Расчеты в Gaussian

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Расчеты в Gaussian

Сообщение Гесс » Пн ноя 30, 2015 7:10 pm

Николай Карасев писал(а):эксперимент показал 1600 кельвинов
а у меня 2200 минимум
Переводя в понятные мне единицы разница в 1.2 ккал/моль. Нормально для DFT, но много для CC*

1600К это 3.2 ккал/моль.

Посмотрел свои архивы.
CCSD(T)/aug-cc-pvTz на геометрии MP2/aug-cc-pvDz дает разницу в 0.0083164 хартри, то есть 5.2 ккал/моль (по моему) или 2626 кельвинов (по вашему).
MN12SX/defQZVP//MN12SX/defSVP ___________дает 0.0066372 хартри (4.2 ккал/моль, 2096 К)
MN12SX/spaug-cc-pcvQz//MN12SX/spaug-cc-Dz ____ 0.0071802 ______ (4.5 ккал/моль, 2267 К)
MN12SX/maug-cc-pvQz//MN12SX/cc-pvdz _________ 0.0070479 ______ (4.4 ккал/моль, 2226 К)

Результаты на более дешевых базисах обсуждать не вижу смысла, о любви на тот момент к Минесоте прошу не пытать.
Никаких мер против BSSE не предпринималось.

А шо, гугл и скайф никаких хороших литературных ссылок на расчеты этой энергии не дают?

P.S. Интереса ради можно посмотреть на DCFT в PSI4, я хоть ни разу и не получил из него ничего публикабельного, но очень хочу куданибудь его всунуть.

Более полезное P.S. Еще можно почитать по SAPT, он емнип именно для таких задач, а раз в системе нет значимого переноса заряда он может работать. Но я с ним сам не работал и даже затрудняюсь сказать с наскоку куда он заимплеменчен. На Резерчгейте есть большой тред где по Сапту отвечала ТатьянаКорона, а на форуме где то есть тема со мной же, где мне дали много литературы по SAPT но ничего оттуда не выросло.

P.P.S. Собственно в википедии сказано именно это же:
The ab initio binding energy between the two water molecules is estimated to be 5-6 kcal/mol, although values between 3 and 8 have been obtained depending on the method. The experimentally measured dissociation energy (including nuclear quantum effects) of (H2O)2 and (D2O)2 are 3.16 ± 0.03 kcal/mol (13.22 ± 0.12 kJ/mol)[5] and 3.56 ± 0.03 kcal/mol (14.88 ± 0.12 kJ/mol),[6] respectively. The values are in excellent agreement with calculations.[7][8]

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Расчеты в Gaussian

Сообщение Гесс » Пн ноя 30, 2015 7:39 pm

Гесс писал(а):А шо, гугл и скайф никаких хороших литературных ссылок на расчеты этой энергии не дают?
Отвечая на свой вопрос - разумеется дает. Начиная с википедии ловятся следующие три статьи в которых народ умело и старательно подгоняет вопрос под ответ и у всех все получается. В частности действительно ZPE играет
alien308 писал(а):Поправку на нулевые колебания делали?
The CCSD(T)-PES and MP2-DMS dissociate correctly (and symmetrically) to two H2O monomers, with De 1665.7 cm-1 (19.93 kJ/mol). Accurate quantum calculations of the zero-point energy of the dimer (using diffusion Monte Carlo) and the monomers (using a vibrational configuration interaction approach) are reported, and these together with De give a value of D0 of 1042 cm-1 (12.44 kJ/mol). A best estimated value is 1130 cm-1(13.5 kJ/mol).
То бишь легко и ненавязчиво каплдкластер подправляется на 7 кДж/моль
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Николай Карасев
Сообщения: 12
Зарегистрирован: Пн ноя 23, 2015 4:58 pm

Re: Расчеты в Gaussian

Сообщение Николай Карасев » Вт дек 01, 2015 1:32 pm

нет не делал
подскажите как и что это вообще ???

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Расчеты в Gaussian

Сообщение Гесс » Вт дек 01, 2015 3:01 pm

http://www.cup.uni-muenchen.de/ch/compc ... ermo1.html
http://www.gaussian.com/g_whitepap/thermo.htm
Ну или на форуме поиск по "ZPE", найдете чтото типа viewtopic.php?f=71&t=71837
В вики есть Нулевые колебания и намного более широкая версия на английском, но с практической стороны я не вижу как эти статьи вам помогут.

Николай Карасев
Сообщения: 12
Зарегистрирован: Пн ноя 23, 2015 4:58 pm

Re: Расчеты в Gaussian

Сообщение Николай Карасев » Вт дек 08, 2015 11:47 am

спасибо помогли

Вера Игоревна
Сообщения: 2
Зарегистрирован: Чт янв 19, 2017 3:02 pm

Re: Расчеты в Gaussian

Сообщение Вера Игоревна » Чт янв 19, 2017 3:25 pm

Подскажите, пожалуйста, почему после расчета молекулы в программе Gaussian рвутся связи? И почему влияние растворителя так мало на заряды в молекуле

Вера Игоревна
Сообщения: 2
Зарегистрирован: Чт янв 19, 2017 3:02 pm

Re: Расчеты в Gaussian

Сообщение Вера Игоревна » Чт янв 19, 2017 3:55 pm

Подскажите, как нарисовать комплексное соединение?

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 892
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Расчеты в Gaussian

Сообщение madschumacher » Чт янв 19, 2017 4:16 pm

Вера Игоревна писал(а):
Чт янв 19, 2017 3:25 pm
Подскажите, пожалуйста, почему после расчета молекулы в программе Gaussian рвутся связи? И почему влияние растворителя так мало на заряды в молекуле
Эмммм... а поконкретнее? А то телепатией и легилименцией тут мало кто владеет... :wink: (идея нахожусь: надо сделать плашку We need a psychic!, чтобы не строчить кучу текста на подобные сообщения :lol: )
А то причин может быть туча: от неправильно построенной модели молекулы (типа плохой Z-матрицы) и проблем с расчётом до банального исчезновения связей во veiw-ере, из-за сбившихся настроек идентификации связей. :lol:
Вера Игоревна писал(а):Подскажите, как нарисовать комплексное соединение?
Ну... берете бумажку и ручку и рисуете (для того, чтобы не ошибиться, можете взять учебник по неорге). :wink:
Сделать картинку на компьютере можно с помощью ChemDraw, BKChem и ещё туевой хучи программ различных стоимости/качества (да хоть в CoralDraw/Inkscape, Photoshop/Gimp или вообще в Paint :lol: ).

Если же Вам нужны координаты (для расчётов каких-нть), то:
  • если комплекс уже где-то исследовался, взять их из *.cif файла (если есть структура в кристалле) или из координат в Supporting Information какой-нть статьи;
  • можно нарисовать молекулу используя одну из программок (любимый тут Chemcraft, ChemDraw 3D,GaussVeiw, Avogadro, Jmol, Gabedit и т.д., последние 3 -- бесплатные);
  • если уж совсем эти варианты Вас не устраивают, то можно по-старинке записать Z-матрицу, используя, например, в качестве нулевого приближения геометрические параметры для схожих соединений.
:wink:
Но опять же, тут экстрасенсорных способностей ещё никто не демонстрировал... :lol:
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Расчеты в Gaussian

Сообщение Гесс » Чт янв 19, 2017 6:09 pm

1) заведите новуютему а не дописывайте в давно законченной и не имеющей никакого отношения к вопросу.
2) формулируйте вопрос максимально конкретно, с прикладыванием инпутов-аутпутов и описанием что вам не нравится. Пока вопрос требует очень могуче телепата.

И во избежание - здесь - Закрыто.

Закрыто

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 11 гостей