Оптимизация Gaussiana, загрузка ядер и ошибка 2070

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
Dmitrruss
Сообщения: 28
Зарегистрирован: Вт ноя 26, 2013 12:13 am

Re: Оптимизация Gaussiana, загрузка ядер и ошибка 2070

Сообщение Dmitrruss » Вт ноя 26, 2013 8:28 pm

Гесс писал(а):Расчет пошел на сервере без изменений. (строка с чекпоинтом выкинута)
Это не проблема кейвордов или геометрии, иначе бы гауссиан обьяснил бы в аутпуте что с ним.
Скорее всего нехватка памяти или какие то неправильные пути
surius писал(а): с памятью все ок, а вот пути действительно не правильные. А именно представление путей. Замените "\" на "/" и будет работать :D
Дело было в пути D:\USERS\KOVTUN\MERO-G\2QU\G-MERO-In-2-TD-HF.chk и слеши здесь не при чём :)
Научный руководитель сбросил папку с .LOG - файлами: расчёты методом Хартри-Фока, я пересчитывал методом функционала плотности. Так вот 3 из 7 файлов посчитались нормально, а остальные 4 - сразу выдаёт ошибку. В чём же дело? В этих лог файлах был прописан путь чек-файлов, вот такого вида "D:\USERS\KOVTUN\MERO-G\2QU\G-MERO-In-2-TD-HF.chk" - это путь не на моём компе, а на изначальном, на котором делались расчёты методом Хартри-Фока. Но как так получилось, что для 3-х молекул были сгенерированны нормальные рабочие gjf-файлы, а для остальных битые?

Я начал сравнивать лог-файлы которые дали хороший и плохой результат. И знаете, что оказалось? Все 3 рабочих файла были сгенерированны в Gaussian 03:

Код: Выделить всё

 ******************************************
 Gaussian 03:  IA32W-G03RevC.01  3-Apr-2004
                16-Jul-2010 
 ******************************************
 %chk=D:\USERS\KOVTUN\MERO-G\G-MERO-2QU-1.chk
 Default route:  MaxDisk=2000MB
 ----------------------------------
в отличии от битых-файлов, сгенерированных в Gaussian 09

Код: Выделить всё

 ******************************************
 Gaussian 09:  IA32W-G09RevA.02 11-Jun-2009
                25-Dec-2012 
 ******************************************
 %chk=D:\USERS\KOVTUN\MERO-G\2QU\G-MERO-In-2-TD-HF.chk
 --------------------------------------
Смею предположить, что если изначальный лог-файл созданный с помощью Gaussian 09(на другом компе) то Gaussian 09(на рабочем компе) принимает прописанный в лог-файле путь (который для рабочей машины является ложным) за истинный и просто копирует этот путь в исходник который будет исполнять гауссиан. Он, естественно, выдаёт ошибку. В случае использования устаревшей версии гауссиана - новая не верит прописанному в ней адресу и записывает свой истинный путь. Вот по этому, приходится в сгенерированном гауссовском исходнике исправлять путь в ручную!

З.Ы. Прямо какие-то детективные страсти)
Если у тебя паранойя - то это не значит, что тебя не преследуют!

Аватара пользователя
Dmitrruss
Сообщения: 28
Зарегистрирован: Вт ноя 26, 2013 12:13 am

Re: Оптимизация Gaussiana, загрузка ядер и ошибка 2070

Сообщение Dmitrruss » Вт ноя 26, 2013 8:44 pm

В ходе расследования родились новые вопросы:
Запустил 2 гауссиана для рачётов. Первому разрешил нагружать ядра 0-3, второму повелел работать на ядрах 4-7.
При этом загрузка проца на 25%, то есть в 2 раза уменьшилась. Загрузка оперативы увеличилась с 3,6Г до 5,4Г. Каждая программа даёт по 12% нагрузки на проц.
Периодически останавливается по нескольку ядер (смотрите диаграмму работы ядер), они между собой чередуются "кто будет отдыхать".

Есть предположения, исходя из цифры 25%. Хотелось бы продолжить расследование и узнать мнение умных людей.
Прикладывается доказательство:
Изображение

Хотелось бы отметить приятное последствие сокращение эффективности работы гауссиана - так это то, что проц меньше греется и кулер тише работает. Хотя и будет дольше проводиться расчёт.
Если у тебя паранойя - то это не значит, что тебя не преследуют!

Tonnie Fox
Сообщения: 171
Зарегистрирован: Чт май 02, 2013 7:57 pm

Re: Оптимизация Gaussiana, загрузка ядер и ошибка 2070

Сообщение Tonnie Fox » Вт ноя 26, 2013 11:05 pm

Гауссиан же знамо откуда взят. У меня с ним частенько были такие же ошибки при попытках выставить объем оперативки выше 2ггб.
Оставьте в Route файле только -P- 4, оперативка по дефолту пусть стоит, если не ошибаюсь 512 на ядро (На скорости расчетов это почти не скажется). В итоге будет загрузка проца 99-100%, памяти 4ггб.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 4 гостя