Добавление водородов в PDBQT (autodock)

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
dmitriys
Сообщения: 29
Зарегистрирован: Пт июл 09, 2021 3:16 pm

Добавление водородов в PDBQT (autodock)

Сообщение dmitriys » Чт сен 22, 2022 9:21 am

Здравствуйте!
Имеется структура белка в рентгене.
Далее. Добавляю водороды в avogadro2. OK. Из mgltools беру скрипт prepare_receptor4.py, на вход белок с водородами.
Получается PDBQT. После открытия PDBQT в avogadro2 водороды уходят. В чем проблема, не понимаю.

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3642
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: Добавление водородов в PDBQT (autodock)

Сообщение Ahha » Чт сен 22, 2022 4:13 pm

Что, прямо все-все-все уходят? Так не должно быть. NH и OH должны оставаться, смотрите внимательнее.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

dmitriys
Сообщения: 29
Зарегистрирован: Пт июл 09, 2021 3:16 pm

Re: Добавление водородов в PDBQT (autodock)

Сообщение dmitriys » Пт сен 30, 2022 8:35 am

Эти остаются. А водороды при С?

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3642
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: Добавление водородов в PDBQT (autodock)

Сообщение Ahha » Пт сен 30, 2022 4:26 pm

dmitriys писал(а):
Пт сен 30, 2022 8:35 am
А водороды при С?
А они по умолчанию не остаются. :D Про вину не помню, а в мануале самого аутодока это написано. Да и в описании скрипта это указано.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя