Квантово-химические расчеты в GAMESS
-
NadezhdaKulikova
- Сообщения: 9
- Зарегистрирован: Вт янв 05, 2010 5:27 pm
Re: Квантово-химические расчеты в GAMESS
Сейчас попробую прикрепить.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Квантово-химические расчеты в GAMESS
Слишком много всего не нравится программе.
(1) Рекомендую задавать молекулу в декартовых координатах и автоматически генерировать внутренние (DLC):
$CONTRL NZVAR=<любое ненулевое число> $END
$ZMAT DLC=.TRUE. AUTO=.TRUE. $END
Возможно, это избавит Вас от первой ошибки (YOUR B MATRIX HAS A SMALL DETERMINANT), а также здорово облегчит Вам оптимизацию геометрии.
Еще очень рекомендую опцию
$SCF DIRSCF=.TRUE. $END
Это тоже существенно облегчит Вам жизнь и спасет от преждевременной смерти Ваш жесткий диск.
(2) Вы зачем-то задали нестандартный радиус молекулы растворителя -- вместо зашитого в программу DMSO со след. параметрами:
EPS= 46.700; EPSINF= 2.179; RSOLV= 2.455 A; VMOL= 70.940 ML/MOL;
TCE= .98200E-01 1/K; STEN= 42.860 DYN/CM; DSTEN= 0.0000; CMF= 0.0000
Вы задали RSOLV=2.3. Возможно, это вызвало вторую ошибку (TOO MANY SPHERES, -MXSP- MUST BE LARGER). Если это не спасет, попробуйте поиграть с параметром MXSP в группе $PCM.
Вся молекула в целом выглядит несколько странной. Вы уверены в том, что делаете?
(1) Рекомендую задавать молекулу в декартовых координатах и автоматически генерировать внутренние (DLC):
$CONTRL NZVAR=<любое ненулевое число> $END
$ZMAT DLC=.TRUE. AUTO=.TRUE. $END
Возможно, это избавит Вас от первой ошибки (YOUR B MATRIX HAS A SMALL DETERMINANT), а также здорово облегчит Вам оптимизацию геометрии.
Еще очень рекомендую опцию
$SCF DIRSCF=.TRUE. $END
Это тоже существенно облегчит Вам жизнь и спасет от преждевременной смерти Ваш жесткий диск.
(2) Вы зачем-то задали нестандартный радиус молекулы растворителя -- вместо зашитого в программу DMSO со след. параметрами:
EPS= 46.700; EPSINF= 2.179; RSOLV= 2.455 A; VMOL= 70.940 ML/MOL;
TCE= .98200E-01 1/K; STEN= 42.860 DYN/CM; DSTEN= 0.0000; CMF= 0.0000
Вы задали RSOLV=2.3. Возможно, это вызвало вторую ошибку (TOO MANY SPHERES, -MXSP- MUST BE LARGER). Если это не спасет, попробуйте поиграть с параметром MXSP в группе $PCM.
Вся молекула в целом выглядит несколько странной. Вы уверены в том, что делаете?
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)
Re: Квантово-химические расчеты в GAMESS
Добрый день уважаемые форумчане!
Интересует следующее : с помощью какой команды либо как можно посмотреть зашитые в GAMESS растворители а также их параметры?
P.S. прошу простить за столь дилетантский вопрос и всё же ...
Заранее Вам очень благодарен и признателен!
Интересует следующее : с помощью какой команды либо как можно посмотреть зашитые в GAMESS растворители а также их параметры?
P.S. прошу простить за столь дилетантский вопрос и всё же ...
Заранее Вам очень благодарен и признателен!
-
NadezhdaKulikova
- Сообщения: 9
- Зарегистрирован: Вт янв 05, 2010 5:27 pm
Re: Квантово-химические расчеты в GAMESS
Прежде всего спасибо за развернутый ответ! Насчет всего из пункта (1) - попробую разобраться. О результатах напишу чуть позже. Насчет (2) - нестандартного радиуса - это мое "творчество". Когда на предыдущей серии моих кислот программа стала выдавать TOO MANY SPHERES, -MXSP- MUST BE LARGER. - я не нашла ничего лучшего, как поиграться с радиусом, так он и остался. Особенно же меня заинтересовало последнее Ваше наблюдение. Что именно Вам кажется странным? Сама молекула, или то, как выглядит ее геометрия в моем исполнении?
Re: Квантово-химические расчеты в GAMESS
Вы молекулу оптимизировали? Или нарисовали и ладно ... Кстати, базисный набор - 6-31G, нужно минимум - 6-31G(d), желательно 6-31G(d,p) (или иной соответствующий). RHF - это недостаточно. Имеет смысл начать с B3LYP.
-
NadezhdaKulikova
- Сообщения: 9
- Зарегистрирован: Вт янв 05, 2010 5:27 pm
Re: Квантово-химические расчеты в GAMESS
Обижаете! Конечно, оптимизировала! Да, я использую убогий базис, но мне в данной задаче главное - не найти абсолютную истину, а посмотреть общую тенденцию, а уж потом сделать вывод - надо ли искать абсолютную истину...
-
NadezhdaKulikova
- Сообщения: 9
- Зарегистрирован: Вт янв 05, 2010 5:27 pm
Re: Квантово-химические расчеты в GAMESS
О растворителях в мануале "Solvation models". Там где описывается задание простой модели влияния р-ля как среды - PCM - найдете список после SOLVNT=. Выбрав любой из них и вписав в инпут, на выходе найдете его базовые характеристики.
Re: Квантово-химические расчеты в GAMESS
Ребята помогите составить входной файл С2H6. Я в этом деле новичок - никак не могу разобраться!
Re: Квантово-химические расчеты в GAMESS
Для какого расчета файл составить? И вы в Гамессе собираетесь считать?annafizik писал(а):Ребята помогите составить входной файл С2H6. Я в этом деле новичок - никак не могу разобраться!
В аттаче мой вариант файла для Firefly, для Гамесса почти всё тоже самое, только NZVAR и d5 нужно убрать
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 27 гостей