Угол между плоскостями!

[AlexKsen]

Ну да, все углероды дипирролок.

[ИСН]

Щас.

[ИСН]

Наблюдаю три структуры (из четырёх приаттаченных в одном посте две идентичны - содержат Co; остальные - Ni и Cd).

[AlexKsen]

Перепутл:)

[ИСН]

Так.
Cd - 90.3°
Co - 90.6°
Cu - 91.5°
Ni - 90.8°
Почему они больше 90 и что это значит, я не помню. Скорее всего, направление нормали выбирается исходя из каких-нибудь случайностей нумерации атомов, и можно со спокойной душой брать вместо этих углов дополнительные к ним.

[Гесс]

эммм, мда, неподумал.
Жалко что к моему случаю эту среднеквадратическую плоскость не приткнешь...
Ладно, придется и дальше играть зет-матрицами с реальными атомами, а не идеализированными плоскостями проходящими через среднеквадратическое нечто.

[ИСН]

А почему не приткнёшь?

[AlexKsen]

Спасибо большое! А можно еще одну молекулу?

[ИСН]

Ага, грузите.

[Гесс]

графеновый фрагмент гнет в одну сторону. Существенно высовываются из плоскости только несколько атомов (они тянутся к обьекту висящему над поверхностю).
Я вручную сканировал состояния сисемы помалу смещая положение обьекта вдоль поверхности. Расстояние от поверхности до обьекта и геометрия поверхности оптимизировались, вручную задавалось только положение обьекта относительно скажем центра бензольного кольца. Единственный метод которым я придумал это задать - зет-матрица, в которой 4 думми-атома жестко положенные в плоскость ориентируют трое - поверхность, а 4ый - обьект. В результате относительно плоскости думмиков поверхность почти плоская и параллельная, а бензольное кольцо под обьектом катастрофически неплоское и (разумеется) ничему непараллельное. Естественно это создает сложности в сканировании.
Среднеквадратичная плоскость практически наверняка будет лежать чуть выше поверхности (но ниже высовывающихся) и не будет отражать ничего.
Использовать ее для задания чего-либо тоже невозможно.

[AlexKsen]

А здесь пересечение плоскостей, которые проходят через 2 дипирролилметена. Угол пересечения диагоналей:)

[ИСН]

О как!
Короче, угол между лигандами при первом кобальте - 83.8°, при втором - 85.2°, причём обе группировки смотрят друг на друга острыми углами.

[AlexKsen]

Спасибо огромное! Вы очень помогли!

[amge]

AlexKsen, если Вам удастся преодолеть некоторые сложности и поставить программы molgeom и addXX, то эту свою задачу сможете решать самостоятельно. Пример для последней молекулы:

Код: Выделить всё

~/tmp>babel Co.mol Co.xyz
~/tmp>addXX "2-12(0,1) 38-48(0,1) 14-24(0,1) 50-60(0,1)" Co.xyz > CoXX.xyz
~/tmp>molgeom -f "137-138-139-140 141-142-143-144" CoXX.xyz
Point    Energy        f_XX137-XX138-XX139-XX140   f_XX141-XX142-XX143-XX144	
1                           84.148083                              85.323302     	

molgeom и сама умеет определять угол между плоскостями, но только когда плоскости заданы тройками атомов. Поэтому в данном случае обходной путь: addXX проводит среднеквадратичную плоскость и добавляет пару фиктивных атомов, задающих нормаль к этой плоскости. Затем molgeom определяет угол между нормалями.

Кстати, у меня углы получились немного другими, чем определил ИСН. Хотелось бы понять, не врут ли мои программы, но, к сожелению, на глазок не определишь...

[ИСН]

Ваша плоскость учитывает азоты, моя - нет, отсюда и разница.

[amge]

Да, действительно.

Код: Выделить всё

~/tmp>addXX "2,3,5-11(0,1) 38,39,41-47(0,1) 14-19,21-23(0,1) 50-55,57-59(0,1)" Co.xyz > CoXX.xyz
~/tmp>molgeom -f "137-138-139-140 141-142-143-144" CoXX.xyz
Point 	Energy        	f_XX137-XX138-XX139-XX140	f_XX141-XX142-XX143-XX144	
1     	              	83.779181     	85.195219     	

Ну и ладненько, а то я было испугался (выискивать багу в программе, дающей правдоподобный, но немного неправильный результат - самое противное).

[Лечащий Врач]

Конечно, это м.б. overkill, но вообще угол между плоскостями (с визуализацией) можно элементарно посчитать в OLEX2 И эта программа нативно ест xyz файлы в том числе, хотя и предназначена в основном для работы с рентгеновскими данными.

Лог:

mpln
Atom-to-plane distances for C16 C17 C19 C21 N22 C24 C25 N26 C20 C18 C23
Label | D/A | | Label | D/A | | Label | D/A |
C16 | 0.025 | | C17 | 0.003 | | C19 | -0.014 |
C21 | -0.011 | | N22 | -0.009 | | C24 | 0.016 |
C25 | 0.003 | | N26 | -0.020 | | C20 | -0.013 |
C18 | 0.007 | | C23 | 0.012 | | | |
Plane equation: 0.551*X -0.691*Y -0.468*Z -0.604 = 0
RMSD/A: 0.014
mpln
Atom-to-plane distances for C33 C32 C34 C35 C36 C37 C41 C40 C39 N38 N42
Label | D/A | | Label | D/A | | Label | D/A |
C33 | -0.008 | | C32 | -0.013 | | C34 | -0.003 |
C35 | 0.010 | | C36 | 0.010 | | C37 | 0.011 |
C41 | -0.008 | | C40 | -0.014 | | C39 | -0.006 |
N38 | 0.014 | | N42 | 0.009 | | | |
Plane equation: 0.521*X +0.729*Y -0.443*Z +0.655 = 0
RMSD/A: 0.010
sel
Angle (plane-plane): 90.540
Twist Angle (plane-plane, experimental): 90.646
Fold Angle (plane-plane, experimental): 0.064
Distance (plane centroid-plane centroid): 4.371
Distance (plane[C33 C32 C34 C35 C36 C37 C41 C40 C39 N38 N42]-centroid): 0.189
Shift (plane [C33 C32 C34 C35 C36 C37 C41 C40 C39 N38 N42]-plane): 4.367
Distance (plane[C16 C17 C19 C21 N22 C24 C25 N26 C20 C18 C23]-centroid): -0.186
Shift (plane [C16 C17 C19 C21 N22 C24 C25 N26 C20 C18 C23]-plane): 4.368

[AlexKsen]

Попробовал считать угол между плоскостями и изображать их в Меркури! Довольно не плохо! Спасибо:)

[sanya1024]

Когда-то была замечательная программа ISIS Draw. Она кушала *.skc файлы, сгенерированные HyperChem, и могла построить, в частности, среднеквадратичную плоскость, нормаль к оной, измерить углы между заданными объектами (плоскостями, плоскостью и прямой линией, группами атомов). Сейчас вместо ISIS есть Symix Draw, но мне удобнее пользоваться старым знакомым ISIS-ом.

[oleg77]

Olex2 mozhet skushat' xyz, mol, mol, mol2 etc