Все положить равным нулюXIlyaX писал(а):Кроме того, расчет энергии сольватации в рамках pcm модели для перечисленный растворителей дает результаты, отличающиеся между собой на 0,1-0,2 кДж, хотя экспериментальное значение изменения энергии сольватации (метод межфазного распределения)- порядка 3кДж.
Учет растворителя в гауссиане
Re: Учет растворителя в гауссиане
После отстоя требуйте долива
Re: Учет растворителя в гауссиане
По моему, этилендиамин в метаноле, ДМСО и ацетонитриле - это не те системы, где можно обойтись без специфической сольватации. Т.е. погружать в континуум PCM не голый этилендиамин, а комплексы его с хотя бы двумя молекулами растворителя. Соответственно, использовать методы/базисы, хорошо воспроизводящие энергию водородных связей.
Re: Учет растворителя в гауссиане
А для этого наверное надо знать конформации расположения молекул метанола вокруг ЭДА. То есть сначала МД... Впрочем я в МД не силен.amge писал(а):По моему, этилендиамин в метаноле, ДМСО и ацетонитриле - это не те системы, где можно обойтись без специфической сольватации. Т.е. погружать в континуум PCM не голый этилендиамин, а комплексы его с хотя бы двумя молекулами растворителя. Соответственно, использовать методы/базисы, хорошо воспроизводящие энергию водородных связей.
Re: Учет растворителя в гауссиане
Оптимальные конформации - это да, проблема. И я тоже в МД, мягко говоря, не силен. Поэтому в подобных случаях следую такому алгоритму:Гесс писал(а):А для этого наверное надо знать конформации расположения молекул метанола вокруг ЭДА. То есть сначала МД... Впрочем я в МД не силен.
1. Нагенерить сотню-другую начальных приближений со случайным взаиморасположением молекул. Для этого есть специальная программа, реализующая метод coalescense kick.
2. Прооптимизировать их все DFT Природой или даже полуэмпирикой типа PM3/PM7 или еще чем быстрым, но достаточно адекватным..
3. Оптимизированные комплексы рассортировать по энергии и удалить дубли. Для этого у меня тоже есть специальная программа.
4. С наиболее стабильными комплексами работать дальше...
Re: Учет растворителя в гауссиане
Помним, видели, любим, благодарны.amge писал(а):1. Нагенерить сотню-другую начальных приближений со случайным взаиморасположением молекул. Для этого есть специальная программа, реализующая метод coalescense kick.
Оно безоговорочно работает. А вращение вокруг связей оно учитывает? Как вы помните я тестил на системе разрозненных атомов, где МД явно бы не сработало.
Это все безусловно никто не отменяет и для результатов полученных из МД.amge писал(а):2. Прооптимизировать их все DFT Природой или даже полуэмпирикой типа PM3/PM7 или еще чем быстрым, но достаточно адекватным..
3. Оптимизированные комплексы рассортировать по энергии и удалить дубли. Для этого у меня тоже есть специальная программа.
4. С наиболее стабильными комплексами работать дальше...
Re: Учет растворителя в гауссиане
В той программе есть возможность вместо атома задать молекулу, но изменения ее геометрии не происходит. Молекула сначала поворачивается как целое на случайный угол по каждой из трех осей, а затем летит к центру, пока не упрется в другой фрагмент (определяется суммой ван-дер-ваальсовых радиусов, а не ковалентных, как в случае атомов).Гесс писал(а):А вращение вокруг связей оно учитывает? Как вы помните я тестил на системе разрозненных атомов, где МД явно бы не сработало.
Последний раз редактировалось amge Пн окт 20, 2014 1:53 pm, всего редактировалось 1 раз.
Re: Учет растворителя в гауссиане
То есть есмли задать все тот же этилендиман с диэдральным углом в 180 то оно не сможет дать конформации с 60 и водородными связями двух аминогрупп с молекулой воды?amge писал(а):В той программе есть возможность вместо атома задать молекулу, но изменения ее геометрии не происходит. Она сначала поворачивается как целое на случайный угол по каждой из трех осей, а затем летит к центру, пока не упрется в другой фрагмент. Молекула будет сближаться с другими фрагментами на сумму ван-дер-ваальсовых радиусов (а не ковалентных, как в случае атомов).Гесс писал(а):А вращение вокруг связей оно учитывает? Как вы помните я тестил на системе разрозненных атомов, где МД явно бы не сработало.
Re: Учет растворителя в гауссиане
Нет, каждую конформацию нужно отдельно просчитывать, либо надеяться на то, что она станет нужной в процессе последующей оптимизации. В принципе, вместо минимума молекулы можно брать ПС между ее конформерами. Тогда, наверное, можно надеяться на большее разнообразие.
Re: Учет растворителя в гауссиане
Может я что-то упускаю, но что за программа и как называется?amge писал(а):Оптимальные конформации - это да, проблема. И я тоже в МД, мягко говоря, не силен. Поэтому в подобных случаях следую такому алгоритму:
1. Нагенерить сотню-другую начальных приближений со случайным взаиморасположением молекул. Для этого есть специальная программа, реализующая метод coalescense kick.
Re: Учет растворителя в гауссиане
Это coalescense kick личного написания amge. На его сайте я программы счас невижу.XIlyaX писал(а):Может я что-то упускаю, но что за программа и как называется?amge писал(а):Оптимальные конформации - это да, проблема. И я тоже в МД, мягко говоря, не силен. Поэтому в подобных случаях следую такому алгоритму:
1. Нагенерить сотню-другую начальных приближений со случайным взаиморасположением молекул. Для этого есть специальная программа, реализующая метод coalescense kick.
Re: Учет растворителя в гауссиане
Нет, это не моя программа. Ее автор - Boris Averkiev, Sergeeva A.P., Averkiev B.B., Zhai H.-J., Boldyrev A.I., and Wang L.-S. J. Chem. Phys. 134, 224304 (2011)Гесс писал(а):Это coalescense kick личного написания amge.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 50 гостей