного так не задашь. А то, что задавали -- старались задать как можно точнее, поскольку соптимизировать геометрию было нереально.

Я, правда, свой первый квантовохимический расчет (тот самый бензол с симметрией) умудрилась задать так, что водород оказался внутри, а углерод -- снаружи. Доооолго микрошеф не мог понять, отчего у бензола энергия какая-то не такая получилась и ССП сходилось как-то плохо.

Правда, параллельно существовали программы для мол. механики с визуальным интерфейсом. Но они работали со своим внутренним форматом (текстовым, но настолько уродским, что немногим лучше бинарного) и далеко не всегда позволяли экспортировать структуры в какие-то более-менее человеческие форматы.
Поэтому в полуэмпирике, где имели дело с молекулами сильно нетривиальной структуры, так активно пользовались Z-матрицами: зная типичные длины связей и углы, можно вполне пристойно построить молекулу и без визуализатора. Кстати, один из форматов Z-матриц так и называется Mopac Z-matrix.

[kvoncstu]

Подскажите, пожалуйста, где можно скачать MarvinSketch.

[Гесс]

Как бы и вопрос не по теме и по первой ссылке гугла: http://www.chemaxon.com/products/marvin/marvinsketch/

[amge]

простите amge, а когда так делали? видимо еще на заре КХ? Ну то есть трудно представить чтобы данный способ можно было использовать массово. Может быть только в случае сильно мудреных молекул (сильно не плоских). а еще, как мне кажется уже в ранних 80-х были z-матрицы.

Это было еще раньше, на заре даже не КХ, а ММ . О массовости тогда речь не шла - во всем Союзе расчетами занимались считанное число людей. А с молекулами Вы угадали - мне про такой способ рассказывал человек, пытавшийся в то время считать терпены.

А вообще, прошу прощения, мой несколько странный ответ (типа, пытался пошутить ) был вызван странным вопросом.

[химик631]

Спасибо, подсказали