Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

[Vit Nhoc]

Я сейчас работаю над совмещением двух или трёх графических стилей. Приведите примеры случаев, когда такая возможность будет востребована, и какие в этом случае предполагаются стили. Мне это нужно, чтобы набор стилей по умолчанию был самодостаточным, и пользователю не требовалось после каждой инсталляции создавать собственные стили.
Для визуализации расчётов EFP, как мне видится, нужен стандартный стиль для среднего слоя и тонкие палочки для внешних слоёв.

[АлександрI]

[quoteДля визуализации расчётов EFP, как мне видится, нужен стандартный стиль для среднего слоя и тонкие палочки для внешних слоёв.][/quote]
Я не совсем понял, что это за средний слой в частности для задач EFP.
Есть квантовая молекула - это первый слой.
Вокруг неё - фрагменты - это второй слой. Сразу же оговариваемся: в зарубежных работах встречаются фрагменты EFP из самых различных частиц. Я не представляю, как палочками можно представить EFP молекулы из десятка атомов. Навскидку - это два виде сольвента.
Совместно с админами тупо перебирая варианты стилей с непонятными (для меня) названиями (кто-то из форумчан так и посоветовал: перебирать, мол) мне удалось само лучшее получить двухслойную картинку (прикрепляю) с помощью VMD.
Из-за недостатка опыта в публикации материалов с использованием EFP, я прошу более опытных в этом деле посоветовать мне и уважаемому разработчику, какие два стиля наиболее представительны, разумеется из базы Кемкрафта.

P.S. Я так понял, что "третий слой" ушёл в небытие, но всё таки идея интересна: откуда бы он смог появиться, я уже не говорю о возможности оптимизации геометрии таких кластеров...

[АлександрI]

О Боже, а где мои с таким трудом прикреплённые к предыдущему письму вложения (причём удалось только два)?

[Гесс]

Я читал пост сегодня утром - небыло никаких картинок.
Про три слоя на прошлой странице обьяснил amge, но я слабо представляю как можно чтото понять под двумя слоями.
Да, имхо внешний слой логичен в виде Lines (в терминологии VMD) а внутренний Bonds. Впрочем это имхо, мне такая штука требовалась всего пару раз за последние 5 лет. Каждому свое.

[АлександрI]

Я читал пост сегодня утром - не было никаких картинок.

Если что не так- извините.
Ещё раз хочу прикрепить три картинки ( *.jpg)
Нажимаю Вложения, Добавить файлы,..., Отправить

[Гесс]

и че пишет? неправильный размер?

[АлександрI]

Нет никаких сообщений, нормально отправляется, а когда я открываю своё сообщение в кемпорте - их нет...
Что я делаю не так?

[Vit Nhoc]

Я сейчас делаю совмещение разных графических стилей. Прикрепляю две картинки, которые иллюстрируют, как я сам это всё представляю. Насколько вы согласны, что эти картинки действительно иллюстрируют, что надо юзеру?
Первая картинка – визуализация EFP. Внешний слой рисуется палочками. Вас устроил бы такой стиль?
Вторая картинка – совмещение нескольких структур. Правильно ли я понимаю, что примерно это и требуется для structure combiner?
Как я уже сказал, мне надо чтобы в программе были готовые стили для большинства задач, и чтобы юзерам не приходилось бы после каждой инсталляции вручную создавать собственные стили.

pic.jpg

mergepic.jpg

[АлександрI]

ИМХО1: Желательно, чтобы фрагменты как можно меньше закрывали атомы и связи между ними. Классика в VMD : толстые палки-связи и птички-фрагменты. А что, если сделать фрагменты с регулируемой прозрачностью?
ИМХО2: Желательно, чтобы налагаемые структуры по-возможности больше различались, скажем, по стилям или как ещё (наихудший вариант: одна из структур остаётся просто выделенной, типа ghost)

[uchebnik fiziki]

На обеих картинках ничего не видно.
Мощь разных стилей и их настройка очень хороша видна в VMD-шном окне Graphical representations. Там три десятка стилей материала (разные варианты блестящих, прозрачных, матовых и металлических; разница хорошо видна только при рендеринге картинок, но не при отрисовке в окне) и возможность менять толщину связей, качество рендеринга и размер шаров на лету. И цветовые схемы не такие кислотные.

[Гесс]

Кстати возможно это мысль: добавить кнопку "Поиграть со стилями" c содержжимым аналогичным Graphical representations VMD.
Так чтоб в одном отдельном окне, наблюдая изменения сразу, можно было вариировать стили, толщины, яркость, прозрачность и прочую лабуду. Окно однако не должно быть перегружено и не занимать полэкрана, заслоняя саму картинку.

Кстати для отображения изоповерхностей - было бы приятно иметь позунок с плавным ходом и быстрой отрисовкой (аналогично Chimera или на худой конец VMD)

[АлександрI]

Не получается построить пользовательские вектора: даже на примере из программы. Выдаётся ошибка, что-то с плавающей точкой...

Вектора.PNG

[Гесс]

Только что проверил свой build 486 - строит нормально.

[Гесс]

Гауссиан по умолчанию при расчете частот считает APT заряды.
Кроме того можно заказать еще ряд зарядов (http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_population.htm) из которых например Hirshfeld пользуется некоей популярностью (https://en.wikipedia.org/wiki/Partial_charge).
В кемкрафте как я понимаю можно отобразить только Маликеновские, которые в кемкрафте идут под кнопкой "Total atomic charges".
Обсуждение (бес/о)смысленности QC зарядов (в случае его возникновения) будет выделено в отдельную тему.

[EvgeniX]

Самая последняя версия ChemCraft (и предыдущие) на некоторых молекулах при определении симметрии в режиме Auto выводит сообщение "Out of memory" и отказывается определять симметрию. Примеры молекул:

Код: Выделить всё

   6  -1.27599132  -0.71495908   3.78988624
   6  -1.28754306   0.70799094   3.82350969
   6  -0.04876578   1.46719348   3.82858396
   6   1.22060573   0.80382901   3.79035211
   6   1.23142624  -0.61792988   3.85751748
   6  -0.00743907  -1.37701261   3.86222219
   6  -2.26706052   1.45600045   3.09840417
   6  -3.28497529   0.79518098   2.31540728
   6  -3.33280277  -0.62300664   2.36446881
   6  -2.33597445  -1.37280679   3.09244657
   6   0.22358169  -2.59220958   3.16915846
   6  -0.80424923  -3.19642138   2.37461209
   6  -2.10276914  -2.59956574   2.39280105
   6   2.22128391  -1.38255739   3.16452122
   6   1.60789204  -2.59828663   2.72801661
   6  -0.26942024   2.66574860   3.10390043
   6  -1.64714324   2.66123605   2.64252877
   6  -3.70961642  -1.39452767   1.20851302
   6  -2.95321441  -2.61969399   1.22568071
   6   2.29078102   1.44532013   3.09326005
   6   2.06801867   2.65529490   2.36167431
   6   0.77001172   3.25135827   2.31052446
   6   0.39555606   3.92234302   1.11236012
   6  -0.98377186   3.92621732   0.65577829
   6  -2.00517678   3.24584603   1.39509356
   6  -3.07595468   2.64661646   0.66221029
   6  -3.71141148   1.43356383   1.12101495
   6  -4.08908510   0.66666466  -0.03773591
   6  -4.06059361  -0.76012766  -0.02080065
   6  -3.69183016  -1.42311895  -1.22961676
   6  -2.93544841  -2.64822125  -1.20698607
   6  -2.51969814  -3.23044038   0.01944558
   6  -1.24653053  -3.91209745   0.03674281
   6  -0.41242471  -3.89523530   1.19810653
   6   0.97341001  -3.90960288   0.76197463
   6   1.98403394  -3.21190882   1.50000739
   6   3.29800248   0.67883557   2.39771342
   6   3.25069523  -0.74012697   2.38125110
   6   3.69439721  -1.40625823   1.20850229
   6   3.06551480  -2.62985778   0.76902729
   6   1.27599013   0.71496105  -3.78988504
   6   1.28754461  -0.70799005  -3.82350898
   6   0.04876474  -1.46719468  -3.82858610
   6  -1.22060406  -0.80383140  -3.79034805
   6  -1.23142779   0.61792880  -3.85751820
   6   0.00743981   1.37701213  -3.86222053
   6   2.26705956  -1.45599639  -3.09840560
   6   3.28497934  -0.79517949  -2.31541204
   6   3.33280206   0.62300837  -2.36446881
   6   2.33597469   1.37280977  -3.09244680
   6  -0.22358230   2.59220862  -3.16915631
   6   0.80424988   3.19642353  -2.37460995
   6   2.10277033   2.59956861  -2.39280105
   6  -2.22128201   1.38255215  -3.16452122
   6  -1.60788894   2.59828424  -2.72801471
   6   0.26942080  -2.66574621  -3.10389709
   6   1.64714015  -2.66123366  -2.64252663
   6   3.70961928   1.39453101  -1.20851374
   6   2.95321465   2.61969471  -1.22567916
   6  -2.29078245  -1.44532323  -3.09326053
   6  -2.06802130  -2.65529799  -2.36167407
   6  -0.77001280  -3.25136137  -2.31052351
   6  -0.39555353  -3.92233968  -1.11235929
   6   0.98377353  -3.92622352  -0.65577918
   6   2.00517631  -3.24584270  -1.39509404
   6   3.07595587  -2.64661694  -0.66221273
   6   3.71141148  -1.43356144  -1.12101626
   6   4.08908606  -0.66666383   0.03773273
   6   4.06059265   0.76012886   0.02079996
   6   3.69182825   1.42311668   1.22961724
   6   2.93544412   2.64821863   1.20698619
   6   2.51969910   3.23044276  -0.01944369
   6   1.24653172   3.91210246  -0.03673871
   6   0.41242310   3.89523602  -1.19810629
   6  -0.97340804   3.90960050  -0.76197529
   6  -1.98403299   3.21190524  -1.50000858
   6  -3.29800606  -0.67883825  -2.39771628
   6  -3.25069427   0.74012369  -2.38125181
   6  -3.69439912   1.40625811  -1.20850432
   6  -3.06551647   2.62985849  -0.76903015

Код: Выделить всё

   6   3.16444921  -2.95786548  -3.47601628
   6   3.03469849  -1.82866120  -4.27691746
   6   4.07682610  -2.94743299  -2.35319424
   6   4.82391500  -1.80820179  -2.07500553
   6   3.81206584  -0.64325792  -3.98745465
   6   4.68890333  -0.63323152  -2.90836430
   6   1.72411025  -1.40989804  -4.69091415
   6   1.71028602   0.02774154  -4.70666552
   6   2.97848845   0.50289851  -4.22382689
   6   1.98465908  -3.67741895  -3.08265257
   6   3.45689511  -3.66058445  -1.27083647
   6   2.19066334  -4.15291214  -1.74149096
   6   4.95709801  -1.37292969  -0.71221524
   6   4.73924065   0.52303225  -2.05694461
   6   4.95660639   0.06486111  -0.71155375
   6   3.60135126  -3.27092767   0.07527268
   6   4.38567781  -2.07490849   0.36732778
   6   2.60595298  -3.71890140   1.01878214
   6   4.15657043  -1.35438871   1.59617674
   6   2.72080088  -3.25643015   2.38063312
   6   3.50511646  -2.06040144   2.67268085
   6   1.71411908  -3.63186955   3.29186773
   6   3.21432447  -1.34421504   3.85048580
   6   1.45765138  -2.90428019   4.50398874
   6   2.20473623  -1.76504385   4.78216887
   6   3.03478193   1.65981841  -3.42190695
   6   3.95532703   1.67034352  -2.28902841
   6   1.88739634   2.53456664  -3.41655087
   6   3.70730352   2.55537319  -1.17686284
   6   2.84448051   3.68900824  -1.40514004
   6   1.92393470   3.67848492  -2.53801727
   6   0.77993256   4.49819660  -2.47446060
   6   2.54068255   4.51832247  -0.30757472
   6   0.50790769   5.36117983  -1.35837030
   6   1.38474679   5.37120152  -0.27928108
   6   0.69312066  -3.30418110  -3.50375962
   6   0.55690145  -2.11869168  -4.34458494
   6  -0.43002084  -3.75361419  -2.71745849
   6  -1.74368823  -3.30746698  -3.11361241
   6  -1.87990761  -2.12197590  -3.95443463
   6  -0.69932473  -1.40991294  -4.37975550
   6  -2.83820844  -3.68391991  -2.31048226
   6  -4.08372402  -2.96763706  -2.31554031
   6  -4.21347618  -1.83843303  -3.11644125
   6  -3.09875870  -1.41640043  -3.91874456
   6  -2.61394382  -4.15939093  -0.97224486
   6  -1.32587647  -4.37777901  -0.47887829
   6  -0.21834831  -4.30135107  -1.39999163
   6   1.12159467  -4.37448692  -0.87073350
   6  -3.09432387   0.02126367  -3.93741941
   6  -0.71598232   0.02946696  -4.47167397
   6  -1.91482615   0.74773115  -4.11420584
   6   0.53264678   0.75103068  -4.50605869
   6   0.63283885   2.08628058  -3.96942019
   6  -0.58306175   2.77853680  -3.61830616
   6  -0.47994828   4.00791645  -2.96392298
   6   3.99577737   2.12473631   0.16919690
   6   3.39697599   2.82405090   1.27974176
   6   2.76638412   4.04503536   1.03119469
   6   1.36473131  -4.28325367   0.54823542
   6   0.23718359  -4.35990572   1.44471204
   6   0.45448658  -4.12430763   2.80393815
   6   4.23002434   0.08602411   1.61516726
   6   4.51266336   0.79653919   0.39197883
   6   3.22041774   0.09346559   3.83386040
   6   3.62829041   0.81112581   2.70743895
   6  -1.84598041   2.08293962  -3.57254934
   6   3.10007715   2.13951659   2.51431942
   6  -1.11408675  -4.28659010   0.94510901
   6   1.70767641   4.53206301   1.87332666
   6   0.86851102   5.37971449   1.07227170
   6   1.55348623  -0.58156639   5.30036068
   6   2.16345072   0.56547737   4.68665648
   6   1.42924464   1.71196938   4.32443476
   6   1.98951125   2.58369017   3.32048559
   6   1.19897139   3.71614695   2.90299225
   6  -0.59113550  -3.63497210   3.66095090
   6   0.02903195  -2.90620255   4.73271704
   6  -3.67122722  -3.67019176  -0.12958182
   6  -4.59996557  -2.95913124  -0.96398848
   6  -3.38922524  -3.28035450   1.19450700
   6  -2.14783478  -3.72530556   1.77989221
   6  -1.83297276  -3.26255918   3.10971761
   6  -0.92071021   5.35925865  -1.12964249
   6  -1.52532327   4.49509430  -2.10537982
   6  -4.14963388   0.49328959  -3.08257461
   6  -4.86472464  -0.65495580  -2.59824681
   6  -2.86639309   2.52816319  -2.65544701
   6  -2.62982845   3.67235374  -1.80894005
   6  -3.95579100   1.65039623  -2.30267835
   6  -0.50446153   5.37785864   1.29208910
   6  -1.41683960   5.36742830   0.16926822
   6  -1.04934669   4.52833605   2.31473589
   6  -2.31677008   4.03817368   1.84502912
   6  -2.52158642   4.51150417   0.50292140
   6  -0.59685183  -1.76881945   5.23072290
   6   0.18051504  -0.58341640   5.52018833
   6  -1.84795535  -1.35103726   4.66099167
   6  -1.86272418   0.08661877   4.64771986
   6  -0.59357250   0.56176168   5.12807274
   6  -5.36085939  -0.64678031  -1.29933834
   6  -5.22584915  -1.82175028  -0.46597892
   6  -5.14589977   0.50970548  -0.47427574
   6  -4.93115568   0.05153112   0.87153572
   6  -4.92804718  -1.38625681   0.87045527
   6  -0.24244726   3.71418238   3.13374472
   6  -0.01216532   1.71002269   4.55520964
   6  -2.49005294  -2.06848216   3.63254976
   6  -4.04630709  -2.08627844   1.71734023
   6  -3.15068746   3.68093228  -0.44528279
   6  -4.47665501   1.65897918  -0.93902278
   6  -3.89612913   2.54512739   0.04048609
   6  -3.44688201  -1.36463881   2.81353092
   6  -0.86014873   2.57984209   3.77672362
   6  -2.60373402   0.80271238   3.70520353
   6  -2.83502674   2.81563878   2.27750874
   6  -4.16679287   0.78483731   1.78160906
   6  -3.74878383   2.11429000   1.40913808
   6  -3.51452899   0.07558145   2.85511780
   6  -2.16569901   2.13238907   3.35736036

[amge]

По поводу первой структуры (фуллерен С80). Похоже, не простая задача определить ее симметрию. Пишут "there are seven possible configurations for C80 , which have the following point group symmetry: Ih, D3, D2, D5h, D5d and two C2v". Я попробовал два симметризатора: WxMacMolPlt и symmetry. В зависимости от толерантности первый выдал Ci и С3, второй - Ci, D3d и Ih (Ih - с сильным искажением структуры). Т.е. оба плохо сработали. EvgeniX, какая же симметрия д.б. у Вашей структуры на самом деле?

[EvgeniX]

какая же симметрия д.б. у Вашей структуры на самом деле?

Не знаю ) Пишут, в зависимости от используемого приближения разная симметрия получается. Вот и хотел посмотреть, что получится при старте оптимизации из разных точек.

[Vit Nhoc]

Самая последняя версия ChemCraft (и предыдущие) на некоторых молекулах при определении симметрии в режиме Auto выводит сообщение "Out of memory" и отказывается определять симметрию.

Мне трудновато исправить эту проблему, лучше вам задавать не Auto а конкретную симметрию, например Ih.

[Гесс]

Если мне не изменяет память то D5h типа того что "Product formation in the Prato reaction on Sc3N@D5h-C80: preference for [5,6]-bonds, and not pyracylenic bonds" Silvia Osuna, Antonio Rodriguez-Fortea, Josep M. Poblet, Miquel Sola and Marcel Swart - Chem. Commun., 2012,48, 2486–2488 (см сапплементари) это Ih из "Electronic Structure and Redox Properties of Metal Nitride Endohedral Fullerenes M3N@C2n(M = Sc, Y, La and Gd; 2n = 80, 84, 88, 92, 96)" Ramón Valencia, Antonio Rodríguez-Fortea, Anna Clotet, Coen de Graaf, Manuel N. Chaur, Luis Echegoyen and Josep M. Poblet
как минимум на "Do you feel happy" Гаусвьювера
Впрочем могу ошибаться.

[alxyppv]

Так, про фуллерен задача решается на самом деле очень просто (или очень сложно, как хотите). Это клетка с масимальной симметрией Ih. И это не D5h (это совсем разные группы симметрии). Специфика С80-Ih в том, что в нейтральном виде это молекула с открытой оболочкой. Грубо говоря, там есть 4-х кратно вырожденная орбиталь, на которой сидит только 2 электрона. Поэтому при оптимизации нейтрала будет искажение (Ян-Теллер), которое будет занижать симметрию. Куда в итоге оно прийдет при оптимизации - а как повезет. Понятно, что у Ih симметрии есть много подгрупп. Но вопрос с точки зрения химика (а не теоретика) имеет не очень большое значение, поскольку такая молекула нестабильна. Пустой фуллерен С80-Ih не существует (а выделены экспериментально изомеры D2 и D5d). Но его (С80-Ih) можно сделать стабильным, если добавить еще 6 электронов. У гексааниона приличная щель (больше 1 эВ), и это как раз очень стабильная структура. Поэтому он реализуется для эндоэдральных фуллеренов, у которых металлы отдают фуллерену 6 электронов (типа La2@C80 или Sc3N@C80).