Природа

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Yellow21chem
Сообщения: 9
Зарегистрирован: Вт ноя 23, 2010 11:31 pm

Re: Природа

Сообщение Yellow21chem » Пт дек 24, 2021 5:27 pm

Спасибо!

Скажите, мне удалось провести 100 шагов процедуры оптимизации геометрии кристалла методом qm_n3 в базисном наборе qm.in, но структура кристалла начинает "разрушаться" и отклоняться от начальной структуры.

Я использую следующую "шапку" в скрипте входного файла Природы.

Код: Выделить всё

$system mem=32000 disk=-10240,-1 $end
$control
 task=optimize
 theory=qm_n3
 basis=qm.in
$end
$optimize
 sym=1
 cart=1
 tol=1e-5
 $end
$molecule
 sym=1
 cartesian
$end
Скажите, можно ли как-то ещё более улучшить входной файл для оптимизации химической структуры такого большого размера?

Metalian
Сообщения: 96
Зарегистрирован: Чт июл 05, 2007 4:39 pm

Re: Природа

Сообщение Metalian » Ср дек 29, 2021 9:41 am

Мне кажется, структуру кристалла логично бы считать периодикой. Природа, к сожалению, в периодику не умеет.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12592
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Ср дек 29, 2021 6:37 pm

Периодическая полуэмпирика это VAMP и Empire.
Периодический тайтбайндинг должны были уже допилить в gfn-xtb последних релизов, либо смотреть dftb+ и dftbaby но там сеты ограниченные по элементам.
Периодический дфт есть даже в гауссиане, но категорически не рекомендую. Из нормального периодического дфт - cp2k, vasp, wien2k, quantum espresso, crystal.

Разрушение структуры скорее всего свидетельствует о "неподходящности" гамильтониана, то есть параметризация элементов некорректно описывает взаимодействие в конкретной системе. Тут только менять гамильтониан. (Либо тратить годы на подгонку параметров).

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1927
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Чт дек 30, 2021 6:06 am

Гесс писал(а):
Ср дек 29, 2021 6:37 pm
Разрушение структуры скорее всего свидетельствует о "неподходящности" гамильтониана
Или о краевых эффектах. По моему опыту, чтобы без периодики более-менее сохранилась геометрия ячейки, нужно оптимизировать 3х3х3 ячейки, затем отбрасывать все, кроме центральной. И у меня в ячейке были целые молекулы, а тут осложняется тем, что в ней только часть полимера. Для квантовой химии концы нужно чем-то забивать. Краевые эффекты будут гигантскими.

Я оптимизировал ММ, о квантовой химии для таких размеров и мысли не было.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12592
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Чт дек 30, 2021 6:13 am

Я не видел систему, разумеется терминация нужна. Но если при разумной терминации значимо нарушается даже геометрия (а не только распределение электронной плотности), то значит чтото где то не то в гамильтониане.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1927
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Чт дек 30, 2021 6:27 am

Гесс писал(а):
Ср дек 29, 2021 6:37 pm
Периодический тайтбайндинг должны были уже допилить в gfn-xtb последних релизов
О! Это интересно. Надо будет посмотреть.

Еще полуэмпирическая периодика есть в мопаке (РМ7), это бесплатно. Я даже пробовал. Не рекомендую. У них на сайте куча якобы успешных примеров, но стоило уменьшить градиент до нормальных значений, и ячейка превращалась в бред. Но это было давно. Не исключено, что поправили.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1927
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Чт дек 30, 2021 6:39 am

Гесс писал(а):
Чт дек 30, 2021 6:13 am
Я не видел систему, разумеется терминация нужна. Но если при разумной терминации значимо нарушается даже геометрия (а не только распределение электронной плотности), то значит чтото где то не то в гамильтониане.
Тут смотря что понимать под разрушением ячейки. Если бы молекула рвалась на радикалы, например, то да, можно грешить на гамильтониан. Но я то думаю, что просто начальная структура с терминированными концами кардинально меняла конформацию.

Так то Лайковская полуэмпирика многократно опробована, ничего такого совсем плохого не было.

Yellow21chem
Сообщения: 9
Зарегистрирован: Вт ноя 23, 2010 11:31 pm

Re: Природа

Сообщение Yellow21chem » Пн янв 03, 2022 1:37 pm

Гесс писал(а):
Ср дек 29, 2021 6:37 pm
Периодический дфт есть даже в гауссиане, но категорически не рекомендую. Из нормального периодического дфт - cp2k, vasp, wien2k, quantum espresso, crystal.
Большое спасибо за ответ. Буду пробовать использовать для периодических расчетов пакеты cp2k и quantum espresso. С этими пакетами сталкивался по работе и есть определенный опыт моделирования в них.
Гесс писал(а):
Ср дек 29, 2021 6:37 pm
Периодический тайтбайндинг должны были уже допилить в gfn-xtb последних релизов, либо смотреть dftb+ и dftbaby но там сеты ограниченные по элементам.
Скажите, пожалуйста, не использовал никогда тайтбайндинг, чем они лучше моделирования дфт в пакете cp2k, например?

Yellow21chem
Сообщения: 9
Зарегистрирован: Вт ноя 23, 2010 11:31 pm

Re: Природа

Сообщение Yellow21chem » Пн янв 03, 2022 1:54 pm

amge писал(а):
Чт дек 30, 2021 6:06 am
Или о краевых эффектах. По моему опыту, чтобы без периодики более-менее сохранилась геометрия ячейки, нужно оптимизировать 3х3х3 ячейки, затем отбрасывать все, кроме центральной. И у меня в ячейке были целые молекулы, а тут осложняется тем, что в ней только часть полимера. Для квантовой химии концы нужно чем-то забивать. Краевые эффекты будут гигантскими.
Спасибо. Все эффекты, связанные с "разрушением" кристаллической структуры системы, являются краевыми эффектами - укладка полимерных цепей друг относительно друга нарушается по краям кристаллической ячейки и распространяется к её середине.

Yellow21chem
Сообщения: 9
Зарегистрирован: Вт ноя 23, 2010 11:31 pm

Re: Природа

Сообщение Yellow21chem » Пн янв 03, 2022 1:57 pm

amge писал(а):
Чт дек 30, 2021 6:39 am
Тут смотря что понимать под разрушением ячейки. Если бы молекула рвалась на радикалы, например, то да, можно грешить на гамильтониан. Но я то думаю, что просто начальная структура с терминированными концами кардинально меняла конформацию.

Так то Лайковская полуэмпирика многократно опробована, ничего такого совсем плохого не было.
Молекула не рвалась на радикалы. Система разрушалась из-за отсутствия в моделировании периодических граничных условий.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12592
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Пн янв 03, 2022 5:42 pm

Yellow21chem писал(а):
Пн янв 03, 2022 1:57 pm
Молекула не рвалась на радикалы.
А как она терминирована?
Yellow21chem писал(а):
Пн янв 03, 2022 1:37 pm
Скажите, пожалуйста, не использовал никогда тайтбайндинг, чем они лучше моделирования дфт в пакете cp2k, например?
Ценой. Там цена сравнимая с классической полуэмпирикой, то есть намного лучше и скейлинг и префактор по сравнению с классическим DFT.

Yellow21chem
Сообщения: 9
Зарегистрирован: Вт ноя 23, 2010 11:31 pm

Re: Природа

Сообщение Yellow21chem » Вт янв 25, 2022 1:19 pm

Гесс писал(а):
Пн янв 03, 2022 5:42 pm
А как она терминирована?
Прошу прощения за задержку с ответом. Полимерный кристалл никак не был терминирован. Он был взят "как есть" после построения и его конфигурация перенесена во входной файл программы Природа.

Сейчас остановился на использовании периодических граничных условий в пакете CP2K, но не понимаю какой уровень теории выбрать в нем для моделирования таких систем. Посмотрел на данном форуме и не нашел ветки, касающейся этого программного пакета моделирования. Вы случайно не знаете, какой метод можно использовать в CP2K для предварительного моделирования кристаллов такого размера?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12592
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Ср янв 26, 2022 3:30 am

Основа CP2K это DFT. Есть ли в нем чтото еще я не в курсе. И на дфт можно делать не предварительное а вполне себе полноценное и окончательное моделирование, все равно ни во что более точное системы такого размера не влезут.
Если у вас периодика (PBC), то правильнее говорить о поверхностях ( ну или только bulk, если и поверхности не интересны), "кластеры, наночастицы, кристаллы" - это все другое.

Metalian
Сообщения: 96
Зарегистрирован: Чт июл 05, 2007 4:39 pm

Re: Природа

Сообщение Metalian » Чт фев 03, 2022 4:39 pm

Есть ли актуальные данные по поддерживаемым Природой функционалам?

Аватара пользователя
Tasha
Сообщения: 1140
Зарегистрирован: Вт дек 27, 2005 10:04 pm

Re: Природа

Сообщение Tasha » Пт авг 05, 2022 3:35 pm

Не подскажете, как в Природе визуализовать результаты бейдеровского анализа?
по task=crytical, кажется, он выдает набор критических точек, но как это все визуализировать?

Код: Выделить всё

Critical Points of the Density
 nx=144, ny=117, nz=119
...............................................................................................................................................................................................................................................
 Np=120
 Np=127
 Np=103
 r= -1.224245, -4.125734,  2.586955 f=0.482746 h=-1.25587,-1.18324, 2.32204
 r= -1.150373, -3.043379,  2.594823 f=0.379692 h=-0.91717,-0.84871, 2.07723
 r= -1.096268, -3.575894,  1.657918 f=0.373977 h=-0.89710,-0.83351, 2.06145
 r= -1.013471, -2.442376,  1.639821 f=0.034539 h=-0.03642, 0.10297, 0.11055
 r= -1.011939, -1.853121,  1.999630 f=0.060217 h=-0.06903,-0.06749, 0.33297
 r= -0.937677, -2.449660,  0.952367 f=0.059948 h=-0.07057,-0.06721, 0.34161
 r=  1.621020, -0.829958,  1.728775 f=0.384985 h=-0.93443,-0.86520, 2.09656
 r=  0.381324, -1.296493,  1.379355 f=0.053907 h=-0.05934,-0.05832, 0.30357
 r=  2.390562, -0.065304,  1.784226 f=0.475054 h=-1.22772,-1.15605, 2.30384
 r=  0.537267, -0.619052,  1.299955 f=0.031295 h=-0.03067, 0.08411, 0.09842
 r= -2.249788, -1.418933,  1.047246 f=0.039607 h=-0.04121,-0.03927, 0.22412
 r=  1.398703,  0.175053,  1.413048 f=0.378823 h=-0.91391,-0.84501, 2.07311
 r= -3.527265, -1.624902,  0.540381 f=0.399788 h=-0.97978,-0.90930, 2.14156
 r= -2.344288, -1.374540,  0.471326 f=0.028447 h=-0.02754, 0.06852, 0.09714
 r=  2.224713, -0.454025,  0.022018 f=0.002951 h=-0.00137,-0.00084, 0.01424
 r=  0.136776, -0.194120,  1.051833 f=0.048069 h=-0.05203,-0.05030, 0.27772
 r= -0.258423, -1.162014, -0.293768 f=0.053632 h=-0.06440,-0.06003, 0.33112
 r= -1.443010, -0.093015,  1.553094 f=0.051593 h=-0.05796,-0.05631, 0.31788
 r= -1.827537, -1.222134, -0.041264 f=0.053940 h=-0.06069,-0.05951, 0.30627
 r=  1.853569, -0.336460, -0.156905 f=0.002859 h=-0.00068, 0.00084, 0.01004
 r= -4.034198, -0.455979,  1.567903 f=0.010395 h=-0.01041,-0.00870, 0.06211
 r= -3.293388, -0.123500,  1.704959 f=0.005990 h=-0.00423, 0.01016, 0.01407
 r=  2.795862, -0.675102, -1.401346 f=0.267012 h=-0.72175,-0.70805, 0.72158
 r= -4.198146, -1.659451, -0.312204 f=0.472323 h=-1.21667,-1.14642, 2.29930
 r= -3.142178, -1.441594, -0.447900 f=0.366842 h=-0.87979,-0.81202, 2.04130
 r=  4.798614,  0.024877, -1.550790 f=0.265407 h=-0.71098,-0.69578, 0.72113
 r= -4.585768,  0.554282,  1.977608 f=0.266656 h=-0.72597,-0.71253, 0.72272
 r= -1.029258,  0.154407,  0.099304 f=0.027501 h=-0.02588,-0.02329, 0.12989
 r= -0.534022, -0.095747, -0.613840 f=0.012769 h=-0.00875, 0.01607, 0.04667
 r= -1.427705,  0.648424,  0.718836 f=0.013333 h=-0.00962, 0.01583, 0.04875
 r= -0.334985,  1.670183,  1.668795 f=0.003691 h=-0.00151, 0.00648, 0.00850
 r=  3.626740,  0.105586, -1.907886 f=0.300233 h=-0.63559,-0.55918, 0.60838
 r=  0.595673,  1.938096,  1.578158 f=0.008848 h=-0.00849,-0.00771, 0.05036
 r= -1.421449, -1.089069, -2.013604 f=0.004567 h=-0.00206, 0.00711, 0.01194
 r=  0.253578, -0.600183, -1.924753 f=0.205734 h=-0.33478,-0.32855, 1.44441
 r= -2.151917,  1.537744,  1.861530 f=0.206808 h=-0.33786,-0.33037, 1.46455
 r= -2.344289, -1.254680, -2.189634 f=0.011779 h=-0.01206,-0.01047, 0.07426
 r= -6.705481,  0.727575,  1.975054 f=0.265500 h=-0.71193,-0.69679, 0.72249
 r=  2.463750,  0.166831, -2.238110 f=0.293015 h=-0.60537,-0.52954, 0.58575
 r= -5.607426,  1.274284,  1.901101 f=0.299809 h=-0.63301,-0.55853, 0.60725
 r=  4.436431,  0.854795, -2.389487 f=0.299867 h=-0.63430,-0.55525, 0.61000
 r= -4.517115,  1.784979,  1.827448 f=0.292052 h=-0.60142,-0.52912, 0.58664
 r=  1.045382,  0.127258, -2.507856 f=0.157550 h=-0.20959,-0.18862, 0.16760
 r=  0.270271,  3.121390,  1.897132 f=0.265876 h=-0.71807,-0.70547, 0.72426
 r= -1.936666,  2.732996,  2.083619 f=0.159191 h=-0.20500,-0.19655, 0.15231
 r= -2.120225, -1.219626, -3.358508 f=0.265492 h=-0.72113,-0.70879, 0.72634
 r= -3.148039,  2.241579,  1.716462 f=0.158416 h=-0.21036,-0.18896, 0.16154
 r= -0.029153, -0.438874, -3.121824 f=0.159934 h=-0.20909,-0.19601, 0.15612
 r= -0.763547,  3.508135,  2.460875 f=0.291067 h=-0.60202,-0.53266, 0.60183
 r=  0.283741,  4.046054,  2.728208 f=0.300659 h=-0.63514,-0.55498, 0.60200
 r=  3.277632,  0.926043, -2.730600 f=0.023721 h=-0.01667, 0.07963, 0.08264
 r=  1.360974,  4.576867,  2.986084 f=0.265086 h=-0.70796,-0.69224, 0.71681
 r= -1.792083,  3.848550,  3.047551 f=0.292401 h=-0.60877,-0.53106, 0.59979
 r= -0.223818,  0.496707, -2.172584 f=0.147898 h=-0.19455,-0.17600, 0.18468
 r= -2.106702,  2.213523,  0.849037 f=0.146017 h=-0.19085,-0.17248, 0.18923
 r= -0.729504,  4.381511,  3.309313 f=0.023694 h=-0.01662, 0.07916, 0.08261
 r= -1.065365, -0.993809, -3.975602 f=0.290647 h=-0.59959,-0.53248, 0.60056
 r=  0.322738,  4.925009,  3.553737 f=0.298730 h=-0.63111,-0.55389, 0.61017
 r= -2.817686,  4.167195,  3.651338 f=0.266739 h=-0.71471,-0.69954, 0.71947
 r=  5.274681,  1.618541, -2.875345 f=0.265126 h=-0.70698,-0.69311, 0.71805
 r= -1.737528,  4.723108,  3.886142 f=0.299560 h=-0.63298,-0.55276, 0.60292
 r= -1.990119, -1.476841, -4.575534 f=0.300517 h=-0.63407,-0.55514, 0.60217
 r= -6.603861,  1.947858,  1.822824 f=0.299864 h=-0.63411,-0.55565, 0.61040
 r= -0.688434,  5.264337,  4.132952 f=0.299358 h=-0.63284,-0.55370, 0.60888
 r= -0.959506,  1.277589, -1.329585 f=0.329575 h=-0.72522,-0.66218, 0.73962
 r= -1.551696,  1.848008, -0.343128 f=0.330123 h=-0.72576,-0.65993, 0.72826
 r= -3.512593,  3.542764,  2.763021 f=0.008469 h=-0.00459, 0.00204, 0.03730
 r=  0.376827,  5.823067,  4.398218 f=0.265044 h=-0.70648,-0.69294, 0.71838
 r=  0.003501, -0.788279, -4.557470 f=0.292668 h=-0.60967,-0.53083, 0.60000
 r= -2.945969, -1.971806, -5.169206 f=0.265110 h=-0.70845,-0.69276, 0.71731
 r= -1.707032,  5.605321,  4.738012 f=0.264688 h=-0.70499,-0.68847, 0.71509
 r= -5.517175,  2.475871,  1.747309 f=0.023680 h=-0.01662, 0.07941, 0.08263
 r=  2.110521,  0.999050, -3.071000 f=0.292204 h=-0.60933,-0.53261, 0.60240
 r= -0.937933, -1.275703, -5.153161 f=0.023687 h=-0.01660, 0.07892, 0.08292
 r= -3.683358,  3.864907,  2.744759 f=0.008639 h=-0.00562,-0.00188, 0.04014
 r=  1.077679, -0.596406, -5.130118 f=0.266447 h=-0.71323,-0.69778, 0.71823
 r= -1.879009, -1.749414, -5.746232 f=0.298542 h=-0.63038,-0.55359, 0.61015
 r= -4.423816,  3.003925,  1.671102 f=0.290996 h=-0.60511,-0.52892, 0.60105
 r=  4.091530,  1.676809, -3.211386 f=0.298396 h=-0.63024,-0.55202, 0.60715
 r=  0.106381, -1.073310, -5.732157 f=0.299400 h=-0.63260,-0.55278, 0.60360
 r= -0.830592, -1.547100, -6.325162 f=0.299300 h=-0.63252,-0.55305, 0.60794
 r= -7.630972,  2.628215,  1.744628 f=0.265066 h=-0.70652,-0.69284, 0.71760
 r= -1.777583, -2.035171, -6.942839 f=0.264980 h=-0.70605,-0.69260, 0.71805
 r=  2.934051,  1.749431, -3.549528 f=0.299612 h=-0.63292,-0.54753, 0.59815
 r=  0.232782, -1.355857, -6.918911 f=0.264569 h=-0.70419,-0.68752, 0.71453
 r= -6.517802,  3.148273,  1.669843 f=0.298336 h=-0.63006,-0.55193, 0.60786
 r= -0.961507,  1.800511, -2.337422 f=0.299805 h=-0.63862,-0.55516, 0.61536
 r= -2.023959,  2.864249, -0.513853 f=0.299097 h=-0.63709,-0.55524, 0.61764
 r= -1.503906,  2.349490, -1.442585 f=0.026678 h=-0.02104, 0.08808, 0.09027
 r= -5.433067,  3.674074,  1.593302 f=0.299563 h=-0.63269,-0.54756, 0.59755
 r=  0.492994,  1.767394, -3.175445 f=0.004746 h=-0.00231, 0.00484, 0.01927
 r= -3.386563,  3.516220,  0.451658 f=0.004973 h=-0.00259, 0.00386, 0.02066
 r=  1.759610,  1.835745, -3.901578 f=0.264807 h=-0.70319,-0.68739, 0.71777
 r= -4.333660,  4.222470,  1.521119 f=0.264913 h=-0.70282,-0.68638, 0.71273
 r=  3.749997,  2.517526, -4.047681 f=0.264622 h=-0.70371,-0.68708, 0.71205
 r= -3.462142,  4.095422,  0.433604 f=0.005695 h=-0.00450,-0.00289, 0.02659
 r=  0.388167,  2.089414, -3.718919 f=0.005835 h=-0.00472,-0.00364, 0.02728
 r= -6.439396,  4.370566,  1.517276 f=0.264503 h=-0.70332,-0.68654, 0.71268
 r= -0.952851,  2.283284, -3.467831 f=0.266215 h=-0.71688,-0.70361, 0.73153
 r= -1.491033,  2.857765, -2.511633 f=0.299674 h=-0.63239,-0.55661, 0.61017
 r= -2.019397,  3.406652, -1.578970 f=0.300487 h=-0.63464,-0.55763, 0.61029
 r= -2.555450,  3.968668, -0.616600 f=0.266545 h=-0.71891,-0.70609, 0.73569
 r= -2.033494,  3.954627, -2.686851 f=0.266476 h=-0.71523,-0.70343, 0.71955
 Atomic Coordinates:
  95  -0.86642152  -1.12254941   0.90202230
   8  -1.91768730   0.71052134   2.12986636
   8   0.23782472  -1.21406496  -1.26302886
   6  -0.78975987   1.27538323  -1.89523649
   8  -1.14041126  -2.46172881   2.90407705
   7  -1.16038477  -3.61135173   2.29803324
   7  -1.16790676   1.25537443  -0.60671413
   8  -1.03078771  -3.54397058   1.00078917
   7  -3.65339613  -1.58385861  -0.07760765
   6  -1.85012352   2.30258727  -0.11869523
   7   1.83322978  -0.23210403   1.65155447
   8  -1.29088378  -4.66121244   2.88771296
   6  -2.19300318   3.40767074  -0.90429533
   1  -2.73737979   4.25004101  -0.47340581
   8  -3.40000248  -1.66849041   1.17485380
   6  -1.84563613   3.40042830  -2.25416088
   1  -2.12790203   4.23209763  -2.90355182
   8  -2.61770654  -1.29615843  -0.83061773
   6  -1.13436460   2.31382751  -2.76413774
   1  -0.86467522   2.26738811  -3.82150984
   8  -4.76352644  -1.73858213  -0.55636072
  15  -2.32074928   2.11160088   1.68050349
  15   0.26933232  -0.17738304  -2.38560939
   8   1.40612185  -1.44412148   1.81043673
   8   0.95360231   0.59507006   1.16837907
   8   2.96971226   0.10823928   1.92237890
   6  -0.39235675  -0.76026601  -3.97486377
   6   1.95839810   0.46754536  -2.62973714
   6  -1.46353614   3.44830751   2.56775022
   6  -4.12211037   2.36910176   1.75116587
   6  -2.10717010   4.24840975   3.52431083
   6  -0.07710829   3.57156444   2.36256194
   6  -4.73381996   3.62496305   1.59351432
   6  -4.90866804   1.21593809   1.90381205
   6  -1.37375402   5.19297743   4.24394846
   1  -3.17503858   4.12543392   3.71780634
   1  -1.87581682   5.81425667   4.98952293
   6  -0.00226163   5.33280659   4.02155352
   6   0.64480472   4.51691437   3.08913708
   1   0.44372270   2.89750385   1.67358971
   1   1.72284555   4.60572863   2.93445969
   1   0.56932908   6.07113028   4.58969975
   6  -6.12497807   3.72269249   1.59383595
   1  -4.13074970   4.53053999   1.48563659
   1  -6.60007477   4.69998932   1.47850084
   6  -6.90774012   2.57418942   1.74580359
   1  -7.99770021   2.65488815   1.74406338
   6  -6.30033731   1.32684851   1.89925563
   1  -6.90764856   0.42563954   2.01249886
   1  -4.43118143   0.23547623   2.01276660
   6   2.96598935  -0.12605806  -1.85544372
   6   0.38687348  -0.82021052  -5.13979435
   6  -1.72076511  -1.22543895  -3.98201489
   6   4.27998114   0.33262497  -1.95664787
   1   2.71135020  -0.94533730  -1.17814326
   1   5.05862522  -0.12981676  -1.34555483
   6   4.59168720   1.37982297  -2.82508373
   1   5.62099648   1.73921537  -2.90027118
   6   3.58887935   1.97370684  -3.59736800
   1   3.83259296   2.79426694  -4.27652168
   6   2.27276421   1.52301621  -3.50096774
   1   1.49821329   1.99811065  -4.10809278
   6  -2.26188707  -1.72764981  -5.16439390
   1  -2.31260276  -1.22106409  -3.05753326
   6  -0.16948789  -1.32315540  -6.31728363
   1   1.42668903  -0.48572659  -5.12553549
   1   0.43720424  -1.37334049  -7.22469616
   6  -1.49182475  -1.77183652  -6.33053017
   1  -1.92255330  -2.16936541  -7.25317717
   1  -3.29087710  -2.09558344  -5.17035055
   0  -1.22424477  -4.12573429   2.58695451
   0  -1.15037286  -3.04337940   2.59482290
   0  -1.09626796  -3.57589377   1.65791801
   0  -1.01347104  -2.44237603   1.63982099
   0  -1.01193912  -1.85312064   1.99963032
   0  -0.93767741  -2.44965959   0.95236661
   0   1.62102010  -0.82995829   1.72877533
   0   0.38132384  -1.29649347   1.37935525
   0   2.39056196  -0.06530443   1.78422575
   0   0.53726732  -0.61905175   1.29995515
   0  -2.24978828  -1.41893288   1.04724626
   0   1.39870281   0.17505304   1.41304755
   0  -3.52726464  -1.62490235   0.54038090
   0  -2.34428848  -1.37454020   0.47132641
   0   2.22471342  -0.45402517   0.02201829
   0   0.13677624  -0.19411966   1.05183292
   0  -0.25842305  -1.16201417  -0.29376807
   0  -1.44301041  -0.09301486   1.55309415
   0  -1.82753657  -1.22213403  -0.04126419
   0   1.85356854  -0.33646024  -0.15690456
   0  -4.03419793  -0.45597948   1.56790349
   0  -3.29338782  -0.12350045   1.70495932
   0   2.79586210  -0.67510239  -1.40134607
   0  -4.19814586  -1.65945057  -0.31220362
   0  -3.14217817  -1.44159433  -0.44789998
   0   4.79861441   0.02487662  -1.55078996
   0  -4.58576850   0.55428192   1.97760768
   0  -1.02925784   0.15440684   0.09930351
   0  -0.53402211  -0.09574738  -0.61383967
   0  -1.42770543   0.64842398   0.71883613
   0  -0.33498519   1.67018337   1.66879513
   0   3.62674008   0.10558646  -1.90788560
   0   0.59567344   1.93809623   1.57815776
   0  -1.42144919  -1.08906890  -2.01360417
   0   0.25357840  -0.60018327  -1.92475302
   0  -2.15191726   1.53774411   1.86152993
   0  -2.34428867  -1.25468005  -2.18963363
   0  -6.70548085   0.72757459   1.97505445
   0   2.46375022   0.16683145  -2.23810972
   0  -5.60742575   1.27428398   1.90110072
   0   4.43643079   0.85479517  -2.38948740
   0  -4.51711526   1.78497900   1.82744776
   0   1.04538176   0.12725836  -2.50785610
   0   0.27027136   3.12139048   1.89713228
   0  -1.93666583   2.73299565   2.08361871
   0  -2.12022453  -1.21962567  -3.35850788
   0  -3.14803852   2.24157894   1.71646236
   0  -0.02915306  -0.43887365  -3.12182372
   0  -0.76354680   3.50813506   2.46087492
   0   0.28374075   4.04605352   2.72820819
   0   3.27763152   0.92604267  -2.73060044
   0   1.36097429   4.57686739   2.98608377
   0  -1.79208309   3.84855003   3.04755125
   0  -0.22381795   0.49670709  -2.17258435
   0  -2.10670207   2.21352286   0.84903728
   0  -0.72950359   4.38151090   3.30931345
   0  -1.06536490  -0.99380856  -3.97560164
   0   0.32273757   4.92500881   3.55373654
   0  -2.81768621   4.16719474   3.65133768
   0   5.27468100   1.61854077  -2.87534507
   0  -1.73752820   4.72310835   3.88614183
   0  -1.99011942  -1.47684072  -4.57553417
   0  -6.60386063   1.94785796   1.82282354
   0  -0.68843419   5.26433679   4.13295181
   0  -0.95950612   1.27758875  -1.32958497
   0  -1.55169571   1.84800812  -0.34312782
   0  -3.51259284   3.54276381   2.76302113
   0   0.37682726   5.82306737   4.39821752
   0   0.00350055  -0.78827948  -4.55746960
   0  -2.94596920  -1.97180640  -5.16920642
   0  -1.70703247   5.60532102   4.73801171
   0  -5.51717515   2.47587147   1.74730893
   0   2.11052106   0.99904963  -3.07100041
   0  -0.93793324  -1.27570311  -5.15316070
   0  -3.68335844   3.86490696   2.74475899
   0   1.07767924  -0.59640636  -5.13011826
   0  -1.87900921  -1.74941394  -5.74623233
   0  -4.42381631   3.00392492   1.67110200
   0   4.09153031   1.67680903  -3.21138609
   0   0.10638060  -1.07331009  -5.73215743
   0  -0.83059155  -1.54709966  -6.32516156
   0  -7.63097168   2.62821544   1.74462833
   0  -1.77758260  -2.03517123  -6.94283859
   0   2.93405130   1.74943150  -3.54952755
   0   0.23278220  -1.35585672  -6.91891107
   0  -6.51780171   3.14827305   1.66984318
   0  -0.96150744   1.80051061  -2.33742160
   0  -2.02395902   2.86424881  -0.51385345
   0  -1.50390593   2.34948994  -1.44258450
   0  -5.43306702   3.67407353   1.59330177
   0   0.49299388   1.76739408  -3.17544470
   0  -3.38656302   3.51621992   0.45165793
   0   1.75960988   1.83574498  -3.90157759
   0  -4.33366010   4.22246952   1.52111894
   0   3.74999656   2.51752590  -4.04768095
   0  -3.46214250   4.09542161   0.43360368
   0   0.38816669   2.08941444  -3.71891917
   0  -6.43939559   4.37056595   1.51727557
   0  -0.95285124   2.28328436  -3.46783094
   0  -1.49103335   2.85776522  -2.51163329
   0  -2.01939676   3.40665182  -1.57896965
   0  -2.55544984   3.96866795  -0.61659970
   0  -2.03349398   3.95462723  -2.68685059 
Нельзя уйти от своей судьбы, - другими словами, нельзя уйти от неизбежных последствий своих собственных действий. Ф.Энгельс

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12592
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Сб авг 06, 2022 1:59 am

Tasha писал(а):
Пт авг 05, 2022 3:35 pm
Не подскажете, как в Природе визуализовать результаты бейдеровского анализа?
по task=crytical, кажется, он выдает набор критических точек, но как это все визуализировать?
Tasha.JPG
Да, это явно критические точки. Ну визуализировать то их положение еще полбеды, но вы ж наверное хотите отобразить значение f,
https://chemport.ru/forum/viewtopic.php ... e#p1023582
Из пятиколоночного xyz molden-ом Amge творил чудеса. Я как видно в той же теме - извращался.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1927
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Пн авг 08, 2022 5:50 am

Tasha писал(а):
Пт авг 05, 2022 3:35 pm
Не подскажете, как в Природе визуализовать результаты бейдеровского анализа?
по task=crytical, кажется, он выдает набор критических точек, но как это все визуализировать?
Как интересно! Не знал. Хотел было уже сделать визуализацию, но обнаружил, что task=crytical не работает.
Уточните, пожалуйста, что надо сказать, чтобы получить набор критических точек.

Аватара пользователя
Tasha
Сообщения: 1140
Зарегистрирован: Вт дек 27, 2005 10:04 pm

Re: Природа

Сообщение Tasha » Вт авг 09, 2022 7:44 am

amge писал(а):
Пн авг 08, 2022 5:50 am
Уточните, пожалуйста, что надо сказать, чтобы получить набор критических точек.
Вспомнила!!!!
print=+density
проверила, работает в 19 версии
2022-08-09_09-20-40.jpg
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Нельзя уйти от своей судьбы, - другими словами, нельзя уйти от неизбежных последствий своих собственных действий. Ф.Энгельс

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1927
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Чт авг 11, 2022 6:44 am

Tasha писал(а):
Вт авг 09, 2022 7:44 am
print=+density
Работает! Спасибо большое!
Судя по приложенной картинке, визиализация уже есть. А какой это программой?
Еще интересно, что такое h, кто-нибудь знает?

Аватара пользователя
Tasha
Сообщения: 1140
Зарегистрирован: Вт дек 27, 2005 10:04 pm

Re: Природа

Сообщение Tasha » Пт авг 12, 2022 10:30 am

использовала QCC Front-End Беседина. Здесь на форуме есть ссылка на инсталяшку.
h - декартовы координаты точки, см. в конце общий список xyz точек после xyz атомов
Нельзя уйти от своей судьбы, - другими словами, нельзя уйти от неизбежных последствий своих собственных действий. Ф.Энгельс

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 3 гостя