Квантово-химические расчеты в GAMESS

вопросы строения молекул и квантовой химии
NadezhdaKulikova
Сообщения: 9
Зарегистрирован: Вт янв 05, 2010 5:27 pm

Re: Квантово-химические расчеты в GAMESS

Сообщение NadezhdaKulikova » Ср мар 14, 2012 9:23 pm

Сейчас попробую прикрепить.
input-output.rar
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Квантово-химические расчеты в GAMESS

Сообщение sanya1024 » Чт мар 15, 2012 12:20 am

Слишком много всего не нравится программе.
(1) Рекомендую задавать молекулу в декартовых координатах и автоматически генерировать внутренние (DLC):
$CONTRL NZVAR=<любое ненулевое число> $END
$ZMAT DLC=.TRUE. AUTO=.TRUE. $END
Возможно, это избавит Вас от первой ошибки (YOUR B MATRIX HAS A SMALL DETERMINANT), а также здорово облегчит Вам оптимизацию геометрии.

Еще очень рекомендую опцию
$SCF DIRSCF=.TRUE. $END
Это тоже существенно облегчит Вам жизнь и спасет от преждевременной смерти Ваш жесткий диск.

(2) Вы зачем-то задали нестандартный радиус молекулы растворителя -- вместо зашитого в программу DMSO со след. параметрами:
EPS= 46.700; EPSINF= 2.179; RSOLV= 2.455 A; VMOL= 70.940 ML/MOL;
TCE= .98200E-01 1/K; STEN= 42.860 DYN/CM; DSTEN= 0.0000; CMF= 0.0000
Вы задали RSOLV=2.3. Возможно, это вызвало вторую ошибку (TOO MANY SPHERES, -MXSP- MUST BE LARGER). Если это не спасет, попробуйте поиграть с параметром MXSP в группе $PCM.

Вся молекула в целом выглядит несколько странной. Вы уверены в том, что делаете?
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

LKalvin
Сообщения: 393
Зарегистрирован: Ср ноя 17, 2010 10:01 pm

Re: Квантово-химические расчеты в GAMESS

Сообщение LKalvin » Чт мар 15, 2012 8:51 am

Добрый день уважаемые форумчане!

Интересует следующее : с помощью какой команды либо как можно посмотреть зашитые в GAMESS растворители а также их параметры?

P.S. прошу простить за столь дилетантский вопрос и всё же ...

Заранее Вам очень благодарен и признателен!

NadezhdaKulikova
Сообщения: 9
Зарегистрирован: Вт янв 05, 2010 5:27 pm

Re: Квантово-химические расчеты в GAMESS

Сообщение NadezhdaKulikova » Чт мар 15, 2012 12:06 pm

Прежде всего спасибо за развернутый ответ! Насчет всего из пункта (1) - попробую разобраться. О результатах напишу чуть позже. Насчет (2) - нестандартного радиуса - это мое "творчество". Когда на предыдущей серии моих кислот программа стала выдавать TOO MANY SPHERES, -MXSP- MUST BE LARGER. - я не нашла ничего лучшего, как поиграться с радиусом, так он и остался. Особенно же меня заинтересовало последнее Ваше наблюдение. Что именно Вам кажется странным? Сама молекула, или то, как выглядит ее геометрия в моем исполнении?

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: Квантово-химические расчеты в GAMESS

Сообщение o-oxhem » Чт мар 15, 2012 12:16 pm

Вы молекулу оптимизировали? Или нарисовали и ладно ... Кстати, базисный набор - 6-31G, нужно минимум - 6-31G(d), желательно 6-31G(d,p) (или иной соответствующий). RHF - это недостаточно. Имеет смысл начать с B3LYP.

NadezhdaKulikova
Сообщения: 9
Зарегистрирован: Вт янв 05, 2010 5:27 pm

Re: Квантово-химические расчеты в GAMESS

Сообщение NadezhdaKulikova » Чт мар 15, 2012 12:32 pm

Обижаете! Конечно, оптимизировала! Да, я использую убогий базис, но мне в данной задаче главное - не найти абсолютную истину, а посмотреть общую тенденцию, а уж потом сделать вывод - надо ли искать абсолютную истину...

NadezhdaKulikova
Сообщения: 9
Зарегистрирован: Вт янв 05, 2010 5:27 pm

Re: Квантово-химические расчеты в GAMESS

Сообщение NadezhdaKulikova » Чт мар 15, 2012 12:39 pm

О растворителях в мануале "Solvation models". Там где описывается задание простой модели влияния р-ля как среды - PCM - найдете список после SOLVNT=. Выбрав любой из них и вписав в инпут, на выходе найдете его базовые характеристики.

annafizik
Сообщения: 1
Зарегистрирован: Вс мар 23, 2014 10:57 am

Re: Квантово-химические расчеты в GAMESS

Сообщение annafizik » Вс мар 23, 2014 11:01 am

Ребята помогите составить входной файл С2H6. Я в этом деле новичок - никак не могу разобраться!

Fanfate
Сообщения: 106
Зарегистрирован: Вс мар 17, 2013 1:38 pm

Re: Квантово-химические расчеты в GAMESS

Сообщение Fanfate » Вс мар 30, 2014 2:51 pm

annafizik писал(а):Ребята помогите составить входной файл С2H6. Я в этом деле новичок - никак не могу разобраться!
Для какого расчета файл составить? И вы в Гамессе собираетесь считать?

В аттаче мой вариант файла для Firefly, для Гамесса почти всё тоже самое, только NZVAR и d5 нужно убрать
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 27 гостей