Определение вклада отдельного колебания в пик ИК спектра

[amge]

Пишет " perl не является внутренней или внешней командой " и т.д

Странно. Active Perl неправильно поставился? Попробуйте вызвать perl с полным путем: C:\где\он\там\стоит\perl.exe

[amge]

Сейчас попробовал дома, на винде.
1. Установил Active Perl-64 со всеми предлагаемыми крыжиками.
2. Создал папку c:\test
3. Скачал туда freq4parts и переименовал его в freq4parts.pl
3.5 Закоментировал 3-ю строку скрипта.
4. Скачал туда CH3CHO.freq.txt
5. Запустил cmd и перешел в папку c:\test
6. Выполнил в cmd команду freq4parts.pl -n 1-3_4-7 CH3CHO.freq.txt

Работает

[LVictor]

Кто может сказать, как запускать perl-скрипты под управлением Windows 8.1? Помогите пожалуйста...

[LVictor]

А куда AvtivePerl ставили, по умолчанию?

[LVictor]

Вопрос со скриптом решен. Новый вопрос: как работать в gmolden? Пожалуйста, ответьте кто знает.

[Гесс]

Вопрос со скриптом решен. Новый вопрос: как работать в gmolden? Пожалуйста, ответьте кто знает.

Это не вопрос. Точнее на такой вопрос можно получить какой то бесполезно-оскорбитеьный ответ типа "руками". В чем конкретно вопрос?

[LVictor]

Извините, уточняю. Как сделать файл для расчёта вклада колебаний (в perl) из аутпута firefly? Если можно напишите, пожалуйста, в виде алгоритма .

[ Post made via Android ]

[amge]

Приложите, пожалуйста, аутпут firefly.

[VTur]

Извините, уточняю. Как сделать файл для расчёта вклада колебаний (в perl) из аутпута firefly? Если можно напишите, пожалуйста, в виде алгоритма .

[ Post made via Android ]

Вообще то, там такой вклад для идеального газа в гармоническом приближении выдается автоматом.

[LVictor]

Прошу прощения за столь поздний ответ. Вот аутпут. Помогите с созданием файла для скрипта, пожалуйста.

[amge]

Прошу прощения за столь поздний ответ. Вот аутпут. Помогите с созданием файла для скрипта, пожалуйста.

Если вам удалось таки запустить молден, то проблем никаких: открываете им свой аутпут, нажимаете кнопочку Write, выбираете Molden Format, в появившемся окне вводите имя файла, Apply и все (проварил - получившийся файл пригоден для freq4parts). Если же с молденом никак не получается, то подождите. Будет время - допишу freq4parts, чтобы он мог напрямую работать с аутпутами.

[amge]

Как сделать файл для расчёта вклада колебаний

Вообще то, там такой вклад для идеального газа в гармоническом приближении выдается автоматом.

Нифига там не выдается автоматом. По умолчанию только частоты из гессиана вычисляются (опция VIBANL, про нее и про другие опции см. под катом).
[cut]

Код: Выделить всё

VIBANL = flag to activate vibrational analysis.
         (the default is .TRUE. for RUNTYP=HESSIAN, and
         otherwise is .FALSE.)

PRTSCN = flag to print contribution of each vibrational
         mode to the entropy. (Default is .FALSE.)

DECOMP = activates internal coordinate analysis.
         Vibrational frequencies will be decomposed into
         "intrinsic frequencies", by the method of
         J.A.Boatz and M.S.Gordon, J.Phys.Chem., 93,
         1819-1826(1989). If set .TRUE., the $ZMAT input
         may define more than 3N-6 (3N-5) coordinates.
         (default=.FALSE.)

[/cut]
Из имеющих отношение к вкладам опций PRTSCN не имеет отношения к данной теме. DECOMP ближе. Но для нее, насколько я понял, нужно постараться и вручную вбить в $ZMAT все интересные внутренние координаты (или задавать геометрию через z-матрицу, но тогда не факт, что будет охвачено все нужное).

Скрипт freq4parts (который упоминается в этой теме) делает немного другое. Он отвечает на вопросы типа "Какие колебания соединения Ph3Sb(NCO)2 (из приложенного ТС файла) относятся к изоцианатным группам?". Ответ - колебания 38-41,84,85,104,105 практически полностью и 11,14,15,17-19,25,26,29,31 частично. Опция DECOMP прямого ответа на подобные вопросы не дает.

PS Про опции я смотрел мануал GAMESS US. Не исключено, что в Firefly что-то по-другому.

[LVictor]

Большое спасибо, amge. Сейчас попробую

[LVictor]

Еще раз спасибо, все работает как надо

[prbc]

Рассчитываю Firefly распределение потенциальной энергии по естественным колебательным координатам (ЕКК) Cs-симметричной системы ($FORCE NVIB=2 PURIFY=.TRUE. PRTIFC=.TRUE. VIBANL=.TRUE. DECOMP=.TRUE. $END). При расчёте с избыточными ЕКК получаю ОДИНАКОВЫЕ вклады потенциальной энергии колебаний для эквивалентных ЕКК, а расчёт в неизбыточных ЕКК даёт НЕОДИНАКОВЫЕ вклады для некоторых эквивалентных ЕКК. Похоже, что-то не так с неизбыточными координатами.
Грибов Л.А. в "Квантовой химии" пишет, что "... лишние координаты при следующем расчете легко могут быть учтены и отброшены. Такая операция может быть автоматически выполнена с помощью ЭВМ."
Делает ли это Firefly? В чём может быть причина появления разных вкладов при неизбыточных координатах?