Расчет ван дер Ваальсовых объемов

[Hitman]

День добрый!
Появился аналогичный вопрос - как посчтитать объем и поверхность молекулы в нестрогом приближении.
Запуск гамесс firefly с опцией EXETYP=CHECK ничего не дал ((, т.к. в ауте нет никаких объемов и площадей поверхностей.
ЧЯДНТ?
p.s. Может кто-то знает другие алгоритмы для таких расчетов? Марвин не предлагать )).

[banteng]

А Spartan? Легко считает объёмы и поверхности любых молекул.

[helicase]

День добрый!
Появился аналогичный вопрос - как посчтитать объем и поверхность молекулы в нестрогом приближении.
Запуск гамесс firefly с опцией EXETYP=CHECK ничего не дал ((, т.к. в ауте нет никаких объемов и площадей поверхностей.
ЧЯДНТ?
p.s. Может кто-то знает другие алгоритмы для таких расчетов? Марвин не предлагать )).

Инпут в гамессе для "холостого" расчета с выдачей ван-дер-ваальсовой поверхности и объема может выглядеть так:

Код: Выделить всё

$CONTRL SCFTYP=RHF EXETYP=CHECK RUNTYP=ENERGY COORD=CART $END
 $SYSTEM MEMORY=1000000 $END
 $PCM ICAV=1 SOLVNT=WATER $END      
 $BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 $END                         
 $DATA                                                        
solute in solvent                                          
 C1
 x,y,z 
 $END 

В файле выдачи ищете по ключевым словам volume и surface. Обратите внимание, что объем и поверхность молекулярной полости выдаются два раза - с масштабированными и немасштабированными атомными радиусами.
Вам нужно второе - эти величины соответствуют объёму и поверхности вашей молекулы. Гамесс по умолчанию использует стандартный набор атомных радиусов Бонди.
В гауссиане тот же расчет с расширенным файлом выдачи :

Код: Выделить всё

#P HF/6-31G GUESS=ONLY SCRF=(PCM, Read, Solvent=Water)  

solute in solvent                         

0 1
x,y,z

RADII=BONDI SURFACE=VDW

В выдаче - поиск по тому же ключевому слову. В обоих случаях для расчета объёмов и поверхностей реализован один и тот же алгоритм GePol, так что результаты должны получаться очень близкие. В качестве примера, для молекулы бензола:

гамесс:

Код: Выделить всё

SURFACE AREA=  109.66151874(A**2)    CAVITY VOLUME=   83.53935424 (A**3)

гауссиан:

Код: Выделить всё

GePol: Cavity surface area                        =    109.709 Ang**2
GePol: Cavity volume                              =     83.669 Ang**3

Значения vdW атомных радиусов для расчета в обеих программах, в принципе, можно задавать и самому. Ну и третий вариант - можете быстро прикинуть объём по молекулярным инкрементам. Например,

DOI:

http://dx.doi.org/10.1021/j100785a001

DOI:

http://dx.doi.org/10.1021/jo034808o

[Hitman]

Благодарю!