Природа

[amge]

При задавании сканирования по двугранному углу, будет смещаться толька четвертый атом или одновременно 1ый и 4ый?

Одновременно 1ый и 4ый, симметрично. При этом все остальные на первом шаге оптимизации остаются на своих прежних местах.

[amge]

у сканирования в автоматическом режиме есть какие либо преимущества перед серией самостоятельных констрейнутых оптимизаций?

Смысл сканирования - избежать резких изменений геометрии: начальным приближением каждой следующей точки является оптимизированная геометрия предыдущей. Сканирование можно воспроизвести вручную, если всякий раз дожидаться оптимизации очередной геометрии, чтобы подать ее (и, наверное, вектора тоже) на вход следующей точки. Если не дожидаться, а одновременно запустить серию расчетов одной и той же начальной структуры с фиксированным на разных значениях параметром, то могут быть (но не факт, что будут) различные неприятности. Например, при большом изменении параметра получится "дикая" структура, и SCF не сойдется, или сойдется, но оптимизация уведет куда-то не туда.

[VTur]

При сканировани вся геометрия едет. Но в больших или не очень жестких молекулах такие отклонения не велики. Но во многих молекулах наблюдается "взаимдействие волчков" ("взаимодействие движений"), там отклонения ядер от равновесного пложения велики. Т.е. вращаете одну группу и тут же вращаются соседние группы.
Автоматический скан намного удобнее свойе автоматичностью. Обычно, при небольших приращениях углах сканирования положения всех ядер изменяются незначительно и можно подгрузить предыдущую волновую функцию, как наилучшее приближение, а не проводить процедуру SCF с нуля - сходимость быстрее.

[ Post made via Android ] предыдущий ответ не увидел в планшете.

[VTur]

Безол - жеская молекула, его должно раскорячить

[ Post made via Android ]

[amge]

Безол - жеская молекула...

Не все с этим согласны

Код: Выделить всё

http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jz201327t

[VTur]

Сделайте скан сами и посмотрите, но в большом базисе. В малом его гнет хорошо.
Про бензол в малом базисе уже было обсуждение

[ Post made via Android ]

[Гесс]

Не деритесь. Бензол был взят для примера. Я его не считаю. Просто у меня как-то со сканами какой-то бардак пока. Уже лучше чем было, но все равно еще фигня.

[Гесс]

У мну вскочил другой вопрос: а если я хочу сделать сканирование, при этом изменяя два/более параметра так что они одинаковы. Ну скажем сканирование молекулы воды по длине связи ОН, причем обе связи одной и той же длины. Как это сделать? Сканировать по двум независмо меняющимся координатам я за**усь и нет в этом моей цели.

Пока методом тыка в мануал поставлено из серии

$optimize
fix =1,1,2,0,0, 1,1,3,0,0
val(1)=0.7, 0.7
val(6)=1.2, 1.2
points=6
$end

Посмотрим что вылупится.

[amge]

Я привык задавать так:
fix =1,1,2,0,0, 1,1,3,0,0
value=0.7,0.7, 1.2,1.2
points=6

[amge]

Не деритесь. Бензол был взят для примера.

Да мы и не деремся. Мне самому идея о нежесткости бензола и другой ароматики казалась странной еще с тех пор, как статьи наших украинских коллег на эту тему только начали появляться (чуть ли не в 90-х прошлого века).

Сделайте скан сами и посмотрите, но в большом базисе. В малом его гнет хорошо.
Про бензол в малом базисе уже было обсуждение

Воспользовался Вашим настоятельным советом и сделал скан. Самый плоский потенциал получился как раз в наиболее навороченном базисе. Но зависимость от базиса настолько минимальна, что можно говорить об ее отсутствии.

benzene_scan.png

Не ткнете носом, где было обсуждение про бензол в малом базисе?

[Гесс]

Я привык задавать так:
fix =1,1,2,0,0, 1,1,3,0,0
value=0.7,0.7, 1.2,1.2
points=6

Моя попытка для моей системы дала какую-то нездоровую крякозябру причем со старта, неимеющую ничего общего с xyz координатами кроме числа и типа атомов. Потестю сегодня вашу односторчную версию. Спасибо.

[Лечащий Врач]

Мне самому идея о нежесткости бензола и другой ароматики казалась странной еще с тех пор, как статьи наших украинских коллег на эту тему только начали появляться (чуть ли не в 90-х прошлого века).

Не вам одному, но идет-то это все из эксперимента. В кристалле действительно идеально плоский бензол со всеми торсионными в 0 - совершенно не правило. При этом сумма отклонений торсионников от нуля для замещенных бензолов лежит в пределах плюс-минус 3°, но распределение не имеет острого максимума (это я сейчас проверил по КБСД, возможно, неидеально).

Просто до Шишкина считалось, что это ошибки эксперимента (в том числе и куда более заметные выходы заместителей из плоскости кольца), а он положил жизнь на доказательство того, что это все суеверия, а ароматика и двойные связи на самом деле гнутся. И вот уже, глядишь, Phys Chem Lett, а было время, когда его со скрипом публиковали в ЖСХ...

Причем вбивается концепция "sp2-атом - плоский!" намертво. Я вот знаю его работы, слышал на разных конференциях, а все равно впал в транс, когда в первый раз увидел скрутившуюся на 5° двойную связь в гидрофумарат-анионе в собственной структуре.

[VTur]

Были еще статьи про МР2 расчеты в разных базисах, где-то он гнулся, где-то не гнулся. Где-то орбиталь охватывала все кольцо, где-то часть.

[Yu/2]

Вот: http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja0630285

Но там проблема в том, что базисы очень плохие.

[Гесс]

Вот: http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja0630285

Но там проблема в том, что базисы очень плохие.

6-311++G(d,p) - плохой базис??? Он возможно артефактит на конкретной задаче. А возможно MP2. А возможно не артефактит.

[Гесс]

Я привык задавать так:
fix =1,1,2,0,0, 1,1,3,0,0
value=0.7,0.7, 1.2,1.2
points=6

Че то у меня ручки из жопки. Попробовал в этом манере уравнять в своей системе 3 диэдральника - опять на старт выходит ежик не имеющий ничего общего с инпутовской геометрией.

[Yu/2]

6-311++G(d,p) - плохой базис??? Он возможно артефактит на конкретной задаче. А возможно MP2. А возможно не артефактит.

Да, это "плохой" базис. А MP2 -- очень удачное приближение. Это "хороший" метод. :)

[amge]

Попробовал в этом манере уравнять в своей системе 3 диэдральника - опять на старт выходит ежик не имеющий ничего общего с инпутовской геометрией.

Имейте в виду, что в Природе диэдральные углы имеют противоположный знак по сравнению с принятым по конвенции и вычисляемым другими программами. Такая вот фича. "Ежик" мог (и должен был) получиться из-за нее.

[Гесс]

6-311++G(d,p) - плохой базис??? Он возможно артефактит на конкретной задаче. А возможно MP2. А возможно не артефактит.

Да, это "плохой" базис. А MP2 -- очень удачное приближение. Это "хороший" метод.

У меня перед носом конкретный случай когда МП2 врет как бешеное (по сравнению с CCSD(T), в геометриях, частотах, энергиях), в то время как основанные на B3LYPe методы воспроизводят каплкластер очень и очень. Может конечно среднестатичтически МР2 и очень хороший метод, но "случаи разные бывают".

Имейте в виду, что в Природе диэдральные углы имеют противоположный знак по сравнению с принятым по конвенции и вычисляемым другими программами. Такая вот фича. "Ежик" мог (и должен был) получиться из-за нее.

Полечил, перепроверил, перезапустил, счас увижу....

П.С. Первая геометрия правильная. Если оно еще и пойдет куда надо - вообще цены ему не будет. Спасибо.

[Yu/2]

6-311++G(d,p) - плохой базис??? Он возможно артефактит на конкретной задаче. А возможно MP2. А возможно не артефактит.

Да, это "плохой" базис. А MP2 -- очень удачное приближение. Это "хороший" метод. :)

У меня перед носом конкретный случай когда МП2 врет как бешеное (по сравнению с CCSD(T), в геометриях, частотах, энергиях), в то время как основанные на B3LYPe методы воспроизводят каплкластер очень и очень. Может конечно среднестатичтически МР2 и очень хороший метод, но "случаи разные бывают".

Разумеется, MP2 пригоден не для всех электронных задач. И CC, кстати, тоже, что не делает эти методы плохими. Их сила в систематичности. А DFT в существенной степени эмпирическая в большинстве реализаций, с соответствующими проблемами. Собственно, это уже много раз обсуждалось и есть много статей с систематическими сравнениями разных приближений.